西漢時期，漢武帝為了加強京師地區的治安，專門設定了司隸校尉一職。司隸校尉在設立之初是武官，有一支兩千人的部隊。而且從性質上說，司隸校尉屬于皇帝專門派出的職務，帶有象征朝廷的“節”。後來，司隸校尉的部隊被裁減，“節”也被取消，逐漸演變成與刺史一樣的地方監察職務。司隸校尉監察的區域是首都所在三輔地區、關中門戶弘農郡和河南、河内、河東地區，地位特殊，是以司隸校尉也比一般的刺史更為顯赫。
漢武帝花香
早在更始政權剛剛建立的時候，光武帝就曾經以代理司隸校尉的身份接收洛陽城。東漢王朝建立後，司隸校尉的重要性進一步提升。司馬彪《續漢書·百官志》記載，司隸校尉負責“掌察舉百官以下及京師近郡犯法者”。根據蔡質《漢儀》記載，司隸校尉号稱“無所不糾”。（《後漢書》第3625頁）司隸校尉享有很高的禮遇。建武初年，光武帝下令參加朝會時，禦史中丞、司隸校尉、尚書令坐在特設的座位上，是以京師人士稱他們為“三獨坐”。列侯與公卿都不能随便與司隸校尉論尊卑。司隸校尉如果有事入宮，可以行走在中間的道路，這是普通人不能随随便便走的。如果有朝會，司隸校尉可以後到先去。
東漢的司隸校尉在政治生活中發揮了很大的作用。首先是彈劾百官的違法行為。比如應奉在擔任司隸校尉期間，“糾舉奸違，不避豪戚，以嚴厲為名”。（《後漢書》第1608頁）鄭據在擔任司隸校尉期間，奏免了外戚窦景的執金吾之職。虞诩擔任司隸校尉不久，就彈劾了太傅馮石、太尉劉熹、中常侍程璜、陳秉、孟生、李閏等，一時間百官畏懼，不敢正面看他。漢桓帝時，司隸校尉張彪也參與了對梁冀的圍捕。
其次，司隸校尉擁有一定的司法審判權，甚至一些死刑案件都不需要報請朝廷，可以直接處理。東漢後期，宦官張讓的弟弟曾經擔任野王（今河南沁陽市）縣令，在職貪殘，甚至于殘害孕婦。李膺擔任司隸校尉以後，張讓的弟弟懼怕李膺，主動逃到京師，躲在張讓家的柱子裡面。李膺聽說後，直接帶人到張讓家中，把張讓的弟弟從柱子中搜出來，進行了一番審理後，立即就處死了。張讓找到漢桓帝訴冤，漢桓帝派人把李膺找來，問他為什麼不先請示就直接處置。李膺詳細述說了經過，然後對皇帝說：“我在擔任司隸校尉以來，經常擔心不能迅速處置案件，懲處奸惡，會辜負陛下的信任。實在沒想到陛下竟然指責我處置得太快了。現在我知道自己的罪過了，請陛下再讓我擔任五天司隸校尉，我一定要讓元兇大惡得到應有的懲處。”漢桓帝啞口無言，回過頭對張讓說，這是你弟弟不對，李司隸沒有什麼不對的地方。後來，漢桓帝發現到了休假的時候，宮裡的宦官都不敢出宮去，問他們為什麼，他們都說害怕李校尉。
漢靈帝時期的司隸校尉陽球，平時就對宦官十分憤恨，曾經說：“若陽球作司隸，此曹子安得容乎？”（《後漢書》第2499頁）光和二年（179年），陽球真的當上了司隸校尉，在向皇帝謝恩的時候，就彈劾了大宦官王甫和太尉段颎等十多人。陽球直接把這些人投進洛陽的監獄中，親自進行訊問。王甫和他的兒子長樂少府王萌被陽球拷打緻死，段颎也在獄中自殺。不僅如此，陽球還把王甫等人的屍體肢解後在洛陽城門示衆，把王甫等人的财産全部充公，家屬都發配到遙遠的南部邊陲比景縣（屬于東漢日南郡管轄，位于今越南中部）。王甫、段颎等人在當時都是如日中天的權貴，陽球對他們的處置根本沒有報請皇帝或政府其他部門，事後皇帝也沒有怪罪。
司隸校尉有着比較廣泛的參政、議政權。朝廷的一些重大祭祀活動，司隸校尉往往參與其中。司隸校尉往往就朝廷的重大決策發表意見。比如，外戚梁冀最嚣張的時候，曾經讓朝廷讨論一下自己的禮遇。當時的司隸校尉祝恬等人就逢迎梁冀，提出梁冀應該享受當年周公曾經享受的禮遇。司隸校尉還有向朝廷舉薦人才的權力。漢順帝時，左雄在擔任司隸校尉期間就曾經向朝廷舉薦馮直擔任将帥。
昏聩的漢桓帝之陵
當然，司隸校尉的職責能否正常履行，與朝廷政治是否清明有很大關系。光武帝時的司隸校尉鮑永甚至彈劾了光武帝的叔父趙王劉良，劉良對光武帝有養育之恩，光武帝當然不可能懲處劉良，但光武帝也對鮑永的行為進行了表彰。後來，建武中元元年（56年），光武帝又任命鮑永的兒子鮑昱為司隸校尉，在鮑昱謝恩的時候，光武帝還專門派人對他講，自己公開鮑永與鮑昱之間的關系，就是要讓人們知道“忠臣之子複為司隸也”。（《後漢書》第1022頁）在光武帝的支援下，司隸校尉發揮了應有的職能。而當皇帝昏聩的時候，司隸校尉就很難發揮其職能了。陽球嚴厲地打擊了宦官勢力，引起了宦官們的恐慌，宦官頭子曹節等人找到漢靈帝，說陽球不适合擔任司隸校尉，結果漢靈帝就立即派人任命陽球為衛尉。陽球懇求皇帝能允許自己再多留任一個月，以便徹底鏟除宦官勢力，即便是叩頭流血，也沒得到皇帝的允許。而當黑惡勢力當權的時候，司隸校尉不僅不能正常發揮其職能，甚至還成為黑惡勢力的幫兇。黨锢事件中，朝廷下诏讓司隸校尉劉猛逮捕黨人，每十天就派人督促一次。而劉猛卻同情黨人，并不積極抓捕。過了一個多月，依然沒有什麼進展。宦官們就唆使皇帝罷免了劉猛，最後甚至把他投進監獄。接替劉猛的段颎卻極力向宦官們邀功，一時間逮捕了一千多名太學生。與宦官相勾結的李暠在擔任地方縣令時貪贓枉法，為非作歹。魏郡（治今河北臨漳縣）都郵不謙檢舉揭發了李暠的罪行，李暠被免職投後罰作勞役。後來，李暠勾結宦官再度踏入官場，并且擔任了司隸校尉一職。而不謙從金城（治今甘肅蘭州市）太守任上退休後，回到了家鄉。按照當時法律的規定，沒有朝廷的征召，免職的官員不能随便到京師。不謙後來私自來到洛陽，被李暠發現，李暠就把不謙關進監獄裡拷打緻死，報了當年被不謙檢舉揭發之仇。李暠公報私仇，朝廷并沒有懲處，李暠竟然還升任大司農。