（一）個人方面
明穆宗朱載垕在位僅六年，且十分尴尬地擠在在嘉靖與萬曆之間，注定是兩個時代的過渡期。盡管他早年銳意改革，但實在架不住徐階、高拱、殷士儋、張居正等内閣班子的輔助能力，與其和他們面晤廷争、日理萬機，倒不如落個清閑自在，是以他的批注意見大多是這個畫風：「上允之」「上然之」「上是之」「上從之」「上嘉納之」「報可」「報如議」，活脫脫的佛系理政啊！
作為佛系理政的踐行者，穆宗對于指摘砭刺的言官，也是相當寬容。他即位之初便诏令：「應弊政诏書開載未盡者，陸續自行查議奏革。其凡可以正士習、糾官邪、安民生、足國用等項長策，仍許諸人直言無隐。」谥文描述的「至言事之臣，雖獲震怒谯讓，後常釋遣之」，與實錄中多次出現的「切責而宥之」吻合，确能見其大度寬仁之風（勸他戒色除外....詳見下文「冶遊」節）。但正因禦批如此随緣，也時常出現百官意見相異，穆宗卻都應允實行的情況，進而導緻「号令非一、前後背馳」，這時，閣臣不得不曉之以情理、申之以利害，「上乃悟」。
總之，曆史給穆宗的舞台并不大，而他本人也樂于放權乘化，說他是守成之君是并不過分的。但是，鑒于曆史上的明時治世，莫不倚仗着前朝之根本，我們亦不能輕視隆慶朝的作用，它客觀上清理了嘉靖朝的各種病弊，也為萬曆朝打下了不錯的經濟基礎，史稱「隆慶新政」。
（二）經濟方面
1.群策的結晶
穆宗時方曆嘉靖一朝，國庫空枵、百廢待興，于是「一時臣工争相與畢智效忠」。除内閣成員高拱、徐階、李春芳、陳以勤、張居正等主持國策外，六科及十三道禦史亦或多或少參與過獻策定制。僅據不完全統計，其政策直接産生經濟利益的，就包括馬森、武金、劉翾、劉體乾、龐尚鵬、葛守禮、顧廷對、馬明谟、鄒應龍等數十人之多，可以說隆慶朝的經濟複蘇，離不開朝野上下的共同努力。
（1）屯田與鹽引
田稅和鹽引稅自古以來都是國家财政的重頭，欲要恢複國力、改善民生，則必先從田鹽變革開始。
隆慶朝的田法改革大抵有兩個方向：
①制約宗支勢豪，以增民田
說到打擊豪強，也許大家更為熟悉「複屯鹽本色以裕邊儲，均田賦丁差以蘇困敝」的海瑞。事實上，海瑞正是在穆宗時期得以重任（詳見「政治」章），而官方也一直在規劃着消除侵占、解放民田的事宜。解放民田的對象，不但包括内地，也包括邊鎮；不但包括民間權豪，也包括宗族勳臣，可以說是遠近兼施、上下并治的舉措，利國利民，不在話下。
兵科給事中張齊，言：「宣府收馬草場屯田團種等地，往以勳臣内官為鎮守總兵，各佃種數十頃，收租以充公用。後雖奉旨革回，而占田如故，吏莫敢聞，遂以閉愚民投獻之端，為奸人逋逃之薮。請一切清理還官。」上令：「巡按禦史查追具奏，如有勢豪私占者，即以名聞，不得故縱。」（卷九）
總理九邊屯田佥都禦史龐尚鵬，條上薊鎮九事：「一，屯田私相典賣，隐弊難稽，宜立号紙，開載三款，或見種、或荒蕪、或侵沒，按籍可以得之。一，荒田無慮千頃，日下召種之令，苦無應者。宜令所在将領兵備官，就近撥軍耕種，将見存犒賞之牛，并各郡邑牛種銀，分給之，候三年之後，征其租入。一，屯地僻遠，原主力不能及者，募入開墾，即給為業，免其抽軍糧頭各項雜差，仍量地肥硗，以定稅額，甯從寬假，勿與小民争升鬥之利。其管屯官，亦視召種分數，以行勸懲。一，各地有軍逃而為衛官所隐占者，有私相典賣而埋沒者，有勢豪利其膏腴而威逼抵換者，有因其鄰近而侵漁兼并者，有承佃年久攘為世業者，有指稱隙地投獻權門者。宜嚴加查禁，許自首者免罪，有能告者，以其田畀之。……」（卷二十八）
戶部覆禦史劉世曾，查理莊田五事：「一曰清隐地，謂丈量昔嘗行之，而卒不能清者，凡以委非其人、行不盡法耳。宜選廉幹有司，親核原數，務使肥瘠均酌，數外者立界，以防侵占；抛荒者開墾，以增課稅；影射欺隐者，許以首告沒入之；若能告者，輕其常稅之半。二曰恤貧戶，謂查出地土，将以裕國恤民，苟不給之小戶耕種，則終歸勢豪耳。宜盡與貧民或複籍人戶，若有冒名私占者，事發重治。三曰議收解，謂舊設莊頭征解，侵匿殊多，今後公私租稅，俾散戶自納為便。四曰清冊籍，謂田數文冊，遺漏十九，僅存者又略而勿詳。今丈量後，宜備細登入，别廣狹、定高下、析肥硗、分荒熟，載佃戶郡縣憲司屯田戶部各存一冊，以備稽查。……」（卷二十八）
