光绪十五年（1889）二月，慈禧太后撤帘，光绪皇帝亲政。从此以后，在一些重大问题上，母子政见不一，疑窦渐生，逐渐形成了两股政治势力，即“帝党”与“后党”。这个时期，不管是哪个大臣无一例外都要选择站队，想要左右逢源几乎是不可能的。
然而，作为慈禧身边的红人，二品顶戴的大总管李莲英却极具智慧，他在慈禧和光绪之间游刃有余，而且在慈禧和光绪死后得以全身而退，放眼满朝文武无一人可及，为何李莲英却能做到呢？
在帝后两党激烈的斗争中，李莲英扮演了一个什么样的角色，世间传闻，众说不一，多有歧误。有的说李莲英完全站在慈禧太后一边，借机挟持光绪，谋陷珍妃。有的说光绪帝被囚瀛台，每年冬天，李莲英派光绪从冰上逃走，让太监去瀛台周围破冰。
甚至还有人认为，慈禧和光绪帝同时病重时，李莲英在慈禧面前说，光绪听到太后有病，面带喜色。慈禧听后十分恼怒，并说必须叫他死于我的前头等等。第二天，光绪帝吃了李莲英送去的东西，病情加重终先慈禧太后一天而死去。种种传闻，不一而足。
事实上，李莲英在宫中服役数十年，遇事总是深谋远虑，从长计议，给自己留下后退之路。他深知自己作为一个御用的奴才，既要服服帖帖顺应慈禧，更不能冒冒失失得罪皇上。皇上毕竟比慈禧年轻，一旦慈禧归天，脑袋是保不住的。
因此，从维新变法一开始，乃至光绪帝被囚禁的十年当中，李莲英都处在这样的夹缝中，说话办事十分小心，慎之又慎，从内心里并不完全站在慈禧一边，专门与光绪皇帝为难，而是采取中庸调和的态度，多方回护光绪帝。
光绪帝十分惧怕慈禧太后，每次见到太后生气都要长跪不起。李莲英见光绪帝久跪不起有些心疼，故假装责备地说：“别老跪在这儿，惹老佛爷生气，赶紧走吧。”既给光绪解了围，又叫慈禧太后听了顺心。所以光绪帝非常感激李莲英。这正是李莲英聪明“有大过人者”之处。
《辛丑条约》签订后，慈禧由西安回銮，途径保定，慈禧太后行宫铺陈华美，供给周全，李莲英次之。光绪帝寝殿却极冷落。时值隆冬，光绪帝连个被褥都没有，整晚不能入睡。李莲英得知情况后，将自己的被褥抱给光绪帝，并抱着皇上的腿大哭说：“奴才罪该万死！”
对此，晚清诗人王小航在《方家园杂咏》十三首中写道：“炎凉世态不堪认，蔑主惟知太后尊。丙夜垂裳恭待旦，膝前鸣咽老黄门。”诗中讲的就是这件事，老黄门是太监的代称，这里指的就是李莲英。
再比如，早在“戊戌变法”之前，珍妃伙同其兄卖官事露，慈禧命太监将珍妃传到养心殿，又令太监拿来黄袋子，取出竹杖，杖责珍妃。光绪帝战战兢兢，跪着求情不允。李莲英见珍妃实在可怜，便说：“太后莫须生气，免得伤了龙体，难道就没别的法子吗？”
此话一出果然奏效，慈禧即令太监将珍妃带回景仁宫，并说日后慢慢再处治你。所以光绪皇帝也好，珍妃也好，都很感激李莲英。
光绪三十四年（1908）十月，光绪帝病重期间，御弟载沣去探望，光绪流着泪说，朕所落得如此，皆袁世凯所为，务必杀他。另外还说，总管李莲英实属不易，对他要多加保护。如此种种例子都足以说明，李莲英心活眼活，办事巧妙，他是不会愣头愣脑干出一些只效忠慈禧太后，而得罪光绪帝的傻事的。
或许有人对此看法不屑一顾，认为这是笔者一家之说。那么从另外一个角度进行分析，假如李莲英真的处处与光绪为敌，他会得到什么好处呢？
以地位而言，此时的李莲英身为大总管且赏戴二品衔，已经是无以复加了。晚年的慈禧太后已经不能离开李莲英，对他的信任和宠爱自不待言。换句话说，不论李莲英如何讨好慈禧，他的地位都不会发生大的改变。
但若是得罪光绪帝甚至是谋害光绪帝，那么结果无疑是惨重的。封建时代，以下犯上，尤其是对皇帝不敬属于十恶不赦，就算慈禧在世时没人敢拿他怎么样，那么慈禧死后李莲英将不容于爱新觉罗氏，不容于满朝文武大臣，更不容于封建纲常，身首异处那都是轻的。笔者坚信，以李莲英之智慧断断不会干出这种损人不利己的傻事。