公元1673年12月22日，康熙准备对抗三藩之乱时，康熙朝的第一件“朱三太子案”爆发。
当时，抗清人士杨起隆自称明朝“朱三太子”，与心腹黄吉、陈益在北京聚集众多信徒，戴白巾，穿红衣，自号“中兴官兵”，改年号为“广德”。
由于清廷应对及时，这件事本身很快被解决了。但是，此后各地兴起加盟“朱三太子”的浪潮，康熙朝时，“朱三太子案”频频发生，且直到乾隆朝才真正消失。这现象放在日本，相当于明治政府建立初期，由各地藩士所造成的动乱。但就反抗意识来说，“朱三太子案”背后隐藏的是一个民族认同的问题，之后天地会、白莲教也纷纷打着“驱逐鞑虏”口号与清廷为敌，满清也终其朝代无法解决“排满”隐患。与元朝时期反抗蒙古人的明教极为相似。
明朝末年，李自成攻陷京城，三皇子定王出逃，之后下落不明。清兵入主中原后，抗清事件频出，抗清分子纷纷假借明朝宗室的名义，自称是失踪的“朱三太子”，一方面想获得南明宗室的款待，一方面想获得汉人认同，同时借着托名的方式，保护自己不会轻易被官兵抓捕。“朱三太子”并不是皇位继承人，按理说不应有“太子”之名，但是当时的嫡长子在乱军中失踪，被民间称为“悼皇帝”，而嫡次子刚出生即夭折，于是嫡三子定王，便被民间称为“朱三太子”。
康熙在位时，总共就出现了70件“朱三太子案”。
是什么导致“朱三太子案”频频爆发呢？
第一，中国历代都是汉人的天下，满人在明朝内乱时，突然入关统治，这让许多汉人并不服气，尤其明朝后代在江南建立南明，并没有宣布灭亡，因此部分汉人只愿承认明朝政权。
第二，清朝统治汉人的方式简单粗暴，除了收走明朝官员的爵位与大部分田地，还下令让汉人剃发、穿旗服，激起汉人的不满。
第三，除了中国内部之外，归顺明朝的藩属国也支持汉人反清。比如朝鲜，自认为大明子民，公开支持南明政权与三藩，试图北伐灭清，甚至一直沿用明朝的年号，在清末的时候，标记事件的年份都已经记到“崇祯两百多年”。
第一件“朱三太子案”的主人公杨起隆本来是个无业游民，但受到三藩举兵抗清的号召，决定自封为明朝宗室三太子，聚集北京游民和八旗叛奴，一起商议反叛之事。不料，就在杨起隆等人商议的时候，官兵突然攻陷他们所住的鼓楼客栈。惊慌之下，杨起隆独自逃跑，其余党羽尽数被捕捉。
为什么杨起隆的“朱三太子案”如此轻易就被清兵瓦解了呢？
首先，这个案子发生以前，意外地被满人注意到，官府适时应对，成功瓦解了事件。
当时，镶黄旗监生郎廷枢发现家里的裁缝师有些不对劲，不跟主人打招呼，工作往往敷衍了事。郎廷枢怀疑之余，发现家仆会围聚在一起，共同商议反清之事，于是马上向官府报案。此外，住在鼓楼西街的正黄旗人周公直，也碰见家中三十几个仆人聚集，意图纵火，反清复明，便跑去找都统祖永烈告发此事。
巧合不止如此，祖永烈尚未带兵到场之前，将军鄂克逊恰好在鼓楼附近走动，发现鼓楼失火，鼓楼客栈里的人披甲露刃，面露凶光。他立即奔告纳兰明珠与图海。
于是鄂克逊、纳兰明珠、图海、祖永烈等人纷纷率兵登场，擒获黄吉、陈益等三十余人，唯独杨起隆成功逃脱。
同时，负责谋划对抗三藩的索额图，早就发现北京有一批反清势力，借着这次“朱三太子案”东窗事发，索额图用半天时间把杨起隆的万余党羽缉捕归案。
其次，趁着“三藩之乱”闹事的杨起隆，虽然极为机敏果敢，但是反清这样的大事，他当时却未做好全盘谋划，更缺乏有效的行动，只是带着信徒黄吉、陈益等三十余骨干成员，四处放火，因此清兵不费吹灰之力就将其扑灭。
原本康熙接到通报，声称杨起隆不久后定能落网，但案件发生后的七年，杨起隆才在陕西凤翔被图海捕获，随后伏法。
不过，杨起隆只是七十分之一的“朱三太子”，其他“朱三太子”还对清朝政权虎视眈眈，频繁作案。“朱三太子案”层出不穷的现象对清朝造成什么样的影响呢？
第一，康熙是清代受到最多抗清分子侵扰的皇帝，于是康熙在创立功业之余，还得花费许多精力对付这些抗清分子。乾隆之后，可能抗清一方意识到三太子不可能活这么久，纷纷放下了“朱三太子”的旗号。但是天地会、白莲教的起事还在继续，加总起来，这些事件几乎占据清朝大半的战争史，并以嘉庆时的白莲教起事最为严重，可以说清朝的气数有一部分就断送在反清势力的手里。
第二，清朝花了很多心思改良汉满政策，其中江南文人士大夫尤其坚韧，因此康熙曾经六下江南，安抚士族，拜谒明孝陵，提拔汉官，也安置了不少眼线。这个下江南的举动也被后来的乾隆皇帝效仿。于是，清朝许多制度，都是为了安抚这些反清势力而来的。
至于，真正的朱三太子真的存在吗？据《清实录》记载，1708年，官府发现了一位教书老师王士元，很有可能是真正的朱三太子，于是将王士元全家斩首。但是王士元死后，仍有朱三太子案爆发。因此，这个人是不是真的朱三太子，成为一个千古谜案。
“朱三太子”现象之所以层出不穷，是因为“朱三太子”已经成为一个符号，背后则是反清人士抗清的理念，这也验证了目标凝聚的规律，而清朝面临无数抗清分子的起事，需要在位者适时变化政策，适应民间的需求，印证了因俗而治的规律。
历代评价
圣祖不容明裔，亦胸中自有种族之见，惟恐人望之有归。此则后来排满亦自种之因也。
──近代史学家孟森