1948年11月，國共内戰白熱化，國民黨節節敗退。此時，國民黨政府決計撤遷台灣。根據蔣介石密令，除把黃金和銀元秘密運台外，科學教育界能搬遷的人、财、物盡量搬遷，并以唯一的公立大學台灣大學為科學教育基地，力圖站穩科研腳跟。
但就在這時，台灣大學自1945年接收以來的第三任校長莊長恭竟然離職開溜了。
新任校長人選，讓當局頗費思量！最後，國民黨政府決定任命傅斯年來擔任校長。
原來傅斯年在抗戰時，曾在西南聯大任職。抗戰勝利後，他曾擔任北京大學代理校長一年，在接收和複原北大方面，貢獻頗大。而且，原本就是任命他擔任北大校長的，但被他拒絕了。此時讓來他當台大校長，再合适不過。
可是，就像拒絕任北大校長一樣，傅斯年這一次也拒絕當台大校長，也不想當什麼代理校長。
當時傅斯年掌管中研院曆史語言研究所，為了遷台也忙得團團轉，有時飯吃不好、覺也睡不好，根本沒有精力去整頓那個殘破不堪的台灣大學。更何況傅斯年有高血壓，1947年6月曾短暫赴美治療。除了生理因素外，傅斯年也因為國民黨連連失敗，多次萌生自殺念頭。
架不過多方輪番遊說，傅斯年重拾教育理想，于是不顧個人健康狀況，于1948年11月，正式接受國民黨政府委任，出任台灣大學第四任校長。
傅斯年在學界、政界的名望甚高，他是唯一敢在蔣介石面前，翹起二郎腿叼個煙鬥的人，可見蔣介石有多麼禮遇他。
傅斯年資曆豐厚，号稱"黃河流域第一才子"，在學生時代，他曾是"五四運動"學生總指揮，新文化運動的旗手；後來他留學歐洲七年，歸國後促成設立曆史語言研究所并擔任所長，随後主持挖掘了殷墟甲骨，為中國考古學奠定基礎。
在個性上，傅斯年嫉惡如仇，他曾寫文章抨擊孔祥熙、宋子文家族貪腐集團，硬逼蔣介石将他們從行政院長的位置上拉下來。但傅斯年議政卻堅持不從政。
這一次，他自己形容接下台大校長，像是"跳火坑"。
傅斯年接手台大之前，校長之位已是三易其人，三位前任皆是因為事情難辦，撂挑子走人。台灣大學可謂先天不良、後天又失調。上任伊始，就要面對洶湧的入學潮！1949年過後，國民黨軍政人員及其家屬大批撤到台灣，在這裡面，大學生、中學生人數衆多，要求入學就讀的人數，一下子多出好幾倍，台灣大學根本難以負荷。尤其是還有一些權貴人物的子女，明明成績很差，卻也要求進入台灣大學，一旦遭到拒絕，這些人就會橫生枝節、吵吵鬧鬧，給學校正常的教學管理帶來極大困擾。
但别忘了，傅斯年有個外号，叫做"傅大炮"，任何特權分子要對他施壓，都行不通的。
傅斯年在1949年夏季招生前，在校刊上公開發表文章，公布嚴格的招生考試制度，強調絕對按照考試成績招收新生，給所有人一個平等競争的機會。從命題、監考到閱卷，傅斯年開了台大嚴格考試的先河，這一制度一直沿用至今。在招生錄取之際，傅斯年則在校長室門旁寫了一行大字，"有為子女入學說項者，請免開尊口"。
為了保持台大的學術地位，讓聘任教師等用人制度走上正軌，傅斯年也制定了一套聘任及更新标準。傅斯年在用人上，不以人的聲望、功名為依據，而是以學術造詣、尤其是其将來的造詣為标準。傅斯年還告訴各位老師：“不定在哪一天，我也許跟教務長，跟你們貴院院長、貴系的系主任到你的課室來旁聽，請你不要見怪。”結果傅斯年真的跑去旁聽，在第一年的寒假他就"聽"掉了好幾位教師。
傅斯年認為，無論任何一個大學，要想辦得合乎理想，首先要養成研究學術的風氣。是以傅斯年非常注重成績考核，成績優良的給予獎勵、不好的予以懲處；平時功課加緊進行，尤其是大一的功課，會使人有應接不暇的趨勢。此外，各種比賽、各種征文輪番進行，學生必須兢兢業業，朝夕與書本為伍，從早上到晚上，圖書館一定是坐滿了學生。