②修訂稅法款項，以便征銀
隆慶朝曾對稅法進行過多次探索，為後來張居正推廣普及「一條鞭法」起到了辯證的借鑒作用。
戊申，戶部尚書葛守禮等奏：「近年定為一條鞭法，不論倉口，不開石數，止開每畝，該銀若幹，吏書因緣為奸，增減灑派，弊端百出，此派之法變也。至于收解，乃又變為一串鈴法，謂之夥收分解，收者不解，解者不收，收者獲積餘之資，解者任賠補之累，是豈得為平乎！」（卷七）
直隸巡按禦史顧廷對，條陳六事：「……一，清國稅。言各關稅課不益，其弊有三：姑息者避謗怨、暗弱者滋侵漁、近膩者多污染。今欲清稅課，莫若更易部臣，敕巡按禦史總理輪委府推官一員驗收，一季一易，則夙弊盡革，常課可以漸增。……」（卷十六）
巡撫山東都禦史梁夢龍等，條上賦役三事：「一，正夏稅秋糧之規。言稅糧征收，載在律例，甚明，傾行一條鞭法，同時并征，民力不堪，奸弊滋起。宜如舊例，以次第征解。一，正分收分解之規。言往者編佥大戶分定倉口，近為一串鈴法，總收、分解轉移，侵匿常課。益宜後舊例給大戶收完，交納司府差類解。……」（卷四十八）
（2）治水與開海
水道既是貿易和糧運的重要途徑，又關系着農業和民生，穆宗曾多次委派官員治理水道，這與隆慶年間泛濫的水災（詳見下文「天災」節）不無關系。總理河道官朱衡、翁大立等，先後就沿用故道和開辟新道的問題，進行了讨論和探索。
先是，河決沛縣，議者請修複運河故道，乃勘議新集、郭貫樓等處上源。已而，總理河道尚書朱衡言：「古之治河，惟欲避害，而今之治河，又欲資其利。……聖慈不忍沛縣魚台之民橫罹水災，拳拳欲開故道，臣等仰體聖心，亦有勘議上源之請。但考之地形、參之輿論，其不可者有五……」（卷三）
總理河道都禦史翁大立言：「新河之成勝于舊河者，其利有五。地形稍仰，黃水難沖，一也。津泉安流，無事提防，二也。舊河陡峻，今皆無之，三也。泉地既虛，黍稷可藝，四也。舟揖利涉，不煩牽挽，五也。……其湖地退攤者，盡上腴之田，按之可得千頃，令民得種藝，其中計畝出賦，以供河渠之費，計無便于此者。」（卷三十一）
巡按直隸禦史張守約，陳言治河緩急，大略謂：「全河既複故道，修治之策，在增築堤岸，以束漫流，以防奔潰。……夫與其開不可必成之新河，孰若修治已通之舊河，為力甚易；與其費數百萬開河，孰若以數十萬修河，為費甚省。」（卷六十五）
禮科左給事中雒遵，會劾泇口河議以為不便，乃言：「……凡二百六十裡，取道雖捷，施工實難。……夫與其煩勞厚費，以開泇口之河，熟若時加修防，如期攢運，保百數十餘年之故道。」（卷六十七）
但是，無論是修複故道還是開辟新河，都面臨着巨大的預算缺口，而屯田漕運卻是燃眉之急，于是海運自然被言官們重新提上議案。這也使明朝海禁在「隆慶開關」後進一步解除。（有趣的是，實錄中并未有涉及「隆慶開關」的内容）
己未，總理屯鹽都禦史龐尚鵬，條上遼東屯田便宜十一事：「……一曰寬海禁。謂海禁不通，止以登萊造舡及布花本色之擾，故議者紛紛，辄以風濤寇盜為解，殊不知遼左喉咽，全恃甯前，甯前若扼，則全鎮更無可倚，止有金州道海一線，奈何閉之？……」（卷三十二）
山東巡撫都禦史梁夢龍等，上海運議曰：「今漕河多故，言者争獻開膠河之說，此非臣等所敢任也。第嘗考海道，南自淮安至膠州，北自天津至海倉……計三千三百裡，風便兩旬可達，況舟皆由近洋洋中島嶼聯絡，遇風可依，非如橫海而渡風波難測，比之元人殷明略故道……汛期不爽、占候不失，即千艘萬橹，保無他患，可以接濟京儲，羽翼漕河，省牽挽之力，免守幫之苦。而防海衛所犬牙錯落，又可以嚴海禁、壯神都，甚便。」（卷六十一）
戶科都給事中宋良佐等奏：「國初糧運，率因元故，自會通河成，而海運始罷。然而遮洋一總，猶寓存羊之意。至嘉靖末年……建議罷廢，而海運遺意無複有存者矣。今河變頻仍、運道屢梗，宜乘此遺迹未泯之時，将遮洋一總盡行議複，務足額以存海運遺意。」（卷六十一）
