公元1673年12月22日，康熙準備對抗三藩之亂時，康熙朝的第一件“朱三太子案”爆發。
當時，抗清人士楊起隆自稱明朝“朱三太子”，與心腹黃吉、陳益在北京聚集衆多信徒，戴白巾，穿紅衣，自号“中興官兵”，改年号為“廣德”。
由于清廷應對及時，這件事本身很快被解決了。但是，此後各地興起加盟“朱三太子”的浪潮，康熙朝時，“朱三太子案”頻頻發生，且直到乾隆朝才真正消失。這現象放在日本，相當于明治政府建立初期，由各地藩士所造成的動亂。但就反抗意識來說，“朱三太子案”背後隐藏的是一個民族認同的問題，之後天地會、白蓮教也紛紛打着“驅逐鞑虜”口号與清廷為敵，滿清也終其朝代無法解決“排滿”隐患。與元朝時期反抗蒙古人的明教極為相似。
明朝末年，李自成攻陷京城，三皇子定王出逃，之後下落不明。清兵入主中原後，抗清事件頻出，抗清分子紛紛假借明朝宗室的名義，自稱是失蹤的“朱三太子”，一方面想獲得南明宗室的款待，一方面想獲得漢人認同，同時借着托名的方式，保護自己不會輕易被官兵抓捕。“朱三太子”并不是皇位繼承人，按理說不應有“太子”之名，但是當時的嫡長子在亂軍中失蹤，被民間稱為“悼皇帝”，而嫡次子剛出生即夭折，于是嫡三子定王，便被民間稱為“朱三太子”。
康熙在位時，總共就出現了70件“朱三太子案”。
是什麼導緻“朱三太子案”頻頻爆發呢？
第一，中國曆代都是漢人的天下，滿人在明朝内亂時，突然入關統治，這讓許多漢人并不服氣，尤其明朝後代在江南建立南明，并沒有宣布滅亡，是以部分漢人隻願承認明朝政權。
第二，清朝統治漢人的方式簡單粗暴，除了收走明朝官員的爵位與大部分田地，還下令讓漢人剃發、穿旗服，激起漢人的不滿。
第三，除了中國内部之外，歸順明朝的藩屬國也支援漢人反清。比如北韓，自認為大明子民，公開支援南明政權與三藩，試圖北伐滅清，甚至一直沿用明朝的年号，在清末的時候，标記事件的年份都已經記到“崇祯兩百多年”。
第一件“朱三太子案”的主人公楊起隆本來是個無業遊民，但受到三藩舉兵抗清的号召，決定自封為明朝宗室三太子，聚集北京遊民和八旗叛奴，一起商議反叛之事。不料，就在楊起隆等人商議的時候，官兵突然攻陷他們所住的鼓樓客棧。驚慌之下，楊起隆獨自逃跑，其餘黨羽盡數被捕捉。
為什麼楊起隆的“朱三太子案”如此輕易就被清兵瓦解了呢？
首先，這個案子發生以前，意外地被滿人注意到，官府适時應對，成功瓦解了事件。
當時，鑲黃旗監生郎廷樞發現家裡的裁縫師有些不對勁，不跟主人打招呼，工作往往敷衍了事。郎廷樞懷疑之餘，發現家仆會圍聚在一起，共同商議反清之事，于是馬上向官府報案。此外，住在鼓樓西街的正黃旗人周公直，也碰見家中三十幾個仆人聚集，意圖縱火，反清複明，便跑去找都統祖永烈告發此事。
巧合不止如此，祖永烈尚未帶兵到場之前，将軍鄂克遜恰好在鼓樓附近走動，發現鼓樓失火，鼓樓客棧裡的人披甲露刃，面露兇光。他立即奔告納蘭明珠與圖海。
于是鄂克遜、納蘭明珠、圖海、祖永烈等人紛紛率兵登場，擒獲黃吉、陳益等三十餘人，唯獨楊起隆成功逃脫。
同時，負責謀劃對抗三藩的索額圖，早就發現北京有一批反清勢力，借着這次“朱三太子案”東窗事發，索額圖用半天時間把楊起隆的萬餘黨羽緝捕歸案。
其次，趁着“三藩之亂”鬧事的楊起隆，雖然極為機敏果敢，但是反清這樣的大事，他當時卻未做好全盤謀劃，更缺乏有效的行動，隻是帶着信徒黃吉、陳益等三十餘骨幹成員，四處放火，是以清兵不費吹灰之力就将其撲滅。
原本康熙接到通報，聲稱楊起隆不久後定能落網，但案件發生後的七年，楊起隆才在陝西鳳翔被圖海捕獲，随後伏法。
不過，楊起隆隻是七十分之一的“朱三太子”，其他“朱三太子”還對清朝政權虎視眈眈，頻繁作案。“朱三太子案”層出不窮的現象對清朝造成什麼樣的影響呢？
第一，康熙是清代受到最多抗清分子侵擾的皇帝，于是康熙在創立功業之餘，還得花費許多精力對付這些抗清分子。乾隆之後，可能抗清一方意識到三太子不可能活這麼久，紛紛放下了“朱三太子”的旗号。但是天地會、白蓮教的起事還在繼續，加總起來，這些事件幾乎占據清朝大半的戰争史，并以嘉慶時的白蓮教起事最為嚴重，可以說清朝的氣數有一部分就斷送在反清勢力的手裡。
第二，清朝花了很多心思改良漢滿政策，其中江南文人士大夫尤其堅韌，是以康熙曾經六下江南，安撫士族，拜谒明孝陵，提拔漢官，也安置了不少眼線。這個下江南的舉動也被後來的乾隆皇帝效仿。于是，清朝許多制度，都是為了安撫這些反清勢力而來的。
至于，真正的朱三太子真的存在嗎？據《清實錄》記載，1708年，官府發現了一位教書老師王士元，很有可能是真正的朱三太子，于是将王士元全家斬首。但是王士元死後，仍有朱三太子案爆發。是以，這個人是不是真的朱三太子，成為一個千古謎案。
“朱三太子”現象之是以層出不窮，是因為“朱三太子”已經成為一個符号，背後則是反清人士抗清的理念，這也驗證了目标凝聚的規律，而清朝面臨無數抗清分子的起事，需要在位者适時變化政策，适應民間的需求，印證了因俗而治的規律。
曆代評價
聖祖不容明裔，亦胸中自有種族之見，惟恐人望之有歸。此則後來排滿亦自種之因也。
──近代史學家孟森