一直以来，东北北部都是我国的重要地区，但历史上各朝各代对它的统治方式却不同，一般有以下这三种方式：
第一，任命部落首领为地方统治者，中央会通过朝贡和封赐等方式来控制该地区，这就是“羁縻统治”。第二，在战略基地建城堡，驻扎军队，并迁入一定数量的人口，使其成为完整的生活体系，这就是镇戌体制。第三，采用郡县制度进行统治。
在明末清初时，由于俄国大肆入侵黑龙江，导致边疆出现重重危机。为了拯救边疆，清政府改变明代的“羁縻统治”，实行镇戌体制，从而加强巩固了清代东北北部。
在明朝时期，东北一直实行传统的“羁縻统治”。直到清朝建立，北部人口开始大量南迁，此时北部的诸多部落首领依然和清廷保持密切联系，这也说明了此时黑龙江流域依然是属于中国的。
而俄国当时和中国并不相邻，它属于欧洲国家，远在乌拉尔山以西。直到16世纪后期，俄国开始东征，并在经过半个多世纪后，成功占领了西伯利亚的三大河流域。但因为地理局限，中国不了解西伯利亚发生的一切，俄国也同样不了解中国黑龙江。
直到明崇祯十四年时，两个俄国总督从一些土著居民口中了解了一些关于黑龙江的事情，出于好奇，他们组织了探险队前往黑龙江。
两年后，第一支俄国探险队顺利到达黑龙江流域，并向当地居民强行征收实物税，这样的做法引起了当地居民极大的愤怒，便不再提供食物给他们。无奈之下，这些俄国殖民者只好返回俄国。但随后，越来越多的俄国殖民者相继来到黑龙江，给当地居民带来了极大的灾难。
特别是哈巴罗夫匪徒，他在进入黑龙江流域后，便率领军队大肆屠杀当地人，逼迫他们逃离家园。不仅如此，他还一路率军到达上溯松花江，直接威胁到了东北内地的安全。而哈巴罗夫之所以这样做其实是奉了俄国总督之命，想为沙俄开疆扩土的。但他的做法却不仅让当地居民遭受了巨大灾难，还破坏了清王朝的边疆秩序。
于是当地居民便在1651年时，派遣他们的首领去面见管辖黑龙江流域的中国官员，说明情况和请求保护。此时清政府才了解到黑龙江发生的一切事情。
因为此时清朝刚刚建立，江山不稳，而黑龙江距离京城数千里之远，清政府根本就无法获知信息。况且当时的黑龙江还在实行传统的“羁縻统治”，出于尊重，中央一般很少会去过问边疆部落之间的事情。这次若非部落首领主动告知，或许清政府还不知情。
既然清政府了解了情况，自然不能不管。因此，清政府曾下令让驻守宁古塔的军队前往黑龙江下游，帮助当地部落围攻哈巴罗夫的军队，但结果却战败了。这次战败令清政府大为震惊，同时也促使他作出了一个重要决定，那就是把驻守宁古塔的军官级别提高到将军，也就是说，要在黑龙江地区实行军事镇戌体制。
在顺治十年时，清政府任命“镶蓝旗梅勒章京沙尔虎达为昂邦章京，镇守宁古塔地方”。其实这并不是清政府第一次派兵驻守宁古塔了，为了加强控制东北北部的部落首领，在清朝建立之初，清政府就已经在宁古塔设置官员、驻扎军队和征收贡赋了。
后来，清政府认为黑龙江流域已经完全属于清廷，所以便没有再在此驻扎军队。也就在这时，俄国殖民者闯进了黑龙江。如今清政府在宁古塔驻扎军队，设置宁古塔将军，并改变了传统的边疆管理模式，实行军事镇戌体制，足可见清政府已经开始重视边疆了。
宁古塔设镇以后，便开始抗击俄国殖民者。在顺治十一年时，清政府调集了上千名士兵在松花江边成功击溃捷潘诺夫匪徒。随后，又有数批俄国殖民者闯入了黑龙江上游，并企图征服黑龙江下游。好在此时清政府已设置宁古塔将军，并加强了对黑龙江地区的防范，才没让这些殖民者得逞。边疆终于获得了暂时的安宁。
不过，虽然俄国殖民者暂时退出了黑龙江，但由于之前十几年这些殖民者对黑龙江的大肆烧杀抢掠，致使黑龙江两岸人口大量减少。而战争过后的清政府又只考虑到军事方面，而没有考虑驻军和移民，这样一来，黑龙江的人口数量远远不足。
再加上中俄两国又没有交涉过领土问题，俄国殖民者很可能随时会卷土重来。后世曾有人对这段历史指出:“中国人所犯的错误真是令人遗憾，这表明了中国至今对其敌人估计不足，而敌人正是在不受干扰的情况下，又逐渐回来，并且变得比以往任何时候都更加强大”。
