談起明代的滅亡的原因，曆來衆說紛纭：東林和閹黨之間的黨争、張獻忠和李自成的農民起義軍、後金的窮追猛打，這些都是被官方史學家所認可的觀點。但是如果跳出傳統史學界的觀點，運用其他學科的手段來發掘這一段曆史，卻可能讀出一些不一樣的東西。
一般認為，明代作為一個全國性的政權，它壽命的結束是以崇祯皇帝自殺、李自成攻破北京為标志的。崇祯帝在煤山上吊時，曾留下了一句“文官個個可殺”的悲憤之語。此時北京外城已經陷落，而内城城門在皇帝上吊以後不久也被内閣首輔打開，徹底投降了李自成。而很令人奇怪的是，此時北京城的主要城防力量——十二團營号稱五十萬大軍，即使細細算起來至少也有二十萬人，這些人雖然戰鬥力比不上明軍精銳，但是抵擋一會絕沒有問題，可是在闖王攻城不到一日後北京即宣告城破。史書記載當時的整個駐防軍已經到了站都站不起來的地步，“鞭一人起，另一人複卧”。崇祯雖然刻薄，可也不至于連保命的錢都舍不得出、連飯都不給守城軍吃飽，是什麼讓這支軍隊幾乎完全喪失了戰鬥力？
崇祯自盡
實際上，不僅僅是北京城破的蹊跷，北京城破以後，做了天下之主的李自成、明朝最強軍隊的統帥吳三桂、以及關外虎視眈眈的多爾衮，表現的都極其反常。
闖王李自成是一代枭雄，其部下的作戰能力幾乎無人可擋，就連被後世稱為那個時代最強部隊的關甯鐵騎和八旗軍聯手也隻能勉強戰勝。但是讓人費解的是，胸懷天下、“迎闖王不納糧”的大順軍，在攻打其他大城市的時候都嚴守紀律，卻在攻破北京後大肆搶掠，對紀律一向要求非常嚴格的李自成卻從沒有阻止，直接造成了吳三桂“沖冠一怒為紅顔”。而在吳三桂反攻北京之後，李自成皇帝竟然帶着主力軍親自出城與其決戰，并在戰敗後倉皇撤離，甚至沒有依托極其穩固的北京城防稍作抵抗。
闖王李自成
世受皇恩的吳三桂很早就帶着關甯鐵騎和所有家屬一起趕赴北京，在奉命勤王之後不久就接到崇祯殉國的死訊。此時已經沒有主子可以侍奉的吳三桂選擇投降了李自成，并接受了李自成的封賞，但是很奇怪的是，吳三桂卻就地紮營，拒絕了李自成讓他傳回關甯前線的指令。不久後在得知老父和愛妾陳圓圓受辱後，吳三桂立刻決定反攻大順，為崇祯複仇；在面對闖王親率大軍時又選擇剃發，歸降大清，進而成了後人口中的三姓家奴。
多爾衮作為滿清政權當時實際上的最高上司人，直到吳三桂來投降前夕都沒有入住中原的想法，甚至在李自成敗走以後，清朝朝廷裡還有相當一部分人覺得搶劫一頓就走是上策。但是在山海關擊敗李自成以後，多爾衮迅速将滿清幾乎所有家底搬到了北京，一刻都不停留。從這一刻到福王已經在陪都南京稱帝、史可法等人已經集結了數十萬軍隊，清朝政府對南方幾乎都沒有一點想法，而實際上對于滿清政權而言這些流着朱元璋的血的朱明後人才是真正的勁敵，最後清朝也花了十七年功夫才在吳三桂（又是這個家夥）絞死永曆帝朱由榔後宣布搞掂南方。
多爾衮
曆來史學家對這些都各有各的解釋，但是筆者想換個角度，從醫學的角度來試着解釋這一現象。
明朝末年，在氣候學上被稱為是“小冰河期”，此時環境氣溫驟然降低，使得自然經濟為主導的中國全國上下收成都不好，經濟水準一落千丈，李自成們也就此揭竿而起。但是氣候的改變對人類來說是壞事，對于其他生物來說卻未必如此，比如細菌。
當時的中華大地不僅餓殍遍野，更恐怖的是瘟疫也來湊熱鬧。就在崇祯帝的最後幾年，疫情一步步地擴大，嚴重的影響到了軍隊的戰鬥力。而在李自成大軍圍城的農曆三月，正是疫情發展的最為迅猛的時候。古代衛生條件本來就差，大軍圍城使得各種物質交換變得困難，自然疫情在城内就蔓延的更為嚴重。那些拿鞭子都抽不起來的士兵，實際上是已經身染重病了。（可參看我之前的文章《江湖郎中秒變頂級軍醫：理念領先世界二百年，甚至幫助抗擊非典》）對城内形勢缺乏估計的明超高層選擇了負隅頑抗，甚至沒有把太子送到南京去避難，最終在開打以後隻堅持了二十四個鐘頭不到就投降了，不是因為明軍戰鬥意志不堅定，實在是拿不動刀了。
崇祯帝朱由檢
而李自成來到北京以後，北京城内的疫情之慘大大出乎他的意料，對于他來說隻有迅速收集好财物離開北京傳回根據地西安才是上上策。所謂大順軍進城後腐化嚴重、戰鬥力下滑，很大程度上不是被金錢而腐化，很可能是因為感染疾病所緻。而李自成之是以要把大軍主力全部帶出城，一方面是使軍隊盡快遠離疫區，另一方面也是考慮到一旦戰敗可以将有生力量帶走，否則固守北京，無論是勝是敗最終都隻有死路一條！
山海關之戰
吳三桂勤王時帶着所有軍屬，而且走的非常快也很好解釋，因為此時東北也爆發了瘟疫，吳三桂正式要帶着這些人全部撤出疫區。李自成要他回去他不回、甯可和李自成主力打一張也是這個道理：回甯遠等于回到人間地獄，不如和李自成打還有活路，而李自成軍隊戰鬥力又有幾何也未可知。
多爾衮的所作所為也很好解釋，因為東北也在疫情範圍内，與其在東北做土皇帝不如去北京搏一搏。而後世所說的吳三桂假意降清實則複明可能也不無道理，因為北京城内的瘟疫确實也讓八旗軍喪失了很久的戰鬥力，使得他們很長時間都沒有采取對南明的軍事行動。隻是瘟疫來得快去的也快，站穩了腳跟的滿清直到267年後才退出曆史舞台。
八旗子弟
那麼這一場決定了中國國運的瘟疫又到底是什麼疾病呢？它就是鼠疫。相比于它在歐洲造成的後果，對中國的影響就隻能是小巫見大巫了。那場帶走了歐洲三分之一人口的著名的黑死病正是由它引起，并由此帶來了文藝複興。而在中國大流行時，其實在英國也有爆發，隻是在還沒有大流行時就被倫敦的大火給扼殺在搖籃之中了。
黑死病流行
鼠疫直到十九世紀末期，才由法國科學家耶爾森發現其病原體，為了紀念他也将這種細菌命名為鼠疫耶爾森菌。而真正徹底完善鼠疫理論體系并防控住鼠疫第三次大流行的則是一位中國軍醫——伍連德。
伍連德
盡管如此，鼠疫依然是我國法定的兩大甲類（最危險）的傳染病之一，人們對鼠疫，依然絕對不可以掉以輕心。