一直以來，東北北部都是我國的重要地區，但曆史上各朝各代對它的統治方式卻不同，一般有以下這三種方式：
第一，任命部落首領為地方統治者，中央會通過朝貢和封賜等方式來控制該地區，這就是“羁縻統治”。第二，在戰略基地建城堡，駐紮軍隊，并遷入一定數量的人口，使其成為完整的生活體系，這就是鎮戌體制。第三，采用郡縣制度進行統治。
在明末清初時，由于俄國大肆入侵黑龍江，導緻邊疆出現重重危機。為了拯救邊疆，清政府改變明代的“羁縻統治”，實行鎮戌體制，進而加強鞏固了清代東北北部。
在明朝時期，東北一直實行傳統的“羁縻統治”。直到清朝建立，北部人口開始大量南遷，此時北部的諸多部落首領依然和清廷保持密切聯系，這也說明了此時黑龍江流域依然是屬于中國的。
而俄國當時和中國并不相鄰，它屬于歐洲國家，遠在烏拉爾山以西。直到16世紀後期，俄國開始東征，并在經過半個多世紀後，成功占領了西伯利亞的三大河流域。但因為地理局限，中國不了解西伯利亞發生的一切，俄國也同樣不了解中國黑龍江。
直到明崇祯十四年時，兩個俄國總督從一些土著居民口中了解了一些關于黑龍江的事情，出于好奇，他們組織了探險隊前往黑龍江。
兩年後，第一支俄國探險隊順利到達黑龍江流域，并向當地居民強行征收實物稅，這樣的做法引起了當地居民極大的憤怒，便不再提供食物給他們。無奈之下，這些俄國殖民者隻好傳回俄國。但随後，越來越多的俄國殖民者相繼來到黑龍江，給當地居民帶來了極大的災難。
特别是哈巴羅夫匪徒，他在進入黑龍江流域後，便率領軍隊大肆屠殺當地人，逼迫他們逃離家園。不僅如此，他還一路率軍到達上溯松花江，直接威脅到了東北内地的安全。而哈巴羅夫之是以這樣做其實是奉了俄國總督之命，想為沙俄開疆擴土的。但他的做法卻不僅讓當地居民遭受了巨大災難，還破壞了清王朝的邊疆秩序。
于是當地居民便在1651年時，派遣他們的首領去面見管轄黑龍江流域的中國官員，說明情況和請求保護。此時清政府才了解到黑龍江發生的一切事情。
因為此時清朝剛剛建立，江山不穩，而黑龍江距離京城數千裡之遠，清政府根本就無法獲知資訊。況且當時的黑龍江還在實行傳統的“羁縻統治”，出于尊重，中央一般很少會去過問邊疆部落之間的事情。這次若非部落首領主動告知，或許清政府還不知情。
既然清政府了解了情況，自然不能不管。是以，清政府曾下令讓駐守甯古塔的軍隊前往黑龍江下遊，幫助當地部落圍攻哈巴羅夫的軍隊，但結果卻戰敗了。這次戰敗令清政府大為震驚，同時也促使他作出了一個重要決定，那就是把駐守甯古塔的軍官級别提高到将軍，也就是說，要在黑龍江地區實行軍事鎮戌體制。
在順治十年時，清政府任命“鑲藍旗梅勒章京沙爾虎達為昂邦章京，鎮守甯古塔地方”。其實這并不是清政府第一次派兵駐守甯古塔了，為了加強控制東北北部的部落首領，在清朝建立之初，清政府就已經在甯古塔設定官員、駐紮軍隊和征收貢賦了。
後來，清政府認為黑龍江流域已經完全屬于清廷，是以便沒有再在此駐紮軍隊。也就在這時，俄國殖民者闖進了黑龍江。如今清政府在甯古塔駐紮軍隊，設定甯古塔将軍，并改變了傳統的邊疆管理模式，實行軍事鎮戌體制，足可見清政府已經開始重視邊疆了。
甯古塔設鎮以後，便開始抗擊俄國殖民者。在順治十一年時，清政府調集了上千名士兵在松花江邊成功擊潰捷潘諾夫匪徒。随後，又有數批俄國殖民者闖入了黑龍江上遊，并企圖征服黑龍江下遊。好在此時清政府已設定甯古塔将軍，并加強了對黑龍江地區的防範，才沒讓這些殖民者得逞。邊疆終于獲得了暫時的安甯。
不過，雖然俄國殖民者暫時退出了黑龍江，但由于之前十幾年這些殖民者對黑龍江的大肆燒殺搶掠，緻使黑龍江兩岸人口大量減少。而戰争過後的清政府又隻考慮到軍事方面，而沒有考慮駐軍和移民，這樣一來，黑龍江的人口數量遠遠不足。
再加上中俄兩國又沒有交涉過領土問題，俄國殖民者很可能随時會卷土重來。後世曾有人對這段曆史指出:“中國人所犯的錯誤真是令人遺憾，這表明了中國至今對其敵人估計不足，而敵人正是在不受幹擾的情況下，又逐漸回來，并且變得比以往任何時候都更加強大”。