在17世纪60年代初，一些俄国殖民者杀害当地俄国总督后，逃到了黑龙江沿岸，并霸占了当地居民的雅克萨旧城，在此生活下来。这些殖民者修建城堡、开垦土地、牧羊牲畜，企图吸引更多的移民。
经过了二十年后，雅克萨的人口越来越多，周围的土地也得到开发，甚至在旧城附近逐渐形成了一些自然村。于是，那些殖民者渐渐不再满足于一座城堡，而是开始向黑龙江中下游等地区扩展势力。这些殖民者为了长久占领黑龙江，便先后在流域各处建立了许多侵略据点。
随着俄国殖民者重建雅克萨，并逐渐将势力扩展至黑龙江中下游，企图将黑龙江左岸彻底分裂出去，清政府终于忍受不了了。此时已是康熙年间，清政府便开始出兵打击和镇压这些俄国殖民者。至于为何清政府要等到此时才开始打击俄国殖民者，原因有两个。
第一，起初清政府有些轻敌，并没将这些殖民者放在眼里，直到后来他们的势力壮大到威胁边疆时，清政府才重视起来。第二，在康熙十三年时，爆发了三藩之乱，清政府将大量兵力都集中在平定叛乱上，也就无暇他顾了。直到八年以后，三藩之乱平定下来，清政府发现俄国殖民者的势力在不断壮大，若是长期下去，必然会侵犯到黑龙江，故而，清政府不得不派兵打击镇压。
俄国政府也丝毫没有隐瞒自己的野心，他们不仅公然在谈判桌上要求得到黑龙江的主权，还特意调查研究过那一代的移民条件。他们发现从雅克萨到黑龙江中下游“结雅河以东、阿穆尔河以北有一些草地，越过这些草地，在托米河下方有许多一望无际的牧场，非常肥沃，是适于种植庄稼的好地方，可与西伯利亚的一些牧场相媲美。
在这里可以开辟大量耕地，可以让上千或更多的国有农民来此移居。”此外，俄国官员还提议沙俄政府增派军队来此，并伺机占领黑龙江左岸。
从以上的描述中可知，当时的黑龙江流域地广人稀，若是中国不加强管理的话，必然会被俄国霸占。而清政府也已经意识到这个问题了。其实早在俄国殖民者刚开始重建雅克萨时，黑龙江地区的中国官员就已经上奏朝廷，请求在一些战略要地，比如宁古塔等地增设军队。但是由于三藩之乱，清政府将军队调走，无暇顾及黑龙江流域，才会让俄国殖民者趁机扩大势力。
平定叛乱后，清政府便开始了攻击雅克萨的战前准备。由于黑龙江流域地广人稀，环境恶劣，军队作战困难，为此，清政府决定“永戌黑龙江”。在经过充分准备后，清军最终大胜俄军，两国就此签订了《中俄尼布楚条约》，此后，黑龙江流域得到了安宁。
在清政府决定“永戌黑龙江”后，整个东北随之就被分成了三块，分别是盛京将军镇戌区、宁古塔将军镇戌区和黑龙江将军镇戌区。其中宁古塔将军和黑龙江将军镇戌区的镇戌职能最为突出。清初文人方拱乾曾经被流放宁古塔，他曾写文描述宁古塔将军镇戌区，“本朝控制诸夷，受人参、貂狐皮贡，爱留卒以戌之。有逻车国者，嬲诸夷，使不得贡，敌之不胜，又动大众，勤王师，遂择八旗八十人长戌焉。复立牛鹿章京、梅勒、昂邦，以重其任。”
由此可见，清朝长戌宁古塔的目的就是为了维护边疆秩序，其军事意义极为重大。而要想达到镇戌目的，就必须建立完整的管理体系，这样才能让整个地区变得强大起来。可以说，东北北部地区镇戌体制的形成，对东北边疆社会变迁来说，具有极其重要的意义。
第一，彻底摒弃了传统的“羁縻统治”管理模式，使黑龙江得到了安宁。在历史上，虽然中央政府曾经在东北实行过镇戌体制，但却并没有完全摒弃“羁縻统治”，东北很多地区依然实行“羁縻”，相比之下，清政府有了很大的进步。
第二，用地缘组织来代替氏族组织，从而清除了几千年来中原文化难以向北传播的阻碍。第三，因推行镇戌体制而形成的城、营、台、屯是流放人最早的聚居地，现在已经成为了东北北部政治文化中心。这些镇戌地的发展为以后大量移民提供了落脚处，从而促进了整个东北的发展。
总之，实行镇戌体制不仅全面清理了东北北部空间，同时也给中原人北进和中原文化的传播创造了条件，更是为以后郡县制度的实行奠定了基础。