清咸丰十一年（公元1861）九月，太平天国忠王李秀成挟二破“江南大营”之威自赣入浙。在此之前李秀成曾一克杭州，因为天京被围，李秀成不得不回师救援。这次破围战是李秀成和英王陈玉成最后一次合作，自此以后，李秀成只经营江浙自己认为的封地，全然不顾安庆方面陈玉成与曾国藩的决战。
李秀成二攻杭州是太平天国战争史上的攻坚战之一。是役，太平军将士在李秀成的指挥下，全歼了清军杭州的守军，所有的杭城大员除了被杀以外，剩下的官员为免受辱纷纷自杀。那么为什么在众多死亡的官员中独有浙江巡抚王有龄会得到李秀成的厚葬呢？这其中究竟有什么深刻的原因？
王有龄是季清时代少有的清官和干吏，这一切完全继承了他父亲优良的基因。他自幼聪明倜傥讲大节，但因为他不屑八股之文，所以父亲只好为他捐官。
从任知县起到任浙江巡抚，王有龄秉承了清廉的家风，难得可贵的做到了那个时代的“为官一任，造福一方”，其行径远超今时今日口口声声为民造福的贪官。
咸丰十年（公元1860年），太平军进军江浙，时任江苏布政使的王有龄事先筹划，经过苦战，在总兵张玉良的积极配合下收复了杭州。因为此功，王有龄被朝廷擢升为浙江巡抚。
时太平军李秀成部正在经营江浙，苏州已为太平军的首府，更有其弟李世贤积极配合，江浙府县基本已为太平军掌握。
这个时候曾国藩约湘军已经兵临安庆城下，面对朝廷救援的严旨，老奸巨猾的曾国藩只是虚与委蛇不肯出兵。他的目标只有一个，那就是拿下天京最后的门户安庆。因为只有拿下安庆才能迅速灭了太平天国。
王有龄任浙江巡抚时太平军已经二破江南大营，而太平天国忠王李秀成自夺苏州以后对杭州就势在必得。因为这个原因，李秀成率领二十万大军再次由江西出发进抵杭州。
消息传到杭州，王有龄一边备战一边向江苏战场与太平军作战的左宗棠取援，但左宗棠以各种理由拒绝出兵援杭。无奈的王有龄只好组织有限的兵力抵抗太平军的进攻。
是年11月17日，太平军在攻占杭州所有的外围阵地以后进围杭州十个城门。关键时刻清杭州将军瑞昌拒绝与王有龄合作，因此王有龄只好依靠战斗力极弱的绿营兵分守城各处。为了鼓励守城将士的斗志，王有龄除亲披甲胄四处巡视外，还让家人送饭菜以慰军心。
然而这一切措施都抵挡不住二十万太平军的进攻，经过多日激战，清波门首先为李秀成部将陈炳文攻破，王有龄虽然率部进行了顽强的抵抗，但怎奈各个城门先后陷落，王有龄只好边打边退至巡抚衙门。这时的他知道自己的大限已至。虽然这样他依然亲书遗言，希望李秀成破城以后不要妄杀百姓。写完遗书他严令自己的亲兵各寻生路，但亲兵无一人逃跑直至全部战死。在巡抚衙门陷落之前，写完遗书的王有龄自缢而亡。
由于王有龄素有清誉，在攻城之前，李秀成就严令部下破城之日人皆可杀但不可伤王巡抚。因为这样，城破之日，李秀成盛殓了王有龄，同时特别拨银3000两，命王有龄的家人将他的棺椁归葬福建候官。