在17世紀60年代初，一些俄國殖民者殺害當地俄國總督後，逃到了黑龍江沿岸，并霸占了當地居民的雅克薩舊城，在此生活下來。這些殖民者修建城堡、開墾土地、牧羊牲畜，企圖吸引更多的移民。
經過了二十年後，雅克薩的人口越來越多，周圍的土地也得到開發，甚至在舊城附近逐漸形成了一些自然村。于是，那些殖民者漸漸不再滿足于一座城堡，而是開始向黑龍江中下遊等地區擴充勢力。這些殖民者為了長久占領黑龍江，便先後在流域各處建立了許多侵略據點。
随着俄國殖民者重建雅克薩，并逐漸将勢力擴充至黑龍江中下遊，企圖将黑龍江左岸徹底分裂出去，清政府終于忍受不了了。此時已是康熙年間，清政府便開始出兵打擊和鎮壓這些俄國殖民者。至于為何清政府要等到此時才開始打擊俄國殖民者，原因有兩個。
第一，起初清政府有些輕敵，并沒将這些殖民者放在眼裡，直到後來他們的勢力壯大到威脅邊疆時，清政府才重視起來。第二，在康熙十三年時，爆發了三藩之亂，清政府将大量兵力都集中在平定叛亂上，也就無暇他顧了。直到八年以後，三藩之亂平定下來，清政府發現俄國殖民者的勢力在不斷壯大，若是長期下去，必然會侵犯到黑龍江，故而，清政府不得不派兵打擊鎮壓。
俄國政府也絲毫沒有隐瞞自己的野心，他們不僅公然在談判桌上要求得到黑龍江的主權，還特意調查研究過那一代的移民條件。他們發現從雅克薩到黑龍江中下遊“結雅河以東、阿穆爾河以北有一些草地，越過這些草地，在托米河下方有許多一望無際的牧場，非常肥沃，是适于種植莊稼的好地方，可與西伯利亞的一些牧場相媲美。
在這裡可以開辟大量耕地，可以讓上千或更多的國有農民來此移居。”此外，俄國官員還提議沙俄政府增派軍隊來此，并伺機占領黑龍江左岸。
從以上的描述中可知，當時的黑龍江流域地廣人稀，若是中國不加強管理的話，必然會被俄國霸占。而清政府也已經意識到這個問題了。其實早在俄國殖民者剛開始重建雅克薩時，黑龍江地區的中國官員就已經上奏朝廷，請求在一些戰略要地，比如甯古塔等地增設軍隊。但是由于三藩之亂，清政府将軍隊調走，無暇顧及黑龍江流域，才會讓俄國殖民者趁機擴大勢力。
平定叛亂後，清政府便開始了攻擊雅克薩的戰前準備。由于黑龍江流域地廣人稀，環境惡劣，軍隊作戰困難，為此，清政府決定“永戌黑龍江”。在經過充分準備後，清軍最終大勝俄軍，兩國就此簽訂了《中俄尼布楚條約》，此後，黑龍江流域得到了安甯。
在清政府決定“永戌黑龍江”後，整個東北随之就被分成了三塊，分别是盛京将軍鎮戌區、甯古塔将軍鎮戌區和黑龍江将軍鎮戌區。其中甯古塔将軍和黑龍江将軍鎮戌區的鎮戌職能最為突出。清初文人方拱乾曾經被流放甯古塔，他曾寫文描述甯古塔将軍鎮戌區，“本朝控制諸夷，受人參、貂狐皮貢，愛留卒以戌之。有邏車國者，嬲諸夷，使不得貢，敵之不勝，又動大衆，勤王師，遂擇八旗八十人長戌焉。複立牛鹿章京、梅勒、昂邦，以重其任。”
由此可見，清朝長戌甯古塔的目的就是為了維護邊疆秩序，其軍事意義極為重大。而要想達到鎮戌目的，就必須建立完整的管理體系，這樣才能讓整個地區變得強大起來。可以說，東北北部地區鎮戌體制的形成，對東北邊疆社會變遷來說，具有極其重要的意義。
第一，徹底摒棄了傳統的“羁縻統治”管理模式，使黑龍江得到了安甯。在曆史上，雖然中央政府曾經在東北實行過鎮戌體制，但卻并沒有完全摒棄“羁縻統治”，東北很多地區依然實行“羁縻”，相比之下，清政府有了很大的進步。
第二，用地緣組織來代替氏族組織，進而清除了幾千年來中原文化難以向北傳播的阻礙。第三，因推行鎮戌體制而形成的城、營、台、屯是流放人最早的聚居地，現在已經成為了東北北部政治文化中心。這些鎮戌地的發展為以後大量移民提供了落腳處，進而促進了整個東北的發展。
總之，實行鎮戌體制不僅全面清理了東北北部空間，同時也給中原人北進和中原文化的傳播創造了條件，更是為以後郡縣制度的實行奠定了基礎。