康熙十二年十二月二十一日，被朝廷派往貴州備辦吳三桂撤藩事宜的兵部侍郎黨務、禮戶部員外郎薩穆哈，急馬飛奔北京，向康熙奏報了吳三桂反叛的詳細情況。消息傳來，舉朝震驚。
于是正如我們前面說到的那樣，原來反對撤藩的衆多大臣因畏懼吳三桂勢力，要求處理少數主張撤藩的大臣以向吳三桂謝罪。
但是撤藩是康熙早已下定決心的事情，那容中途變卦？在衆議紛紛的情況下，他毫不後退，主動完全承擔做出撤藩決定的責任，保護少數撤藩大臣免受攻擊。
撤藩決策正确與否的争論算是平息了，但在是否派遣八旗勁旅平定叛亂的問題上，朝廷仍然分歧嚴重。漢族官員擔心遠途調兵“軍需浩繁”，恐怕朝廷負擔過重，是以建議“就近調兵禦守”，反對從北京向遠在西南的雲貴調發軍隊。
左金都禦史魏象樞便持這種意見，為此他說：古代聖人在用兵作戰時，往往就地取材，何必勞師動衆遠道而伐呢？賊寇到達我軍陣地之前，我軍以逸待勞就可以平息他們的叛亂。
與漢族大臣相反，滿族大臣雖然在是否撤藩問題上一度存在重大分歧，但是在派遣軍隊平定叛亂問題上态度卻完全一緻。戶部滿族尚書米思翰說道：賊寇的氣焰太盛，非八旗兵不能制服他們，因而還應該派遣八旗勁旅進剿。
至于軍需問題，由中央與地方協調調集，足可以支援十年，沒有什麼可以顧慮的。
最後，康熙決定派遣八旗軍隊進剿吳三桂叛軍。
起初，康熙力圖把戰事控制在雲南、貴州、湖南、湖北一帶，盡量壓縮涉及面。于是，他派遣前鋒統領碩岱率領大軍日夜兼程前往咽喉要地荊州防守，一方面穩定軍民的人心，另一方面進一步占據湖南常德，遏止叛軍的攻勢。
接着他指令西安将軍瓦爾喀率領副都統一員，以及全部的騎兵星夜疾馳，由陝西開往四川，堅守從雲貴進入四川的險要關隘之地，以備大軍進剿雲南的時候，與提督配合相機進讨。
在廣西方面，因為是雲南向東的必經之地，關系甚重，他授予孫延齡為撫蠻将軍，以羅國安為都統，共同加強防守。為了集中力量打擊吳三桂叛軍，康熙及時下達指令停止撤消耿、尚二藩，召回前往二藩的梁清标和陳一炳。
康熙十二月二十四日，康熙又指令多羅順承郡王勒爾錦為甯南靖寇大将軍，統率各路将軍駐守荊州。多羅貝勒察尼、都統覺羅朱滿等八人參贊軍務，都統範達禮、王國诏、副都統魯西巴圖魯等十四員大将一同前往。
這樣八旗滿洲、蒙古每位領各有前鋒一名、護軍七名、骁騎各十名，漢軍每佐領各五名骁騎，另外還有一些相應的官員，軍職配備上業已齊全。
康熙對吳三桂的軍事行動可謂堅決、徹底，沒有回頭的餘地，這是因為他早已看透了吳三桂的狼子野心，要麼征剿，要麼招降，直到消滅為止，不能退讓。他堅持己見，直到最後平定吳三桂叛亂為止。
對于吳三桂的軍事打擊中，康熙采取了豐富多樣的戰略戰術，注重尋找戰機截斷敵人的後路，堵住他們的糧道，這樣就使正面戰場取勝有了更大的把握。
譬如在攻擊嶽州的時候，康熙要求在洞庭湖多準備戰船，多羅貝勒察尼畏懼湖中風大浪急，請求撤去戰船，但康熙堅持自己的正确決策，要求必須克服種種困難堅決執行指令，最終達到了堵住敵人後路，使他們水陸不能勾結的目的，不久便攻取了嶽州。
在軍事行動中堅持自己的正确主張并非易事，一是容易受到敵方假象的困擾；二是容易受到己方部将情緒的幹擾，三是容易産生自我質疑。在康熙親征噶爾丹的過程中，也有類似的戰例，但康熙始終堅持正确的戰略決策，不達目的決不輕易罷休。
康熙三十五年二月康熙率領中路大軍進行第二次親征，當時他沿着克魯倫河而上，以求發現噶爾丹的蹤迹加以迎頭痛擊。
可是很長時間噶爾丹的兵馬都未出現，有的大臣認為敵人聽說皇上親征，已經早吓得遠适了，再加上他們覺得皇上遠涉沙漠荒遠地帶，聖躬要緊，噶爾丹小小毛賊，隻需另委大将軍統率征剿就可以了，是以要求皇上撤軍。康熙卻堅定地認為，我們派出的使者，馬匹駱駝都被噶爾丹扣留了。
