萬毅中将在解放後，曾經兩次脫下軍裝。第二次脫下軍裝長達17年，原本眼睛不好的他，身患眼疾。再次回到軍隊，工作沒幾年就雙目失明了。
萬毅在廬山會議之前，擔任總參裝備計劃部部長，他幹了6年，因受到廬山會議的牽連而離開軍隊，去了陝西擔任林業廳副廳長。
他在林業廳工作還是平靜，到了1967年11月受到沖擊，被停職了，而且還被監禁起來，直到1973年他才解除了監禁。
恢複自由的他，被通知可以回陝西工作，因眼疾沒有得到及時醫治，已經變得模糊了，他留在了北京治病。後來被診斷為青光眼病，而且相當嚴重，随時可能失明。
盡管進行了治療，但已經很晚了，眼睛一直處于半失明狀态，平常隻能聽聽收音機，看書讀報已經不行了。
到了1977年，他的問題得到了解決，摘得了他頭上的很多帽子，并回到部隊，擔任了總後勤部顧問。
回到部隊，他很高興，積極參加各種活動。到了1984年，他的眼疾惡化，雙目失明，無法再繼續工作了。
到了1985年，他主動提出退出總顧問，到了1987年退出了總後勤顧問職務。在離休後，他參與了軍史、黨史等編寫工作。