康熙十二年十二月二十一日，被朝廷派往贵州备办吴三桂撤藩事宜的兵部侍郎党务、礼户部员外郎萨穆哈，急马飞奔北京，向康熙奏报了吴三桂反叛的详细情况。消息传来，举朝震惊。
于是正如我们前面说到的那样，原来反对撤藩的众多大臣因畏惧吴三桂势力，要求处理少数主张撤藩的大臣以向吴三桂谢罪。
但是撤藩是康熙早已下定决心的事情，那容中途变卦？在众议纷纷的情况下，他毫不后退，主动完全承担做出撤藩决定的责任，保护少数撤藩大臣免受攻击。
撤藩决策正确与否的争论算是平息了，但在是否派遣八旗劲旅平定叛乱的问题上，朝廷仍然分歧严重。汉族官员担心远途调兵“军需浩繁”，恐怕朝廷负担过重，因此建议“就近调兵御守”，反对从北京向远在西南的云贵调发军队。
左金都御史魏象枢便持这种意见，为此他说：古代圣人在用兵作战时，往往就地取材，何必劳师动众远道而伐呢？贼寇到达我军阵地之前，我军以逸待劳就可以平息他们的叛乱。
与汉族大臣相反，满族大臣虽然在是否撤藩问题上一度存在重大分歧，但是在派遣军队平定叛乱问题上态度却完全一致。户部满族尚书米思翰说道：贼寇的气焰太盛，非八旗兵不能制服他们，因而还应该派遣八旗劲旅进剿。
至于军需问题，由中央与地方协调调集，足可以支持十年，没有什么可以顾虑的。
最后，康熙决定派遣八旗军队进剿吴三桂叛军。
起初，康熙力图把战事控制在云南、贵州、湖南、湖北一带，尽量压缩涉及面。于是，他派遣前锋统领硕岱率领大军日夜兼程前往咽喉要地荆州防守，一方面稳定军民的人心，另一方面进一步占据湖南常德，遏止叛军的攻势。
接着他命令西安将军瓦尔喀率领副都统一员，以及全部的骑兵星夜疾驰，由陕西开往四川，坚守从云贵进入四川的险要关隘之地，以备大军进剿云南的时候，与提督配合相机进讨。
在广西方面，因为是云南向东的必经之地，关系甚重，他授予孙延龄为抚蛮将军，以罗国安为都统，共同加强防守。为了集中力量打击吴三桂叛军，康熙及时下达命令停止撤消耿、尚二藩，召回前往二藩的梁清标和陈一炳。
康熙十二月二十四日，康熙又命令多罗顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，统率各路将军驻守荆州。多罗贝勒察尼、都统觉罗朱满等八人参赞军务，都统范达礼、王国诏、副都统鲁西巴图鲁等十四员大将一同前往。
这样八旗满洲、蒙古每位领各有前锋一名、护军七名、骁骑各十名，汉军每佐领各五名骁骑，另外还有一些相应的官员，军职配备上业已齐全。
康熙对吴三桂的军事行动可谓坚决、彻底，没有回头的余地，这是因为他早已看透了吴三桂的狼子野心，要么征剿，要么招降，直到消灭为止，不能退让。他坚持己见，直到最后平定吴三桂叛乱为止。
对于吴三桂的军事打击中，康熙采取了丰富多样的战略战术，注重寻找战机截断敌人的后路，堵住他们的粮道，这样就使正面战场取胜有了更大的把握。
譬如在攻击岳州的时候，康熙要求在洞庭湖多准备战船，多罗贝勒察尼畏惧湖中风大浪急，请求撤去战船，但康熙坚持自己的正确决策，要求必须克服种种困难坚决执行命令，最终达到了堵住敌人后路，使他们水陆不能勾结的目的，不久便攻取了岳州。
在军事行动中坚持自己的正确主张并非易事，一是容易受到敌方假象的困扰；二是容易受到己方部将情绪的干扰，三是容易产生自我质疑。在康熙亲征噶尔丹的过程中，也有类似的战例，但康熙始终坚持正确的战略决策，不达目的决不轻易罢休。
康熙三十五年二月康熙率领中路大军进行第二次亲征，当时他沿着克鲁伦河而上，以求发现噶尔丹的踪迹加以迎头痛击。
可是很长时间噶尔丹的兵马都未出现，有的大臣认为敌人听说皇上亲征，已经早吓得远适了，再加上他们觉得皇上远涉沙漠荒远地带，圣躬要紧，噶尔丹小小毛贼，只需另委大将军统率征剿就可以了，因此要求皇上撤军。康熙却坚定地认为，我们派出的使者，马匹骆驼都被噶尔丹扣留了。
