在平三藩戰争期間，康熙發現意外的現象，八旗清軍在吳軍陣前不堪重用，而地位低下的漢軍綠營将士卻英勇善戰，面對這一不争的事實，他于是斷然決定重用綠營兵，以企扭轉一度失利的戰争局面。
在收複台灣時，康熙也非常重視漢将。剛開始時他主要采取招撫為主的政策，但是一直沒有結果，最後決定派大軍進剿台灣，以達到收複鄭氏集團、安定東南邊疆的目的。
施琅
康熙二十一年十月二十日，福建水師提督施琅接到皇上指令他專征台灣的聖旨。
施琅也是一位善于海戰的漢軍将領，而且又是鄭氏集團早期投誠朝廷的人員，接到皇帝的指令時，他正會集各路總兵進行海上操練，并放出口風說要利用北風進剿台灣，以達到混淆敵人視聽的目的。而到十一月，他又聲稱北風刮得太強，不便于進剿，是以暫時按兵不動，使敵摸不清真實意圖。
到二十二年，朝廷又努力招撫台灣鄭氏毫無結果，康熙于是催促施琅“速進兵”。事實上施琅早已做好了準備，六月上旬一接到進軍的指令，他就立刻将大隊的戰船水軍齊集到銅山，同時向福建總督姚啟聖咨詢請示有關糧饷和犒賞将士的銀兩問題。施琅采取獎賞機制，激勵将士們勇挑戰鬥重擔。
六月十一日，施琅把部隊各個鎮、協、營的守備、千總、把總等随征武官聚集到一起，将先鋒官的賞銀整齊地排列到案子上，傳令說：在征剿澎湖的時候，如果有誰敢于争當先鋒官的，案子上的銀子就全部獎賞給他，“以便首先沖岸破敵”。
大家都知道這是一場惡戰，又是少有的海上作戰，指令宣布以後，場面一片寂靜。這時提标署右營遊擊藍理挺身而出，領了“先鋒銀錠”，受到施琅的嘉許。
藍理也是一名鄭氏投誠朝廷人員，在後來的澎湖激戰中他嚴重受傷，在腹破腸流的情況下仍然英勇奮戰。
後來康熙知道了有關藍理的英勇事迹，就特别把他召到禦前，詢問澎湖戰況，還讓他把上衣解開看他的傷痕，親切的慰問使藍理頗受感動，最後康熙又賜禦書“所向無敵”的橫幅給他，以示激勵。這充分說明康熙對依漢治漢軍事政策的重視程度。
六月十三日，施琅部隊舉行祭海儀式。十四日早上七時，他率領官兵二萬一千多人，各類戰船二百三十多艘從銅山向澎湖進發。十六日，戰船彙集澎湖，與駐守澎湖的鄭軍大将劉國軒展開激戰。
在初戰中，由于對形勢估計不足而失利，施琅和藍理在負傷的情況下仍然堅持戰鬥，這時金門鎮千總遊觀光的戰船趕到，救回施琅和藍理的戰船。
施琅暫且收兵，傍晚将大隊水師收集到西嶼頭，并認真作了部署，防備敵人乘潮水進行夜襲。
二十二日，經過充分準備，施琅與鄭軍劉國軒展開了決戰，雙方這次都投入了幾乎全部的兵力。
施琅派遣随征的都督陳蟒、魏明等，率領五十隻戰船向東進入雞籠嶼、四角山對敵軍形成夾攻之勢；又派遣随征總兵官董義、康同玉等人率領五十隻戰船向西駛到牛心灣，作為疑兵對敵人形成牽制；施琅親自率領五十六隻大鳥船居中作為主攻隊伍，并且把所親率的部隊分成八隊，每隊七隻戰船。
全軍剩餘的八十隻戰船分成兩大股，留作後援。雙方展開戰鬥以後，從早上七時交戰，一直持續到下午四時。在戰鬥中，清軍采用“五梅花”戰術，神威大顯，即便有個别戰船被敵船圍困也能被救出。
最後清軍大獲全勝，總計焚毀、擊沉鄭軍大炮船、大鳥船等各類船共一百五十隻，繳獲鳥船、趕缯船等各類船共三十五隻，焚殺鄭方将軍、提督、總兵、副将等進階将領四十七員，遊擊以下一般将領三百多人，焚殺及溺死敵兵約一萬二千多人。
經此一役，鄭軍主力幾乎全軍覆沒。劉國軒率領殘餘部隊從北邊經過吼門逃回台灣。
而這樣一來，防守在娘媽宮炮城的鄭氏将軍楊德見自己已成孤島無援之勢，隻好卸甲棄戈，出海投降，于是澎湖列島三十六座由此收複。清軍在全部戰鬥中僅有微小傷亡。
經澎湖激戰，施琅的水師全殲鄭軍主力，這就為和平解決台灣問題奠定了基礎。施琅率領部隊收複諸島以後，不計較以前鄭氏殺親之仇，厚待敵方投誠人員，允許他們回台灣與親人團聚，并讓他們轉告台灣人“速來降，尚可不死；少緩，即為澎湖之續矣”，為和平收複台灣制造了必要的聲勢。