總督漕運都禦史王宗沐言：「國計之有漕運，猶人身之血脈，血脈通則人身康，漕運通則國計足。我朝河運幾百六十年，法度修明，疏通無滞，迩來事多弊滋，兼以黃河泛溢，數患漂流，故科臣複議海運……因其曠達以取其速，而标記島嶼以避其患，則名雖同于元人，而利實專其便易，佐河運之缺，計無便于此者。然此猶舉時宜而言耳，若語全勢，則其說有三：一曰天下大勢，二曰都燕專勢，三曰日前急勢。……」（卷六十八）
有種說話，「隆慶開關」是扭扭捏捏的改革，海上貿易隻開了一條小小的縫隙；從海運後續的發展來看，個中掣肘也是相當繁多，「帶着鐐铐跳舞」所言不虛。
山東守臣言：「青登萊三府海島，潛住遼人，遼東累年勾攝，既不可得，而山東虛文羁縻，終非永圖。……一，查船隻。……（遼人）敢有擅用雙桅遠泛海洋，或近高麗者，罪無赦。一，平貿易。……不許入夜私交，以生他釁，亦不許貨違禁物。一，專責成。安輯撫綏，當責成海道及都司，乃有統紀，必明法令，毋務姑息。……一，杜續逃。各島安插既定，遼人避事，必有續逃者，宜令遼鎮重禁金州等處人，毋複越海。」（卷六十一）
山東撫按等官梁夢龍等言：「迩因河患異常，廟堂畫策傍海通運，誠千萬年經久之圖願。今經理之急，其要有四：沿海城池廢墜不修，不可言備，如大嵩靈山等衛宜及時修葺，以杜門戶、杜窺伺，一也。海運既開，奸人或乘便通番，宜禁谕商民，不得辄私下海者，第行島嶼間，不得速泛大津。違者許官兵擒治，二也。自海禁久弛，私販極多，欲驟革之，則海道藉其指引，即縱緩之，則接引之奸，不可勝诘。今宜明谕商民入海者，責令往回給引查銷，則巡察者既有所驗，而私販者難容其奸，三也。海運既行，如利津等縣三巡檢司，各有沿海泛地，運舡往來有護送警備之嚴，宜複巡檢司及方兵原額，四也。」（卷六十六）
2.虛假的節約
穆宗頗有節約之名，谥文聲稱：
……黜不經之祀，罷無用之作，蠲非藝之征，絕無名之獻。除煩苛、節浮冗、恤困窮、埋冤滞……潛邸時，嘗食驢腸而甘，及即位，間以問左右，左右請诏光祿。上曰：「若爾，則光祿必日殺一驢以備宣索，吾不忍也。」乃止。歲時遊娛行幸，諸供膳光祿，必先期以請候上旨為約，上常裁取最約者，歲省光祿費以钜萬計，其恭儉如此。
他也曾因兩庫空虛，而詫異地自評道：
上手诏曰：「帑藏之積，何乃缺乏緻此！朕于一切用度，十分省減，正供之外，未賞妄費分毫。爾等尚當悉心措處，以濟國用。」
然而事實真的如此嗎？我們試舉幾例他的奢侈品項目：
戶部進所買珠寶香料，共用太倉濟邊銀一萬六千五百有奇。（卷五十九）
戶部進續買珠寶，共用銀二萬二千四百兩有奇。上以所買不堪用，責該司對狀，尚書張守直因自引罪，且請再行宛大二縣收買。上怒未解，奪郎中袁三接、員外賈實俸各半年。（卷六十四）
己未，诏雲南廣東采辦珠寶，歲進寶石二萬塊、珠八千兩，三年而止。戶科都給事中張書等、江西道監察禦史劉世曾等，疏乞節采辦、崇儉德，以蘇民困。報聞。（卷六十五）
戊申，尚寶司卿劉奮庸疏言：「……皇上即位以來，内府取銀之數，不下數十萬，求珍異之寶，作鳌山之燈，服禦器用之間，悉镂金雕玉之飾，其于身心實用，何所禆益？而好之若是，生财甚非，靡敝無紀，良可惜也。……」（卷六十八）
有時他甚至因欲壑難填而生氣：
雲南道禦史詹仰庇言：「……陛下前取戶部銀，在廷諸臣将謂充足内帑，以備緩急，今乃盡以供造鳌山、修理宮苑欄、龍鳳舡、秋千架，傳造堅櫃玉盆之費，使群小得因而乾沒，為聖德累不小。……」疏入，上怒責仰庇悖逆狂妄、累次不悛，命錦衣衛逮至午門前杖一百，為民，各監局科道大使俱革去，悉如舊行。（卷三十二）
戶科都給事中李已、給事中陳吾德言：「近内承運庫太監崔敏等請買年例金寶，臣等及戶部執奏停止，俱不蒙俞允。臣等反覆思之，不容終默，伏睹陛下登極诏書停止采買、蠲除加派，且雲‘各衙門若以缺少為由，行文加派，及該部阿奉準行者，科道官即時參奏治以重罪’海内聞之，歡若更生。比者左右近習，幹請紛纭，買玉買珠，傳帖屢下，人情洶洶，鹹謂陛下诏書不信，無所适從，臣竊惜之……」上怒已沽名犯上，命廷杖一百，送刑部監候。吾德黜為民。（卷四十五）
但他也并不是完全聽不進意見：
