明太祖
明太祖朱元璋在明初“胡惟庸案”之後廢除宰相制度，設立内閣——皇帝的私人辦公秘書處，内閣原則上不在國家的官吏制度體系中。吏、戶、禮、兵、刑、工六部成為直屬于皇帝的最高行政機關。内閣中設立“大學士”可以參與“票拟批答”，即内閣接到奏章後，用紙片寫就拟作的批答内容，再上呈皇帝，由皇帝最終裁決是否這樣批答大臣的奏章。内閣大學士又稱為“輔臣”，首席大學士則稱為“首輔”或“元輔”。到了明朝的中後期，如嚴嵩、張居正等内閣首輔握有實權，實際上擁有了宰相的權利。
雍正帝
清初，仿照明朝的制度，在原有的八旗制度的基礎上設立内三院：秘書院、弘文院和國史院。這是清初政府中樞機構的雛形，相當于内閣。順治十五年，裁撤内三院，設定内閣大學士代替皇帝起草诏書、批答奏章，參與軍國大事。康熙朝在内閣之上設“議政王大臣會議”，由滿洲貴族組成，漢人不得參與。後又設立“南書房”掌内閣的票拟，職權頗似大學士。到了雍正九年，開始設立“軍機房”，乾隆時期改為“軍機處”，成為處理軍國大事的常設機構，軍機大臣由皇帝從親王、大學士、尚書、侍郎等官僚中選出——這仍然是一個專門服務于皇帝本人的一個秘書處，獨立于政府官僚體系之外。這一時期，軍機處不僅有權利修改内閣的票拟，而且有權利不經過内閣下達軍機處所起草的“诏旨”給六部，内閣的權利被逐漸的邊緣化，漸成一個閑置的機構。我們要注意一點，“内閣”原本就是皇帝本人的秘書處、“軍機處”也同樣是這個功能，而清朝中後期廢“内閣”而設立“軍機處”說明“内閣”的一些固有的“政治傳統”仍然不符合清朝統治者“集權”的需求，才又“新瓶裝舊酒”地設立了更加符合其集權統治需求的“軍機處”。
皇族内閣
清宣統三年（公元1911年），為了“立憲”，清朝裁撤軍機處設立了最後一屆内閣——皇族内閣，設總理大臣一人，滿漢協理大臣各一人。十三名内閣閣員中，滿洲貴族占了九人，其中皇族占了七人。至此，這一“皇族内閣”的設立為明清兩朝的“内閣制”畫上了曆史的句号。