清鹹豐十一年（公元1861）九月，太平天國忠王李秀成挾二破“江南大營”之威自贛入浙。在此之前李秀成曾一克杭州，因為天京被圍，李秀成不得不回師救援。這次破圍戰是李秀成和英王陳玉成最後一次合作，自此以後，李秀成隻經營江浙自己認為的封地，全然不顧安慶方面陳玉成與曾國藩的決戰。
李秀成二攻杭州是太平天國戰争史上的攻堅戰之一。是役，太平軍将士在李秀成的指揮下，全殲了清軍杭州的守軍，所有的杭城大員除了被殺以外，剩下的官員為免受辱紛紛自殺。那麼為什麼在衆多死亡的官員中獨有浙江巡撫王有齡會得到李秀成的厚葬呢？這其中究竟有什麼深刻的原因？
王有齡是季清時代少有的清官和幹吏，這一切完全繼承了他父親優良的基因。他自幼聰明倜傥講大節，但因為他不屑八股之文，是以父親隻好為他捐官。
從任知縣起到任浙江巡撫，王有齡秉承了清廉的家風，難得可貴的做到了那個時代的“為官一任，造福一方”，其行徑遠超今時今日口口聲聲為民造福的貪官。
鹹豐十年（公元1860年），太平軍進軍江浙，時任江蘇布政使的王有齡事先籌劃，經過苦戰，在總兵張玉良的積極配合下收複了杭州。因為此功，王有齡被朝廷擢升為浙江巡撫。
時太平軍李秀成部正在經營江浙，蘇州已為太平軍的首府，更有其弟李世賢積極配合，江浙府縣基本已為太平軍掌握。
這個時候曾國藩約湘軍已經兵臨安慶城下，面對朝廷救援的嚴旨，老奸巨猾的曾國藩隻是虛與委蛇不肯出兵。他的目标隻有一個，那就是拿下天京最後的門戶安慶。因為隻有拿下安慶才能迅速滅了太平天國。
王有齡任浙江巡撫時太平軍已經二破江南大營，而太平天國忠王李秀成自奪蘇州以後對杭州就勢在必得。因為這個原因，李秀成率領二十萬大軍再次由江西出發進抵杭州。
消息傳到杭州，王有齡一邊備戰一邊向江蘇戰場與太平軍作戰的左宗棠取援，但左宗棠以各種理由拒絕出兵援杭。無奈的王有齡隻好組織有限的兵力抵抗太平軍的進攻。
是年11月17日，太平軍在攻占杭州所有的外圍陣地以後進圍杭州十個城門。關鍵時刻清杭州将軍瑞昌拒絕與王有齡合作，是以王有齡隻好依靠戰鬥力極弱的綠營兵分守城各處。為了鼓勵守城将士的鬥志，王有齡除親披甲胄四處巡視外，還讓家人送飯菜以慰軍心。
然而這一切措施都抵擋不住二十萬太平軍的進攻，經過多日激戰，清波門首先為李秀成部将陳炳文攻破，王有齡雖然率部進行了頑強的抵抗，但怎奈各個城門先後陷落，王有齡隻好邊打邊退至巡撫衙門。這時的他知道自己的大限已至。雖然這樣他依然親書遺言，希望李秀成破城以後不要妄殺百姓。寫完遺書他嚴令自己的親兵各尋生路，但親兵無一人逃跑直至全部戰死。在巡撫衙門陷落之前，寫完遺書的王有齡自缢而亡。
由于王有齡素有清譽，在攻城之前，李秀成就嚴令部下破城之日人皆可殺但不可傷王巡撫。因為這樣，城破之日，李秀成盛殓了王有齡，同時特别撥銀3000兩，命王有齡的家人将他的棺椁歸葬福建候官。