命工部造朝殿挂燈及鳌山燈，工部報奏：「本部庫貯錢糧，存者無幾，即加意節縮，不足以充目前興造之需。奈何以诎乏之餘，營不急之務？……陛下方當撤樂減膳，恐懼修肖，何暇為觀燈遊宴之舉？即謂朝殿排燈不可缺，則因其敝壞，稍加修葺，取諸該監錢糧足矣。今以一燈之費，至三萬餘金，其為聖政累不細。……」上乃罷鳌山，而令更新朝燈之敝壞者。（卷三十五）
乙未，上谕戶部發銀，買白綿二萬五千斤以進，尚書劉體乾奏：「湖州府額解白綿且至，宜停買。」上趣辦益急，都給事中李已谏曰：「臣聞物聚于所生，而赴于所用。今京師非出綿之所，三月非用綿之時，求者苦其難，鬻者高其直，即日棰商人于市，而二三萬斤之綿，恐亦不可以倉卒具也。且今都邑之民為編商所困，十室九空，固宜加意轸恤，奈何複擾之耶！」時商賈聞命皆避匿，體乾複奏言：「京師根本重地，不可使一夫不安。而今市肆晝閉，商賈不行，衆口嗷嗷，非平世所宜有也。」上悟，命止發太倉銀買綿一萬斤，餘悉停買。（卷四十三）
甲子，提督兩廣侍郎殷正茂言：「……陛下歲令采珠八千兩，必三年然後已，計所費至三千萬金。今軍興一切尚苦不瞻，豈複能辦此？即上供不可缺，宜稍殺之，改千為百，寬三年為十年，其銀朱銅蠟諸物，郡縣兵荒者可罷征，以蘇重困之民。」戶部覆奏。上從之。（卷六十九）
對于采買珠玩，穆宗是這麼解釋的：
上曰：「頃以内府缺用，偶一購買爾。」
好委屈的口氣，你真的是偶爾一買嗎？？
前後對比不難看出，穆宗的奢侈花銷并不少，甚至直到暮年仍在大肆進用，這或許與他沉溺後宮有關。皇家内用如此，則勢必會給國儲帶來沉重的負擔：
上谕：「戶部取太倉銀三十萬兩，進内用。」尚書劉體乾言：「銀庫見存止三百七十萬，九邊年例該發二百七十六萬有奇，在京軍糧商價不下百萬有奇，薊州大同各鎮例外奏讨不與焉，此皆急需，一毫不可少者。即盡發庫銀，猶不足用，若複取三十萬，經費何支？前诏乞且停止。」上不允……大學士李春芳、陳以勤、張居正，亦上疏曰：「……頃者以來，買辦漸多、用度漸廣，當此缺乏之際……仍望念國儲之日乏，懷險德之永圖，節賞赍以省财用，停買辦以寬民力……」上曰：「卿等所奏已喻，但今内外庫俱告缺乏，且取十萬兩以濟急用，卿等傳示，不必再來奏擾。」（卷三十一）
甲戌，诏取光祿寺銀二十萬兩進用，該寺以見貯庫銀止十五萬，無以奉诏，上乃減其半。禮部複言：「……初年奉旨取三十萬，次年取二十萬，非原額有餘，蓋由先帝留心稽查，皇上加意節省，積有此數。今舊蓄已盡，新派未完，總計所儲，不足以支半歲，若乃不時宣索，将來何以倚辦？且内府不足，取之該寺，該寺不足，又必别為處分，益重征求之擾。惟上幸追寝成命。」……俱報有旨。（卷三十五）
禦史李學詩又言：「……況内庫歲進八十萬，數不為少，若加意撙節、嚴禁侵冒，亦自足用，何不暫寬數年，以借供邊，使鹽法一為之疏通乎？假令鹽法通行、邊儲充實、兵強虜遁，内帑何患無财？」戶部請從其議。不允。（卷四十九）
诏取太倉庫銀十萬兩，戶部言：「比歲诏旨征發内庫銀，多取至一百一十萬兩，視祖宗百萬舊額，既已增加，茲又複取十萬，非制也。夫祖宗帑藏充積，然猶未嘗輕舉一事、輕費一錢，今視祖宗之時何如哉！……」疏入，上雖是其言，猶命遵旨以十萬進。（卷六十六）
穆宗撙節之名，恐怕徒虛名耳，還是說這樣的皇帝已經能稱得上節儉了（？）
（三）政治方面
1.同僚「塑膠」情
即便是鮮有叙事的實錄，也能夠窺測隆慶朝内閣的暗流湧動。除少數的中立派李春芳、陳以勤、張居正（前期）外，幾乎所有内閣成員都立場鮮明地參與其中，且不同程度地受其影響。
（1）心機謀子徐階vs官場新人高拱
徐階與高拱之恩怨，早在嘉靖末年便埋下了伏筆。雖說高拱系徐階提攜，得入内閣，但基于徐階的「疑似政治投機」行為，二人一直不太對付。隆慶初，胡應嘉（徐階同鄉）彈劾楊博（高拱親信），成為了第一起内閣傾軋的導火索。