卻讓他們徒步回到我軍這方來，這表明他仍在克魯倫河一帶，并未遠遁，而且并不知道我軍大兵的到來，是以放肆妄為。如果無功而返，豈不是空費軍資，又坐失良機？果然未過幾天，前方探馬來報說噶爾丹仍然在克魯倫，康熙的判斷得到證明，使身邊從臣們不得不對皇上的高明見地佩服之至。
在這場戰役中，為了穩住噶爾丹，康熙密令西路費揚古加速前進，自己則率中路軍放緩行軍速度，以待夾攻之勢形成。五月十三日，費揚古部得知噶爾丹的确切消息，在昭莫多布陣待敵，噶爾丹果然在午後時分到來，兩軍進入激戰，不分勝負。
後來費揚古襲擊敵人後部獲得成功，昭莫多戰役全殲噶爾丹主力，俘獲甚多，使噶爾丹受到沉重打擊，如果沒有康熙恒心堅持的戰略決策，敵人又會白白地跑掉，這場大捷因而可以說是堅持出來的。
孫子兵法說：“上兵伐謀。”以謀而屈人之兵者，不戰而勝，因而在戰争中，以不動兵者為上，能招之則不斷招之，而對終不能招者也當盡力而為之。
這種意識和主張在康熙的軍事思想和軍事生涯中占重要部分。雖然對任何一場戰争，康熙都是抱着以戰去戰的态度進行的，并且有戰鬥到底的決心。但是縱觀戰争的全部過程，他也從來沒有放棄過招撫。
僅就招撫這一思想來說，曆代帝王在禍事來臨時都采用過，隻是柔弱的皇帝在招安造反者時，往往表現得力不從心和膽小怕事罷了。
康熙的招撫是與戰場上的進攻緊密結合在一起的，也即立足于打，打中求撫，這當然是一種積極進取的态勢，能使自己避免被動，保持兩手準備狀态。
就其特點來說，康熙的招撫是他與戰争相配合的軟硬兼施和軍政手段的剛柔相濟。
康熙使出一妙招，其主要表現是：
首先，在招撫叛軍的時候表現在以誠摯的态度軟化對方，這大抵表現在平叛中對待尚、耿二藩，收複台灣過程中對待鄭氏等等。不過最突出的還是對平叛戰争中平涼州叛将王輔臣的态度上。在當時，可以說王輔臣的反叛是清朝懷疑、逼迫的結果。
吳三桂叛軍的軍事運作，理所當然地想到拉王輔臣，盡可能地争取到王輔臣的支援和配合，有利于吳軍的勢力向北延伸。
王輔巨作為一名漢官本無叛意，因而他将吳三桂鼓動他反叛的信件都上交朝廷，本該受到嘉獎和信任，但遺憾的是由于民族歧視，王輔臣的舉動并沒有得到朝廷的充分信任。于是康熙派遣莫洛經略陝西，借以監督王輔臣。
莫洛過分的限制舉動使王輔臣心中不滿，這實際上與康熙的初衷相違背。莫洛要調走王輔臣的精銳，此舉直接引起了他的反叛。
王輔臣曾是以憤怒地說：這完全是置我于死地。事發以後，康熙認識到自己在問題的處理上有不當之處，于是迅速改變了對王輔臣的态度，由過去懷疑、限制王輔臣轉為盡量安撫王輔臣。
康熙曾經一再申明“咎在朕躬，于爾何罪”，“今變起倉猝，情非得已，朕惟加矜恤，并無緻譴”。
經康熙的一再勸慰、招撫，王輔臣最終還是歸順了朝廷。
王輔臣的叛而複歸，使康熙認識到，無論政治還是軍事，繼續實行祖宗傳統的民族歧視政策都是沒有出路的，在戰争中一味的進攻同樣也不是完善的戰術。
繼陝西問題解決之後，康熙将下一個剿撫重點放在了福建。
他認為，對耿精忠的政策應該差別于吳三桂。正由于認識到耿藩的叛亂原因是“必系一時無知，堕人狡計”，是以當康熙将吳三桂在北京的子孫吳應熊等人正法的時候，耿精忠的幾個弟弟卻得以寬容，所屬的官兵也沒有治罪。
這一處理方式其實自始至終都是恰當的，就是在耿精忠叛亂不久，康熙也是本着安撫姿态來加以處理。
當時他立即派遣工部郎中周襄緒和耿精忠的護衛陳嘉猷，一同前往福建傳谕耿精忠回心轉意，後來雖然派遣大将軍康親王傑書到閩浙前線，加強軍事行動，但是仍不忘經常派人前往實施招撫工作。
對廣東上藩的問題康熙也早有心理準備。
他認為尚之信的叛亂不足以畏懼，吳三桂不會對他信任，并且尚藩内部沖突重重，很多人反對他起兵反叛。是以隻要順利解決福建耿藩的招撫工作，尚之信就不難招降。實踐證明這兩個方面的政策都是正确的。