通常來說，掌握了天下之後必然會改朝換代，那麼為何日本會出現非常特殊的幕府政體呢?而且還延續了數百年的時間。而這就要追溯到最早的第一代幕府将軍源賴朝了。在源賴朝之前，其實也是有人出任過“征夷大将軍”的，但是隻有從源賴朝的“征夷大将軍”開始日本才出現了幕府政治。
在治承·壽永内亂當中，源賴朝先後降服了甲斐武田氏以及消滅了木曾義仲、平家。之後又在“奧州征伐”滅了位于日本東北地區的割據勢力奧州藤原氏，最終統一了日本。事實上，這樣的統一嚴格來說隻是武家的統一，畢竟在之前的幾個勢力都是依附于朝廷的。即便是奧州藤原氏也隻是半獨立狀态的割據勢力，是以對朝廷來說，日本一直都是統一的狀态，大家都有一個共同的主子，那就是天皇。
根一般的印象不同，在源賴朝開創了幕府之後，其實天皇和朝廷并沒有立馬失去實權，成為傀儡，天皇權利的丢失是一個過程。幕府時期的日本其實是二進制政體，幕府從朝廷獲得了守護與莊園低頭的任免權，其權利是來源于朝廷的，是以自然不會去颠覆朝廷。這些幕府所任命的莊園地頭，其實并不是莊園的主人，而是直接對莊園實行了軍事、裁決、稅收、警察等權利的人，地頭每年都需要按照一定程度的比例上交年貢給實際的莊園主人。
到了幕府後期，出現了很多亂黨，這些亂黨有着屬于自己的領地，但是與幕府卻沒有主從關系，有很多領地都是新開發的新田。在南北朝和室町時期，守護與地頭的實力開始逐漸擴大，室町幕府的權利就開始淩駕于朝廷之上，甚至還有能力插手到皇位繼承上。不過這個時候的武家政治已經擁有了自己一套非常成熟獨立的政治機構和行政班子，并且征夷大将軍的任命還是由朝廷來完成，直至戰國時期仍然存在着有支援南朝的殘黨存在。若是室町幕府的将軍想要取代北朝天皇的話，隻怕是會引來各地的揭竿而起。至于江戶時代，有前幾個武家政權做榜樣，就完全沒有必要取代天皇了。