初，（胡）應嘉在先朝論大學士高拱欲中以危法，拱頗銜之。及吏部考察庶官，應嘉謂：「尚書楊博曲庇鄉裡，以私憤谪給事中鄭欽。」禦史胡維新因上疏，劾博考察不公狀。大學士徐階、郭樸與拱謂：「應嘉黨護同官、挾私妄奏，首犯禁例，拟旨黜之。」于是台谏諸人疑其意出于拱，謂拱修故怨脅階，以黜應嘉，思有以撼之矣。兵科給事中歐陽一敬因論救應嘉，語侵拱……給事中辛自修、監察禦史陳聯芳等，俱交章論救階……而拱又疑一敬之疏謂階主之，兩人之隙深矣。然應嘉為人傾險，好讦士，論亦薄之。大學士高拱上疏言：「往時胡應嘉劾臣親侍郎李登，雲不數日，而臣即入閣，以此相防。……賴先帝洪慈，不加誅譴，而應嘉一擊不中，相防愈深，臣亦時謹避之矣。乃應嘉去官，而一敬論臣，則何為乎？蓋一敬，應嘉之密友，應嘉去，一敬恐不得自安，遂明為此言，挾臣以自固……」（卷三）
初，（齊）康以大學士高拱屢被論劾，意大學士徐階主之，乃疏論階險邪貪穢、專權蠹國狀，複言：「先帝欲建儲，階堅執不可。及皇上登極，有疑懼心，遂詐稱疾，以嘗上意，又與大學士李春芳聲勢相倚。」有旨切責康妄言，令階、春芳安心視事。于是階疏辭言：「禦史康劾臣過惡，皆暧昧之事，及謂父子請托，則各部當事之臣，可以召問，俱不必辯。……」（卷八）
徐階作為首輔重臣，畢竟在二朝改元之際付出了許多努力，此次針對徐階的惡意攻擊，大為士論所不容，一時朝中紛紛把矛頭指向疑似始作俑者的高拱。
兵科都給事中歐陽一敬，再上疏劾奏：「大學士高拱，屢經論列，不思引咎自陳，反指言官為黨，欲威制朝紳，專擅國柄，亟宜斥罷。」（卷七）
南京廣東道禦史李複聘等，劾奏大學士高拱奸惡五事，請罷之。（卷七）
工科給事中李貞元，劾奏：「大學士高拱剛愎褊急，無大臣體，外姑為求退之狀，而内懷患失之心。屢劾屢辨，屢留屢出，中外指目，轉相非笑，非盛世所宜有。願亟賜罷免，或特加優禮，以示曲全。」（卷七）
高拱不得已，累次上疏懇求自退，即便他是朱載垕裕王時期的恩師，在朝野群起而攻的情況下，也隻得暫避鋒芒了。高拱辭官還鄉後，他初入内閣時拉攏的盟友郭樸，遂成為第二個衆論攻讦的對象，其诋毀手段無所不用其極，後為有識者不齒。編纂《明穆宗實錄》的張居正，忠實客觀地總結了這段紛争。
丁醜，少傅兼太子太傅吏部尚書武英殿大學士高拱，懇疏乞休。許之。自胡應嘉以言事得調，歐陽一敬等數論拱，拱前後疏辯，詞旨頗激，言者益衆。及齊康論劾徐階，衆籍籍謂拱嗾之。于是九卿大臣，及南北科道官紛然論奏，極言醜诋，連章特疏不下數十，其持論稍平者，勸上亟賜拱歸，以全大臣之體，而其他詞不勝憤轍，目為大兇惡。寺丞何以尚至請尚方劍誅拱，以必去拱為快。禦史巡按在遠方者，轉相仿效，即不言，衆共起之，大抵随聲附和而已。……（卷八）
少傅兼太子太傅吏部尚書武英殿大學士郭樸，乞緻仕。許之，令給驿以歸。先是，禦史龐尚鵬，論樸員才使氣、無相臣體。上以樸先朝舊臣、雅稱慎靜，尚鵬言妄，不聽。而禦史淩儒複言：「樸居父喪，奪情赴召，為士論所鄙。」又言：「樸有老母，病耄殆且死，不思乞歸終養，傷薄風化。」于是樸求去，蓋力章三上，始得請雲。樸為人長者，方大學士徐階、高拱兩人排相恨攻，樸與拱同卿，頗懷不平。及拱去，尚鵬等遂并劾樸，而儒至诋之為忘母，尋端力攻，真傾危之士也。（卷十二）
（2）出山肅貪高拱vs退役土豪徐階
清理完高拱勢力後，首輔徐階進入了掌權黃金期，雖仍不時因前朝舊迹、權傾朝野而被彈劾，他認為隻要日常乞退，穆宗總是會竭力挽留的。結果有一次卻玩脫了，穆宗不勝渎擾，居然應允了他的辭職請求，這也許是他始料未及的（？）。盡管不得不遠離政治中心，但他執政期間，已在江南積累了許多家産，急流勇退、安度晚年，未必不是一件好事。
甲子，戶科左給事中張齊上疏，劾大學士徐階不職狀，其略言：「階事世宗皇帝十八年，神仙土木皆階所贊成。及世宗崩，乃手草遺诏，曆數其過。階與嚴嵩處十五年，締交連姻，曾無一言相忤。及嚴氏敗卒，背而攻之，階為人臣不忠，與人交不信，大節已久虧矣。比者各邊告急，皇上屢廑宣谕，階略不省聞，惟務養交固寵，擅作威福，天下惟知有階，不知有陛下。臣謹昧死以聞。」……大學士徐階疏辨張齊論劾，求罷曰：「臣奉職無狀，緻遭人言，孤負天恩，慚悚無地。據齊所論，除修撰玄文，雖前後同僚，不止臣人。然臣既不能獨辭，何所逃責！……臣淺才薄德，無補明時，嘗累疏求退矣，茲益何顔立于百僚之首？惟是職掌心事，大義之所存，不容不白，故敢不避渎煩，披瀝止奏。至若臣之官職，伏乞聖明削奪，以謝言者。」疏入，上令即出視事，不必再辭。（卷二十二）
