于谦被英宗杀害，既有英宗对他当年拥立郕王朱祁钰为帝耿耿于怀，也有于谦自己的性格问题。于谦个性刚直，是个典型的清流，因此得罪了不少人，当然于谦之死肯定是个冤案，没有于谦，大明估计很难躲过那一场危机，也就不会有之后长达200年的国运。
正统十四年（1449年），明英宗在宦官王振的怂恿之下，率领50万大军御驾亲征屡犯边境的蒙古瓦剌，结果在土木堡遭到瓦剌大军的包围，50万大军几乎全军覆没，英宗也只身被俘。消息传到京师，朝野震动，当时还是侍讲，后来与石亨、曹吉祥联手发动南宫之变的徐有贞以天象有变为由，力主迁都南京，当时还是兵部侍郎的于谦严厉驳斥徐有贞道：“言南迁者，可斩也。京师天下根本，一动则大事去矣，独不见宋南渡事乎！”力主坚守京师与瓦剌死战，当时已是监国的郕王朱祁钰支持于谦，但于谦却也因此与徐有贞结下了梁子，为后来徐有贞极尽所能诱导英宗杀害于谦埋下了伏笔。
轰轰烈烈的北京保卫战，以瓦剌退兵而结束，京师转危为安，而英宗又身陷漠北，国不可一日无君，但太子朱见深才两岁，年幼无知难以担负起卫国大任。值此人心不稳，天下不安之际，于谦冒死向孙太后建议让郕王入承大统，以安民心。就这样，郕王经三谦让后正式即位，是为景泰帝，于谦从兵部侍郎升为兵部尚书。
英宗在漠北被瓦剌关了一年，瓦剌有意将英宗送还，景泰帝却迟迟下不定决心，此时已经坐稳皇位的景泰帝其实已经心存私心，他很想英宗如北宋徽、钦二帝客死北国事，希望英宗永远不要回来，但朝野上下对于太上皇南还之事几乎是一边倒的希望景泰帝早做决断，速派人前往瓦剌迎回太上皇，正当景泰帝犹豫不决之际，早已经洞察景泰帝想法的于谦当场表示：
天位已定，宁复有他，顾理当速奉迎耳。万一彼果怀诈，我有辞矣。（据《明史》）
身为京师保卫战首功之臣的于谦都这么说了，景泰帝也不好拒绝，于是遵从于谦意见，先后派李实与杨善前往瓦剌迎接太上皇南还。可以说，迎回太上皇，于谦的做法完全是为景泰帝着想，不管怎么说，景泰帝得位是非常特殊的，英宗虽身陷敌营，但当时皇太子朱见深完全可以继承帝位，如果不是因为太子年幼，景泰帝根本没有资格做皇帝，如今顺应民意迎回太上皇，其实也是给景泰帝形象上加了不少的分，可见于谦真的是一片赤诚，其良苦用心天地可鉴。
可惜，被皇位冲昏了头脑的景泰帝对太上皇的处理方式太过于无情冷血，英宗一回来，与钱皇后夫妻团聚还不到一个月，两人便被幽禁在南宫，这一关，就是整整七年。
景泰八年（1457年），乘着景泰帝重病在床，石亨与徐有贞联合内侍曹吉祥发动夺门之变，打开已经关了七年的南宫大门，迎接太上皇复位。英宗没有想到自己还有重见天日、重新复位的这一天，因此一复位，便立马展开了清算、报复，将还在病榻的景泰帝废为郕王，把于谦和大学士王文逮捕入狱。两人被以谋反罪拟处死，奏疏上呈后，英宗还有些犹豫，说：“谦实有功（于谦是有功劳的）”，可见，在当时英宗的头脑还是相当清醒的，没有于谦，北京保卫战就很难成功，于谦的功劳是很大的，但是铁了心要让于谦死的徐有贞却说了很关键的一句话：
“不杀于谦，此举为无名。”（据《明史》）
这一句话是非常致命的，因为刺到了英宗的痛处，夺门之变是一场彻头彻尾的政变，当时景泰帝虽然病重不能起，但他还是事实上的大明皇帝，石亨徐有贞等人发动政变打开南宫大门迎接英宗复位，这是谋反，为了将谋反之罪专嫁给他人，就只能拿于谦开刀。而于谦又是景泰帝的心腹大臣，也是他当年力主弃皇太子朱见深立监国郕王为帝，徐有贞等人凑准了英宗肯定对自己当年“被迫”成为太上皇之事耿耿于怀，将谋反事强按在于谦头上，既可解英宗当年因为拥立景泰帝之恨，又可以除掉他们在朝中的一大劲敌，真可谓是一举两得。
在强烈的报复心的驱使下，刚刚即位的英宗便对景泰帝君臣展开了无情的清算，景泰八年（1457年），也即英宗复位这一年，还在病中的景泰帝被废为郕王，不久景泰帝离奇死去，被以王礼安葬，成为明朝唯一一个没有被葬入十三陵的皇帝。而于谦与王文，则被处于斩立决，于谦被害的消息很快传遍天下，史载是：天下冤之。英宗冤杀于谦，成为他一生最大的污点之一。
英宗冤杀于谦，重点并不在英宗，他其实是被蒙蔽了，真正杀害于谦的幕后推手正是徐有贞等人。而这，就不得不说到于谦本人的性格了。
徐有贞这人，前文说到瓦剌侵犯京师的时候，就以天有异象为由希望能迁都南京，是个典型的逃跑主义者，如果不是于谦力排众议请求坚守京师，估计大明王朝的北方领土早就沦陷。也正是因为于谦与徐有贞意见相左，徐有贞至此开始咬牙切齿的痛恨于谦.
而于谦还有恩于石亨，当年石亨因为违犯了军法被削职，于谦惜其才，向景泰帝请求宽恕了他，还让他总理十营兵，但因为害怕于谦不敢放肆，也不喜欢于谦。另外，都督张辄因为征苗时不守律令，被于谦弹劾，和内侍曹吉祥等都一向恨于谦。可以说，早在景泰年间，由于于谦刚直的性格，在朝中已经得罪了不少人。
在石亨、徐有贞曹吉祥等人的联合进谗之下，刚刚脱离幽禁苦海的英宗皇帝，被复仇之心冲昏了头脑，尽管他骨子里一直把于谦当成是一个忠臣，但是于谦与景泰帝密切的君臣关系也让英宗耿耿于怀，要知道，景泰帝不念兄弟之情，将英宗幽禁在南宫整整七年时间，这般决绝无情肯定是英宗所不能接受的。因此，处死于谦后，为顾及自己颜面，英宗生前一直没有给于谦平反，直到他儿子宪宗朱见深即位后，才正式颁布天下，为一代忠臣于谦彻底平反。