猴頭菌在生産中常常由于生産者管理不當等諸多因素，使猴頭菌出現畸形菇，失去商品價值，造成了經濟損失。是以，需對猴頭菌産生畸形的原因進行分析，并找出較好的防治措施。
子實體從基部分枝，又在分枝上不規則地多次分枝，形成珊瑚狀，有時在分枝頂部末端長成發育不良的幼菇。在其基部有類似根狀的菌絲束與培養料相連，供給水分與營養給子實體。這種珊瑚狀的菇體多數在發育中逐漸死亡。産生的原因：在培養料中含有阻礙子實體正常發育的有害物質，如使用部分松木、杉木等含芳香族化合物的木屑，緻使菌絲生長受到異常刺激或抑制而影響到子實體的正常發育。其次是猴頭菌對二氧化碳非常敏感，在出菇場地，二氧化碳濃度過高，超過了0.1%，而刺激菌柄不斷分枝，抑制了子實體的發育。
預防措施：第一是配制培養料時，不要混入松、柏、杉、：香樟等樹木的木屑；第二是在子實體生長發育期，加強通風換氣，保持足夠的新鮮空氣；第三，若菌袋上已經出現了珊瑚狀子實體，可在剛發生時連培養料一同鏟除，然後改善環境條件，可重新形成正常的子實體。
子實體呈塊狀分枝，肥大，表面粗糙，有皺褶，無菌刺或菌刺極少，菌肉軟實松脆，新鮮時略帶黃楊色。
發生原因：由于空氣濕度偏低、溫度過高（25t以上）而引起的。
預防措施：在子實體發育時期，盡量保持栽培場地18~22℃的溫度，保持相對濕度在90%~95%。當氣溫高時，保持向室内空間噴霧狀水和向地面灑水，并向子實體噴少量霧狀水，室内通風換氣。切忌讓風直接吹向子實體，以減少水分蒸發。
猴頭菌的幼蕾呈白色，少數菌株呈粉紅色，這是正常現象，但随着子實體發育成熟，應轉變成為白色。但若是自始至終均為黃色或粉紅色，菌刺短而粗，這就屬于異常型。
發生原因：子實體呈紅色，這是由于溫度低于15℃時才有此變化，顔色随溫度的下降而加深，10℃左右菇體停止生長；子實體在強光照條件下，也會發紅。子實體發黃由兩個原因造成：第一是子實體感病，其菌體刺稀短而粗，口感有苦味。第二是空氣相對濕度低于70%，特别是幼嫩茵蕾更加敏感，濕度低還會留下斑痕，甚至出現畸形。風吹到菇體上，時間稍久時菇體也會變黃或死亡。
預防措施；猴頭菌幼蕾形成後應在18~22℃的适溫下培養；控制光照強度，栽培場地的光照應在2000勒克斯以下；發現感病的茵袋，應立即搬出場地；最後是避免風吹到子實體上，菌蕾發育階段，保持菇房相對濕度在90%左右。
瓶栽猴頭菌有時發生的情況，主要是培養料裝得過淺，料面離瓶口太長所緻。是以，在瓶栽裝料時，培養料應裝到離瓶口約2厘米處為好，可預防長柄猴頭菌的出現。
粗刺型：肉刺粗大，子實體分枝，球塊小，這是由于空氣濕度大于95%和通氣不良造成的。
長刺松散型：子實體肉刺長，球塊小而松軟，且往往分枝，這是由于高溫所緻。
基部狹長型：菇體基部狹長，不呈圓筒形，這是由于場地光線不足或光線不均所造成。在--些光照條件差的出菇場所，應用照明燈補光。
另外，猴頭菌的菌種傳代次數太多，菌絲生活力下降，抗逆性減弱等等，也會造成菇體的畸形。
在栽培實踐中，應注意農藥對猴頭菌造成的傷害而變為畸形。猴頭菌對多菌靈特别敏感，在培養料中有0.001%的濃度，猴頭菌菌絲生長趨于停止或變為索狀。當多菌靈的濃度在0.1%時，猴頭菌菌絲全部死亡。
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