明太祖
明太祖朱元璋在明初“胡惟庸案”之后废除宰相制度，设立内阁——皇帝的私人办公秘书处，内阁原则上不在国家的官吏制度体系中。吏、户、礼、兵、刑、工六部成为直属于皇帝的最高行政机关。内阁中设立“大学士”可以参与“票拟批答”，即内阁接到奏章后，用纸片写就拟作的批答内容，再上呈皇帝，由皇帝最终裁决是否这样批答大臣的奏章。内阁大学士又称为“辅臣”，首席大学士则称为“首辅”或“元辅”。到了明朝的中后期，如严嵩、张居正等内阁首辅握有实权，实际上拥有了宰相的权利。
雍正帝
清初，仿照明朝的制度，在原有的八旗制度的基础上设立内三院：秘书院、弘文院和国史院。这是清初政府中枢机构的雏形，相当于内阁。顺治十五年，裁撤内三院，设置内阁大学士代替皇帝起草诏书、批答奏章，参与军国大事。康熙朝在内阁之上设“议政王大臣会议”，由满洲贵族组成，汉人不得参与。后又设立“南书房”掌内阁的票拟，职权颇似大学士。到了雍正九年，开始设立“军机房”，乾隆时期改为“军机处”，成为处理军国大事的常设机构，军机大臣由皇帝从亲王、大学士、尚书、侍郎等官僚中选出——这仍然是一个专门服务于皇帝本人的一个秘书处，独立于政府官僚体系之外。这一时期，军机处不仅有权利修改内阁的票拟，而且有权利不经过内阁下达军机处所起草的“诏旨”给六部，内阁的权利被逐渐的边缘化，渐成一个闲置的机构。我们要注意一点，“内阁”原本就是皇帝本人的秘书处、“军机处”也同样是这个功能，而清朝中后期废“内阁”而设立“军机处”说明“内阁”的一些固有的“政治传统”仍然不符合清朝统治者“集权”的需求，才又“新瓶装旧酒”地设立了更加符合其集权统治需求的“军机处”。
皇族内阁
清宣统三年（公元1911年），为了“立宪”，清朝裁撤军机处设立了最后一届内阁——皇族内阁，设总理大臣一人，满汉协理大臣各一人。十三名内阁阁员中，满洲贵族占了九人，其中皇族占了七人。至此，这一“皇族内阁”的设立为明清两朝的“内阁制”画上了历史的句号。