光緒十五年（1889）二月，慈禧太後撤簾，光緒皇帝親政。從此以後，在一些重大問題上，母子政見不一，疑窦漸生，逐漸形成了兩股政治勢力，即“帝黨”與“後黨”。這個時期，不管是哪個大臣無一例外都要選擇站隊，想要左右逢源幾乎是不可能的。
然而，作為慈禧身邊的紅人，二品頂戴的大總管李蓮英卻極具智慧，他在慈禧和光緒之間遊刃有餘，而且在慈禧和光緒死後得以全身而退，放眼滿朝文武無一人可及，為何李蓮英卻能做到呢？
在帝後兩黨激烈的鬥争中，李蓮英扮演了一個什麼樣的角色，世間傳聞，衆說不一，多有歧誤。有的說李蓮英完全站在慈禧太後一邊，借機挾持光緒，謀陷珍妃。有的說光緒帝被囚瀛台，每年冬天，李蓮英派光緒從冰上逃走，讓太監去瀛台周圍破冰。
甚至還有人認為，慈禧和光緒帝同時病重時，李蓮英在慈禧面前說，光緒聽到太後有病，面帶喜色。慈禧聽後十分惱怒，并說必須叫他死于我的前頭等等。第二天，光緒帝吃了李蓮英送去的東西，病情加重終先慈禧太後一天而死去。種種傳聞，不一而足。
事實上，李蓮英在宮中服役數十年，遇事總是深謀遠慮，從長計議，給自己留下後退之路。他深知自己作為一個禦用的奴才，既要服服帖帖順應慈禧，更不能冒冒失失得罪皇上。皇上畢竟比慈禧年輕，一旦慈禧歸天，腦袋是保不住的。
是以，從維新變法一開始，乃至光緒帝被囚禁的十年當中，李蓮英都處在這樣的夾縫中，說話辦事十分小心，慎之又慎，從内心裡并不完全站在慈禧一邊，專門與光緒皇帝為難，而是采取中庸調和的态度，多方回護光緒帝。
光緒帝十分懼怕慈禧太後，每次見到太後生氣都要長跪不起。李蓮英見光緒帝久跪不起有些心疼，故假裝責備地說：“别老跪在這兒，惹老佛爺生氣，趕緊走吧。”既給光緒解了圍，又叫慈禧太後聽了順心。是以光緒帝非常感激李蓮英。這正是李蓮英聰明“有大過人者”之處。
《辛醜條約》簽訂後，慈禧由西安回銮，途徑保定，慈禧太後行宮鋪陳華美，供給周全，李蓮英次之。光緒帝寝殿卻極冷落。時值隆冬，光緒帝連個被褥都沒有，整晚不能入睡。李蓮英得知情況後，将自己的被褥抱給光緒帝，并抱着皇上的腿大哭說：“奴才罪該萬死！”
對此，晚清詩人王小航在《方家園雜詠》十三首中寫道：“炎涼世态不堪認，蔑主惟知太後尊。丙夜垂裳恭待旦，膝前鳴咽老黃門。”詩中講的就是這件事，老黃門是太監的代稱，這裡指的就是李蓮英。
再比如，早在“戊戌變法”之前，珍妃夥同其兄賣官事露，慈禧命太監将珍妃傳到養心殿，又令太監拿來黃袋子，取出竹杖，杖責珍妃。光緒帝戰戰兢兢，跪着求情不允。李蓮英見珍妃實在可憐，便說：“太後莫須生氣，免得傷了龍體，難道就沒别的法子嗎？”
此話一出果然奏效，慈禧即令太監将珍妃帶回景仁宮，并說日後慢慢再處治你。是以光緒皇帝也好，珍妃也好，都很感激李蓮英。
光緒三十四年（1908）十月，光緒帝病重期間，禦弟載沣去探望，光緒流着淚說，朕所落得如此，皆袁世凱所為，務必殺他。另外還說，總管李蓮英實屬不易，對他要多加保護。如此種種例子都足以說明，李蓮英心活眼活，辦事巧妙，他是不會愣頭愣腦幹出一些隻效忠慈禧太後，而得罪光緒帝的傻事的。
或許有人對此看法不屑一顧，認為這是筆者一家之說。那麼從另外一個角度進行分析，假如李蓮英真的處處與光緒為敵，他會得到什麼好處呢？
以地位而言，此時的李蓮英身為大總管且賞戴二品銜，已經是無以複加了。晚年的慈禧太後已經不能離開李蓮英，對他的信任和寵愛自不待言。換句話說，不論李蓮英如何讨好慈禧，他的地位都不會發生大的改變。
但若是得罪光緒帝甚至是謀害光緒帝，那麼結果無疑是慘重的。封建時代，以下犯上，尤其是對皇帝不敬屬于十惡不赦，就算慈禧在世時沒人敢拿他怎麼樣，那麼慈禧死後李蓮英将不容于愛新覺羅氏，不容于滿朝文武大臣，更不容于封建綱常，身首異處那都是輕的。筆者堅信，以李蓮英之智慧斷斷不會幹出這種損人不利己的傻事。