于謙被英宗殺害，既有英宗對他當年擁立郕王朱祁钰為帝耿耿于懷，也有于謙自己的性格問題。于謙個性剛直，是個典型的清流，是以得罪了不少人，當然于謙之死肯定是個冤案，沒有于謙，大明估計很難躲過那一場危機，也就不會有之後長達200年的國運。
正統十四年（1449年），明英宗在宦官王振的慫恿之下，率領50萬大軍禦駕親征屢犯邊境的蒙古瓦剌，結果在土木堡遭到瓦剌大軍的包圍，50萬大軍幾乎全軍覆沒，英宗也隻身被俘。消息傳到京師，朝野震動，當時還是侍講，後來與石亨、曹吉祥聯手發動南宮之變的徐有貞以天象有變為由，力主遷都南京，當時還是兵部侍郎的于謙嚴厲駁斥徐有貞道：“言南遷者，可斬也。京師天下根本，一動則大事去矣，獨不見宋南渡事乎！”力主堅守京師與瓦剌死戰，當時已是監國的郕王朱祁钰支援于謙，但于謙卻也是以與徐有貞結下了梁子，為後來徐有貞極盡所能誘導英宗殺害于謙埋下了伏筆。
轟轟烈烈的北京保衛戰，以瓦剌退兵而結束，京師轉危為安，而英宗又身陷漠北，國不可一日無君，但太子朱見深才兩歲，年幼無知難以擔負起衛國大任。值此人心不穩，天下不安之際，于謙冒死向孫太後建議讓郕王入承大統，以安民心。就這樣，郕王經三謙讓後正式即位，是為景泰帝，于謙從兵部侍郎升為兵部尚書。
英宗在漠北被瓦剌關了一年，瓦剌有意将英宗送還，景泰帝卻遲遲下不定決心，此時已經坐穩皇位的景泰帝其實已經心存私心，他很想英宗如北宋徽、欽二帝客死北國事，希望英宗永遠不要回來，但朝野上下對于太上皇南還之事幾乎是一邊倒的希望景泰帝早做決斷，速派人前往瓦剌迎回太上皇，正當景泰帝猶豫不決之際，早已經洞察景泰帝想法的于謙當場表示：
天位已定，甯複有他，顧理當速奉迎耳。萬一彼果懷詐，我有辭矣。（據《明史》）
身為京師保衛戰首功之臣的于謙都這麼說了，景泰帝也不好拒絕，于是遵從于謙意見，先後派李實與楊善前往瓦剌迎接太上皇南還。可以說，迎回太上皇，于謙的做法完全是為景泰帝着想，不管怎麼說，景泰帝得位是非常特殊的，英宗雖身陷敵營，但當時皇太子朱見深完全可以繼承帝位，如果不是因為太子年幼，景泰帝根本沒有資格做皇帝，如今順應民意迎回太上皇，其實也是給景泰帝形象上加了不少的分，可見于謙真的是一片赤誠，其良苦用心天地可鑒。
可惜，被皇位沖昏了頭腦的景泰帝對太上皇的處理方式太過于無情冷血，英宗一回來，與錢皇後夫妻團聚還不到一個月，兩人便被幽禁在南宮，這一關，就是整整七年。
景泰八年（1457年），乘着景泰帝重病在床，石亨與徐有貞聯合内侍曹吉祥發動奪門之變，打開已經關了七年的南宮大門，迎接太上皇複位。英宗沒有想到自己還有重見天日、重新複位的這一天，是以一複位，便立馬展開了清算、報複，将還在病榻的景泰帝廢為郕王，把于謙和大學士王文逮捕入獄。兩人被以謀反罪拟處死，奏疏上呈後，英宗還有些猶豫，說：“謙實有功（于謙是有功勞的）”，可見，在當時英宗的頭腦還是相當清醒的，沒有于謙，北京保衛戰就很難成功，于謙的功勞是很大的，但是鐵了心要讓于謙死的徐有貞卻說了很關鍵的一句話：
“不殺于謙，此舉為無名。”（據《明史》）
這一句話是非常緻命的，因為刺到了英宗的痛處，奪門之變是一場徹頭徹尾的政變，當時景泰帝雖然病重不能起，但他還是事實上的大明皇帝，石亨徐有貞等人發動政變打開南宮大門迎接英宗複位，這是謀反，為了将謀反之罪專嫁給他人，就隻能拿于謙開刀。而于謙又是景泰帝的心腹大臣，也是他當年力主棄皇太子朱見深立監國郕王為帝，徐有貞等人湊準了英宗肯定對自己當年“被迫”成為太上皇之事耿耿于懷，将謀反事強按在于謙頭上，既可解英宗當年因為擁立景泰帝之恨，又可以除掉他們在朝中的一大勁敵，真可謂是一舉兩得。
在強烈的報複心的驅使下，剛剛即位的英宗便對景泰帝君臣展開了無情的清算，景泰八年（1457年），也即英宗複位這一年，還在病中的景泰帝被廢為郕王，不久景泰帝離奇死去，被以王禮安葬，成為明朝唯一一個沒有被葬入十三陵的皇帝。而于謙與王文，則被處于斬立決，于謙被害的消息很快傳遍天下，史載是：天下冤之。英宗冤殺于謙，成為他一生最大的污點之一。
英宗冤殺于謙，重點并不在英宗，他其實是被蒙蔽了，真正殺害于謙的幕後推手正是徐有貞等人。而這，就不得不說到于謙本人的性格了。
徐有貞這人，前文說到瓦剌侵犯京師的時候，就以天有異象為由希望能遷都南京，是個典型的逃跑主義者，如果不是于謙力排衆議請求堅守京師，估計大明王朝的北方領土早就淪陷。也正是因為于謙與徐有貞意見相左，徐有貞至此開始咬牙切齒的痛恨于謙.
而于謙還有恩于石亨，當年石亨因為違犯了軍法被削職，于謙惜其才，向景泰帝請求寬恕了他，還讓他總理十營兵，但因為害怕于謙不敢放肆，也不喜歡于謙。另外，都督張辄因為征苗時不守律令，被于謙彈劾，和内侍曹吉祥等都一向恨于謙。可以說，早在景泰年間，由于于謙剛直的性格，在朝中已經得罪了不少人。
在石亨、徐有貞曹吉祥等人的聯合進讒之下，剛剛脫離幽禁苦海的英宗皇帝，被複仇之心沖昏了頭腦，盡管他骨子裡一直把于謙當成是一個忠臣，但是于謙與景泰帝密切的君臣關系也讓英宗耿耿于懷，要知道，景泰帝不念兄弟之情，将英宗幽禁在南宮整整七年時間，這般決絕無情肯定是英宗所不能接受的。是以，處死于謙後，為顧及自己顔面，英宗生前一直沒有給于謙平反，直到他兒子憲宗朱見深即位後，才正式頒布天下，為一代忠臣于謙徹底平反。