八月十一日，施琅率領官兵前往台灣接受鄭氏的投降。
十八日，施琅當着包括鄭氏首腦鄭克爽在内的衆投降人員和台灣父老的面，宣讀皇帝赦诏：“爾等果能悔過投誠，傾心向化，率所屬僞官軍民人等，悉行登岸，将爾等從前違抗之罪，盡行赦免，仍從優叙錄，加恩安插，務令得所。煌煌谕言，炳如日星，朕不食言”。
鄭克爽等投降人員遙向北京叩頭謝恩。從此台灣回到祖國懷抱，重新與大陸統一。
綠營兵上陣後，由于畢竟熟悉敵兵習性，針鋒相對，具有滿洲兵所不具備的特點。正緣于此，康熙堅持以綠營兵為主力，使之發揮優勢，連續擴大戰果直到徹底剿滅吳三桂叛軍為止。
康熙十四年，平定三藩戰争正處于對清軍不利階段，西北戰場由于清政府關系處理不當，提督王輔臣于前一年十二月反叛。
二月，甘肅巡撫華善上疏說：逆臣王輔臣現在據守關山以東，歧山以北，黃河以南，與四川吳三桂叛軍連接配接了起來，再加上西番回部乘這間隙進犯中原，河西形勢危急，要保住這些地區免于淪陷，必須重用漢軍提督張勇，隻有他才能扭轉不利局面，恢複失地。
康熙立刻采納了華善的建議，授甘肅提督張勇為“靖逆将軍”，委以收複甘肅全境的重任，加大了張勇的權力。張勇果然不負康熙重望，帶領手下西甯總兵官王進寶、甯夏總兵官陳福、甘肅總兵官孫思克及綠營兵卒奮勇殺敵，屢立戰功，這自然使康熙十分欣慰。
二月十七日，因蘭州陷落，康熙指令大将軍貝勒董額、将軍阿密達等統領大軍分路進兵，同時密檄張勇及三位總兵官率軍對敵兵形成夾攻之勢。
張勇親自領兵下河州、洮州，進攻鞏昌，作為南路軍；王進寶率兵進攻蘭州，作為西路軍；陳福從甯夏南下恢複花馬池。定邊等地，作為北路軍。再加上董額等東路的兵力，對王輔臣形成四面包圍之勢。
甘肅總兵孫思克則帶領部屬策應各路并兼領涼州、甘州軍務，這樣清軍在西北戰場上的優勢即已形成。由于滿族巡撫華善所薦得人，康熙從善任賢，漢軍主力在張勇所率之下，經艱苦奮戰，從二月到六月僅僅五個月時間，除王輔臣盤踞的平涼和附近的固原之外，其餘失地相繼收複，三邊逐漸得以穩定。
康熙十八年，平叛戰争已進入第六個年頭，在這一年的十月初十，康熙谕令将軍張勇、王進寶、提督趙良棟、孫思克，讓他們率領各自所屬的綠營兵盡快平定漢中、興安，進一步恢複四川，并讓滿洲兵配合行動。
在谕令中，康熙還說：“自古漢人逆亂，亦惟以漢軍剿平。”此言對漢軍的作戰能力給予了充分的肯定。王進寶、趙良棟積極執行康熙的決策指令，分别出兵行動。這樣漢将在收複四川的戰争中自成一軍，僅用三個月的時間便收複了四川絕大部分地區。
康熙十九年三月下旬，趙良棟以雲貴總督的身份提出新的進攻方案，内容主要是從湖廣、廣西、四川分三路進兵雲貴，時間大概到八月完成進剿任務，最後各路齊進，直搗吳軍老巢昆明。
康熙認為可行，于是全部準許了趙良棟的計劃，并讓他根據戰争的形勢随機出兵。至九月，趙良棟完成對吳兵的追剿任務，率領甯夏兵直抵昆明，及時地攻克該城，受到了康熙的稱贊。康熙之是以特别嘉贊趙良棟，還在于他造成既成事實，促使貝子彰泰全力支援，一齊攻陷昆明，避免了戰機的錯失。趙良棟的作為，顯示了漢将的果斷和無畏。
康熙重用漢軍将領，依重他們制服反叛朝廷勢力有着多種内涵，從民族心理來說，起到了向反叛勢力宣示朝廷所進行的平叛戰争是合理的這一含義。
使用漢軍征伐，朝廷方面就從道義方面首先已經擷取了勝利。
而在另一方面，如果使用滿族軍隊平定吳三桂叛亂和進剿台灣，則會給人一種民族壓迫的感覺，這在被征服地的漢族群眾來說，心理上很大程度是難以接受的，如果處理不當，漢族百姓還會自發組織軍隊與清軍進行鬥争，對于朝廷統一國家勢必不利。
由此看來，利用漢軍将士解決對漢族分裂勢力，不僅僅是康熙軍事謀略的卓越展現，同時也是他的一項英明的治國決策，意義深遠。