丙寅，大學士徐階，再上疏乞休。上許之，特命馳驿遣行人護送以歸。……時大學士李春芳、陳以勤、張居正，皆以階内閣首臣、谙達政體，力勸上留階。上謂：「階年高，且求退再三，故卒從所請。故宴勞錫予之隆，一如楊廷和故事，稱優隆雲。」（卷二十二）
徐階沒想到，享受良田豪宅的日子還沒過幾天，他曾經力救過的鋼鐵清官海瑞卻神兵天降。是時，為了經濟恢複，制約豪族田土的改革已經刻不容緩，海瑞作為執行者更是剛正不阿、大公無私，甚至不顧李春芳的求情，把徐階弄得相當窘迫。
丙申，升提督謄黃通政使司右通政海瑞，為都察院右佥都禦史，總理糧儲，提督軍務，兼巡撫應天等處。（卷三十三）
刑科都給事中舒化言：「巡撫應天右佥都禦史海瑞，著節先朝，誠一代直臣。然迂滞不谙事體，聞其在應天科條限制，切切于片紙尺帛間，以難過客，恐非人情。夫道在日用，當官者不必出尋常之外，而别為調停，政貴宜民善治者，豈在創新奇之法，以抗夫時俗？如瑞，第宜與兩京清秩，以風激天下之士，蓋是以全地方，亦是以全瑞也。」得旨：「海瑞節用夫妻，勤事任怨，留撫地方如故。」（卷四十一）
徐階更沒想到，同年年末，高拱奉旨再入内閣，兼掌吏部，可見穆宗對高拱的信任和倚重（詳見「垂拱而治」節）。
庚申，起少傅兼太子太傅吏部尚書武英殿大學士高拱以原官，不妨閣務，兼掌吏部事。（卷四十）
實錄此後再無直接記載徐階的内容，也未詳細記載海瑞的土改，但開上帝視角的明史朋友應該都知道徐家的田涼了大半_(:з」∠)_高拱複任後，十分贊許海瑞的功績，即便後來海瑞被迫調任，也給予了他很高的評價，是以認為高拱是肅貪（也許是肅徐？）急先鋒，是沒有問題的。
（3）仗勢淩人高拱vs一擊脫離趙貞吉
高拱複出後，力反徐階所為，重新評價了明世宗，停止了不加澄辨的平反，又改判方士王金等人的罪名，史載謂「盡反階政」，雖說創造了良好的君臣關系和政治氛圍，但部分内閣成員及朝臣是不大買賬的——他們隻覺得這純粹出于高拱的快意恩仇。另外，有相當一部分朝臣仍是徐階派，如首輔李春芳（每事必推階）、趙貞吉（同為陽明心學）、吳時來（徐階同鄉兼門生）。高拱與趙貞吉的梁子，正是在此時逐漸結下的，也可以看作是「高拱vs徐階」的加時賽。
初，時來疏薦所部有司，至五十九人。吏科都給事中光懋等論：「時來濫舉市恩，請調外任。」吏部覆：「可，且禁自今升遷行取及任淺者，毋概列名薦中。」（卷四十五）
先是……上登極诏錄：「建言諸臣（唐）樞得複職，調（王）俊民贈官蔭子。」……掌吏部大學士高拱以為非宜，上疏曰：「……當時議事之臣不以忠孝事君，務行私臆，乃假托诏旨，凡先帝所去大禮大獄得罪諸臣，悉起用之，不次起擢，立至公卿，其死者悉有贈蔭。……大獄及建言得罪諸臣，豈無一人當其罪者？乃不論有罪無罪、賢與不肖，但先帝所去，悉褒顯之，則無乃以雠視先帝欤？……」（卷四十九）
辛卯，掌吏部事大學士高拱言：「近者審錄重囚，閱方士王金、陶世恩、陶仿、申世文、劉文彬、高守忠等獄詞，不覺隐動流涕，曰先帝受誣，一何至此哉！……伏望敕下法司，會同多官從公再訊，務見的确。……至于金等，惡孽滔天，自有當誅之罪，隻宜以本等罪名誅之，萬死何足惜哉！」（卷四十九）
随後，二人又在陸炳案的處理上（貞吉不忍拟陸炳重罪，或為保護可能受牽連的徐階），以及「俺答封貢」上産生分歧，沖突逐漸尖銳。為推行封貢，高拱遂發起科道考察，意圖清理異己，趙貞吉則憤然拒絕，這又進一步激起高拱的不快，隻是礙于李春芳的面子（貞吉言于李春芳，亦得掌都察院），一直沒有發作。
隆慶四年二月己亥朔。命太子太保禮部尚書兼文淵閣大學士趙貞吉，兼掌都察院事。（卷四十二）