他要求名師都要給大一新生上基礎課，從學術的立腳點出發，對學生進行學術的初始訓練，使得學生從一開始就能得到學術熏陶。
在台大，傅斯年真正落實了民主的真義，學生的意見隻要合理，沒有不采納的。對于學生提的問題，傅斯年還會寫公開信答複。
傅斯年有校長的威嚴，卻沒有校長的架子。在學生心目中“傅校長不但是台大同學的嚴父，并且也是台大同學的慈母。”
1950年，有兩位台大、師院的學生共騎一輛單車，不服取締遭到警察毆打及拘留。事件越演越烈，最後引發學潮。4月6日，時任台灣地區行政部門負責人的陳誠下令出動軍警鎮壓，進入校園搜捕。一時間肅殺氣氛籠罩台大校園。傅斯年對當局不經法律程式，強行進入台大校園内逮捕師生高度不滿。他親自找國民黨最高當局交涉，要求逮捕台大師生必須經過校長準許。他甚至找上當時台灣警務部門副負責人彭孟緝，幾乎是用身體抵住槍杆子。
傅斯年把台大慢慢撐起來，但他其實不應該再繼續操勞下去了。
1950年12月20日，傅斯年先出席一場會議，讨論農業教育改進和保送台大學生出國深造問題。午飯稍事休息過後，他趕往省議會廳，列席台灣省參議會第五次會議。大約下午5點40分左右，人稱"郭大炮"的參議員郭國基突然蹦起來質詢台大的問題。郭國基問政犀利、咄咄逼人，先是質問大陸運到台灣，并存放在台灣大學的器材如何處理；後又提出放寬台大招生尺度的問題，傅斯年聽了非常生氣，但還是回答了這兩個問題。
傅斯年堅持，獎學金制度不應廢止，對于那些資質好、肯用功的學生，隻是因為沒錢而不能就學的青年，他萬分同情，不能讓他們被摒棄于校門之外。說完話，已經晚上6點10分，傅斯年走下講台，就在傳回座位時，臉色突然變得蒼白、竟然暈了過去。台大附屬醫院立刻派人急救，經診斷确定是腦溢血。蔣介石聞訊 下令陳誠動員全台名醫，務必要救回傅斯年，但仍然回天乏術。晚間9點30分，傅斯年離開人世，享年55歲。
第二天，台灣省議會副議長李萬居召開新聞釋出會，由于國語說得不标準，有個記者把"棄世"聽成"氣死"。于是消息傳出，傅斯年被郭國基活活氣死。
第二天11時，有200多名學生手持"痛失良師"的智語，列隊到省參議會門口，要求郭國基出來說明情況。直到議員出來答複說明，學生才返校。
與其說，傅斯年被氣死，倒不如說，傅斯年是積勞成疾，不堪負荷而死，真是令人扼腕歎息。操勞校務之外，傅斯年為了不讓妻子心疼自己，将"為自己做棉褲"當做趕稿掙錢貼補家用的借口；為了讓窮學生安然接受他的饋贈，又撒了個善意的謊，将自己的積蓄稱做不知所用的稿費。到了生命的最後，傅斯年惦念的仍是親人和學生。
傅斯年去世後，台大校方為紀念他開創台大一代新風氣之功績，按照美國弗吉尼亞大學為傑斐遜總統專門在校園内建造陵墓的成例，在台大正門旁的熱帶植物标本園，劃出一塊地建造希臘式紀念亭，庭中用大理石砌長方形墓椁一座。墓前立無字方尖碑一座，另有噴水池搭配，形成獨特的景觀。
台灣大學的椰林大道旁，還有一座"傅鐘"，是台大的精神象征。
傅鐘每次敲21響，因為傅斯年有句名言，"一天隻有21小時，其餘三小時是用來沉思的"。
就像傅斯年在1949年第四次校慶演說詞的結語，"我們貢獻這個大學于宇宙的精神"。如今台灣大學已經和北京大學、清華大學齊名，成為世界百大名校之一，繼續為人類創造福祉。
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傅斯年
在台灣的最後歲月
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《兩岸秘密檔案》
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