却让他们徒步回到我军这方来，这表明他仍在克鲁伦河一带，并未远遁，而且并不知道我军大兵的到来，因此放肆妄为。如果无功而返，岂不是空费军资，又坐失良机？果然未过几天，前方探马来报说噶尔丹仍然在克鲁伦，康熙的判断得到证实，使身边从臣们不得不对皇上的高明见地佩服之至。
在这场战役中，为了稳住噶尔丹，康熙密令西路费扬古加速前进，自己则率中路军放缓行军速度，以待夹攻之势形成。五月十三日，费扬古部得知噶尔丹的确切消息，在昭莫多布阵待敌，噶尔丹果然在午后时分到来，两军进入激战，不分胜负。
后来费扬古袭击敌人后部获得成功，昭莫多战役全歼噶尔丹主力，俘获甚多，使噶尔丹受到沉重打击，如果没有康熙恒心坚持的战略决策，敌人又会白白地跑掉，这场大捷因而可以说是坚持出来的。
孙子兵法说：“上兵伐谋。”以谋而屈人之兵者，不战而胜，因而在战争中，以不动兵者为上，能招之则不断招之，而对终不能招者也当尽力而为之。
这种意识和主张在康熙的军事思想和军事生涯中占重要部分。虽然对任何一场战争，康熙都是抱着以战去战的态度进行的，并且有战斗到底的决心。但是纵观战争的全部过程，他也从来没有放弃过招抚。
仅就招抚这一思想来说，历代帝王在祸事来临时都采用过，只是柔弱的皇帝在招安造反者时，往往表现得力不从心和胆小怕事罢了。
康熙的招抚是与战场上的进攻紧密结合在一起的，也即立足于打，打中求抚，这当然是一种积极进取的态势，能使自己避免被动，保持两手准备状态。
就其特点来说，康熙的招抚是他与战争相配合的软硬兼施和军政手段的刚柔相济。
康熙使出一妙招，其主要表现是：
首先，在招抚叛军的时候表现在以诚挚的态度软化对方，这大抵表现在平叛中对待尚、耿二藩，收复台湾过程中对待郑氏等等。不过最突出的还是对平叛战争中平凉州叛将王辅臣的态度上。在当时，可以说王辅臣的反叛是清朝怀疑、逼迫的结果。
吴三桂叛军的军事运作，理所当然地想到拉王辅臣，尽可能地争取到王辅臣的支持和配合，有利于吴军的势力向北延伸。
王辅巨作为一名汉官本无叛意，因而他将吴三桂鼓动他反叛的信件都上交朝廷，本该受到嘉奖和信任，但遗憾的是由于民族歧视，王辅臣的举动并没有得到朝廷的充分信任。于是康熙派遣莫洛经略陕西，借以监督王辅臣。
莫洛过分的限制举动使王辅臣心中不满，这实际上与康熙的初衷相违背。莫洛要调走王辅臣的精锐，此举直接引起了他的反叛。
王辅臣曾因此愤怒地说：这完全是置我于死地。事发以后，康熙认识到自己在问题的处理上有不当之处，于是迅速改变了对王辅臣的态度，由过去怀疑、限制王辅臣转为尽量安抚王辅臣。
康熙曾经一再申明“咎在朕躬，于尔何罪”，“今变起仓猝，情非得已，朕惟加矜恤，并无致谴”。
经康熙的一再劝慰、招抚，王辅臣最终还是归顺了朝廷。
王辅臣的叛而复归，使康熙认识到，无论政治还是军事，继续实行祖宗传统的民族歧视政策都是没有出路的，在战争中一味的进攻同样也不是完善的战术。
继陕西问题解决之后，康熙将下一个剿抚重点放在了福建。
他认为，对耿精忠的政策应该区别于吴三桂。正由于认识到耿藩的叛乱原因是“必系一时无知，堕人狡计”，所以当康熙将吴三桂在北京的子孙吴应熊等人正法的时候，耿精忠的几个弟弟却得以宽容，所属的官兵也没有治罪。
这一处理方式其实自始至终都是恰当的，就是在耿精忠叛乱不久，康熙也是本着安抚姿态来加以处理。
当时他立即派遣工部郎中周襄绪和耿精忠的护卫陈嘉猷，一同前往福建传谕耿精忠回心转意，后来虽然派遣大将军康亲王杰书到闽浙前线，加强军事行动，但是仍不忘经常派人前往实施招抚工作。
对广东上藩的问题康熙也早有思想准备。
他认为尚之信的叛乱不足以畏惧，吴三桂不会对他信任，并且尚藩内部矛盾重重，很多人反对他起兵反叛。因此只要顺利解决福建耿藩的招抚工作，尚之信就不难招降。实践证明这两个方面的政策都是正确的。