己未，掌都察院事大學士趙貞吉，疏上科道考察曰：「頃因禦史葉夢熊奏論邊事，言辭躁妄，上幹聖怒，以緻嚴谕，臣聞之不勝驚懼。……上登極以來，科道諸臣近二百人，其中豈無赤心報恩、忠直敢言之士？今一概以放肆欺罔、奸邪不職罪之，其罪不容于死矣。……臣一念樸忠實，為主上尊顯聖明，為國家護養元氣，為天下愛惜人才耳。且臣兼掌院事，亦有考察諸臣之責，與求調停營救于下，孰若轉忠哀懇于上？伏惟聖明垂鑒。」……掌吏部事大學士高拱言：「京官六年考察，皆吏部都察院同行。惟丙辰春，大學士李（春芳）本掌部事考察，科道奉旨專行，都察院不與焉。臣愚以為耳目貴廣，宜與都察院同僚。」（卷五十）
不久，趙貞吉因在營制上的建議與上意不合，緻授人以柄。韓楫（高拱門生）趁機彈劾，趙貞吉不得已緻仕，但臨走前仍留下最後一谏，指斥高拱權力滔天，可謂「一擊脫離」是也。
先是，大學士趙貞吉與尚書霍冀議營制不合，會其鄉人給事中楊镕論冀，冀疑貞吉嗾之，乃上疏曰：「臣實以無狀忤大學士貞吉，積憾于臣，不得已而乞休，與他無故求去者不同。……貞吉欲更營制，臣謂祖宗舊規，不宜輕改，已而廷臣集議，皆如臣言，其私憾于臣四也。貞吉與臣勢不兩全，乞罷臣以謝貞吉。」（卷四十二）
先是，兵部覆給事中溫純奏：「以将材難得，請雜用流官，以饬戎務。」上謂：「事已前決，不允。」……而大學士趙貞吉，自是亦不複言分營事矣。（卷四十三）
時吏科都給事中韓楫劾奏：「貞吉庸橫，以議改京營為變亂……」又謂：「考察科道時，貞吉憤已不與，始倡遊言，妄為歸咎，指斥朝政，暗邀人心。……嫉違貞良、修複嫌怨，非是以饬吏治、重钜典也。請罷之。」貞吉疏辯之曰：「……臣欲阻拱之報複，今乃反謂臣欲為報複之地，可乎？楫又劾臣為庸橫，夫人臣庸則不能橫，非人臣之所能也。臣往時奉特旨兼掌院事，臣不敢辭，竊意上以拱權太重，故委臣彈壓之司，與之并立，以分其權，此明君禦臣之術也。今既十月矣，僅以此考察一事與之相左耳，其他壞亂選法、縱肆大惡，昭然在人耳目者，尚噤口不能一言，有負任使如此，臣真庸臣也，若拱者，斯可謂橫也已。夫楫乃背公死黨之人，橫臣之門生羽翼也，他日助成橫之勢，以至于摩天橫海，而不可制，然後快其心，于此已見其端矣。臣放歸後，願令拱複還内閣，毋久專大權，以樹衆黨，使後來奸臣欲盜威權，以行己私者，不得援此為例。」上手诏令貞吉緻仕，仍賜馳驿歸。（卷五十一）
然而，高拱這位門生的風評并不好，是個十足的投機倒把的人物，雖然幫他把趙貞吉送回了老家，卻也使他在動機上百口莫辯。
是時，（吳）山與（黃）光昇，皆以時望起用，方屢辭待命，未即之官。給事中韓楫等，以為遷延不敬，請令山緻仕，而斥光昇。……時謂楫專承望風旨，以擊抟立威，不複知朝廷進退大臣之體矣。（卷五十）
丁亥，掌吏部事大學士高拱上疏乞罷曰：「……是時貞吉亦有兼掌都察院之命，臣自履任，即與貞吉同出入，且将一載，固未嘗有一言之忤也。昨奉聖谕切責科道諸臣，命臣考察，貞吉……意欲其邀與共事，而比時臣實惶懼，不知所出，施思事體重大，不敢專行，疏請與都察院同舉，而貞吉不知，謂臣且獨行此事，遂有請止考察之疏。及臣得請貞吉好同臣入部竣事，亦未嘗有一言之忤也。今忽不意有韓楫之奏，而貞吉遂此為辭，夫考察科道，聖谕也，在上心必有獨見，豈故假臣以報複之地耶！……臣自入朝，每見缙紳談及貞吉，率多畏苦之辭，至側目而視，臣每為解……以故人言少止，而貞吉亦自以臣為已知。乃今以韓楫之奏，遂及诋臣，夫使楫之奏果為臣……臣亦無庸辨也。獨念臣與貞吉同官翰林三十餘年，頃又同在内閣、同受簡任，分掌院部事，朝夕相與，乃誠意不能感孚貞吉之心，一旦憤激若此，則臣之薄德不亦甚乎？……」（卷五十一）
吏科都給事中韓楫奏：「六科封駁所關，其任用貴久，而考核當嚴。……」……楫意欲為陳乞者地，乃托久任嚴核之名，特請破例通考，以遂其私，小人之滑稽無忌憚如此。（卷五十九）
（4）附勢所歸高拱vs人善被欺李春芳
趙貞吉緻仕後，與高、趙、張均有交情的陳以勤，實在看不下去這三人互相攻讦，也選擇無奈還鄉，首輔的重任便交給了和事佬李春芳。
戊子，少傅兼太子太傅禮部尚書武英殿大學士陳以勤，四疏乞緻仕。上察其誠懇，優诏許之……複賜敕獎谕。（卷四十七）
