1953年12月，陳水扁口述了對科學院的答複，毫無疑問地拒絕了科學院向北服務的邀請。
在他的信中，他反複聲明"獨立精神，自由的思想"，并回答說，他在1911年在瑞士閱讀了三年的資本主義原文。
他不反對男性主義，或者，從學術上講，任何人的著作都有值得探索的東西，學術研究總是用事實和材料說話，就像陳的學習一直以來的情況一樣。
對于民國時期的著名人物陳玉科來說，他在王偉墓碑上刻下的銘文，至今仍設定在清華校園内。
這一段文字，更是讓人捧腹。"來世不可知論者也是，先生的寫作，或者有時不顯眼;Doctrine先生，或者有時值得商榷，但這種獨立精神，自由的思想，已經持續了數千年，世界是一樣的很長一段時間，總共有三光和永恒之光。"
看似是好朋友王偉寫的，陳其實是在說出自己的想法。
1953年，還有多少人能夠堅持學術獨立的思想，反對聘用科學院的進階官員？
科學院成立曆史研究所，決定讓郭沫若、範文蘭、陳玉克擔任各研究所所長。陳直接拒絕了。這樣的精神對于受邀寫信的郭墨來說也沒什麼不同。
作為曆史學家，陳是民國初期清華大學的四位導師之一，另外三位分别是梁啟超、王偉、趙元仁。他以二十多種語言著稱，他的《唐朝起源簡論》和《唐朝政治史簡論》對後代的學術研究産生了很大影響。在他晚年失明的情況下口述了"劉不是傳記"，詩歌史互相驗證，令人耳目一新，可以說是陳玉科一生的結晶。
梁啟超曾經說過：《我梁》是一本書等等，但作品總量還不如陳先生的幾百字那麼有價值。
福賢曾經說過：陳先生的學問，光是近三百年。
這些學術同僚的肯定具有極大的自然價值。
劉文賢一生的驕傲，也是其知識和個性的欽佩，他說，陳玉科拿着400工資，我隻能拿40，而沈從文隻能拿44根頭發。
劉文賢對沈從文的評價是不公平的，他是學術性的，尊重陳玉科。沈從文以文學著稱，文人輕盈可見。
陳玉科不僅學得好，講座也充滿魅力，曾經說過："我說過，我不說話;現在隻是沒有人說過。"每次上課，班上都擠滿了學生，甚至有一些大學老師來聽，比如朱子清、馮友蘭。
曾經為清華大學的新生出國，陳玉科出一對，上工會為"太陽行者"，隻得到一個人滿分，回答"胡世之"，這個人就是周祖木，後來成為著名語言學家、北京大學教授。
陳玉科就像一座豐碑，他的學術成就注定有一天會被超越或發現很多缺點，但他的精神，他對學術的堅持，将永遠激勵着子孫後代前進。
這樣一個堅強而獨立的天才靈魂，是不能被高估的;