早在嘉靖先朝，李春芳便緻力于緩解高徐二人的沖突，位居首輔後，也曾委婉地為徐階申說辯護，試圖解開高拱的心結，然而從來是熱臉貼着了冷屁股。最後，就連他也不能忍受高拱的脾性，是以兩度乞休，希望遠離執政中心，不料非但未被立即允可，還被言官參了一本，隻得硬着頭皮繼續疏請淨身出戶。
庚申，南京吏科給事中王桢等論：「大學士李春芳以親老求去，再疏即止，因緣為弟改官冒恩非分。」且言其父居家不檢，春芳不能辭責。上切責桢等輕率妄言、排謗輔臣，有失國體，姑贳其罪。春芳上疏曰：「臣自隆慶二年以來，乞休數四，未蒙俞允。及今年二月偶感衄疾，複再疏乞骸骨。皇上親灑宸翰，鑒臣忠實，臣用是感激捐軀，不敢再渎，乃請改弟職，送母南歸。若責臣以知止知足之義，臣複何辭？何至以臣不能勇退，诋及臣父！……」（卷五十六）
戊寅，少師兼太子太師吏部尚書中極殿大學士李春芳緻仕。春芳乞休疏凡五上，上察其誠懇，乃許之。（卷五十七）
幾乎與此同時，針對徐階餘黨的排擠時有發生，甚至有的事件已經逾越律法和道德。它們并不完全是高拱直接授意，卻也可證明當時的朝臣，皆惟高拱馬首是瞻。
（孫）克弘者，前大學士徐階同邑人也，嘗遣其家人孫伍至京師，或妄傳為階所使。給事中韓楫、宋之韓相與計，欲尋端批根以中階，……乃更引他事，謂階子璠等侵盜本府起解錢糧，各坐以不法，并盡捕階家人留居京師者，雜考治之。禦史王元賓受楫等指，窮竟其事，執伍等送法司，因奏克弘夤緣升遷、當罷黜狀，并極言诋階。于是克弘坐斥，而喜事于進之徒，益務蹤迹階事為奇貨矣。（卷五十七）
乙未，兵科右給事中周芸及廣西道禦史李純樸，為原任給事中張齊訟冤，并論：「都禦史王廷及刑部尚書毛恺等阿當事意、比附成獄，請下法司更訊，亟為昭雪，仍治廷等罪。」已而，刑部尚書劉自強覆奏：「齊所坐，絕無事實。而廷、恺曲法狥私，如芸等言。」（卷五十八）
先是，蒲城知縣呂宗儒坐贓免，疑（孫）丕揚受鄉官王表賄，嗾禦史王君賞論之，詣阙自言。給事中程文以丕揚嘗劾大學士高拱，乘機白發其事，丕揚遂坐黜。（卷五十九）
（5）摧枯拉朽高拱vs山東拳王殷士儋
殷士儋與陳以勤、高拱、張居正，都曾在裕王府待過，也算是同僚關系。高拱位居首輔後，殷士儋十分希望他把自己也拉進内閣，高拱卻更加中意張四維，而對他的暗示不理不睬。殷士儋不得已走了太監的門路進入内閣，自此與高拱和張四維結怨。
乙未，河東巡鹽禦史郜永春疏言：「……吏部右侍郎張四維父為大商，（王）崇古及四維為勢要，請罰治崇古而罷四維。」四維自辯其父未嘗為河東運司商人，亦無他子弟，永春奏不實，因乞避位候勘以自明。……（卷五十六）
吏部左侍郎張四維，再疏求去。許之，以日講加恩，令馳驿以歸。（卷六十一）
高拱見張四維被擺了這麼一道，也不能等閑視之，于是言官聞風紛紛劾奏殷士儋，主要就是拿他夤緣陳洪的黑曆史來做文章。
禦史趙應龍論劾：「大學士殷士儋，因太監陳洪夤緣入閣。」士儋疏辯曰：「臣一介草茅，待罪詞林者二十餘年，侍皇上講幄前後九載，叨荷聖恩，不次拔擢，洊陟崇階，承乏密勿。矧臣生平砥砺名節、恪守大閑，猥以舊勞，遂沾異數，若謂别有所汲引，是視臣為何如人也！……乞賜罷歸，以謝人言。」……（卷六十二）
先是，士儋因禦史趙應龍言，求去不果。未幾，禦史侯居艮複論「士儋始進不正、求退不勇」，大略如應龍言，于是士儋請益力。上慰留至再，及是始允……（卷六十三）
盡管殷士儋也沒能扳動高拱，可他作為一個山東大漢，倒也不是吃素的。他在臨離職前狠狠怼了一把高拱，猶覺不解恨，又繞文華殿追着高拱捶。這場内閣拳王争霸賽，實錄中并未載明，但正史裡錄入了下來。
……事已解，他禦史複及之。拱、四維疑出士儋指，益相構。禦史趙應龍遂劾士儋進由陳洪，不可以參大政。士儋再辨求去，不允。而拱門生都給事中韓楫複揚言脅之，士儋亦疑出拱指。故事，給事中朔望當入閣會揖。士儋面诘楫曰：「聞君有憾于我，憾自可耳，毋為他人使。」拱曰：「非體也。」士儋勃然起，诟拱曰：「若逐陳公，逐趙公，複逐李公，今又為四維逐我，若能常有此座耶？」奮臂欲毆之。居正從旁解，亦谇而對。……（《明史·列傳第八十一》）
（6）自诩護師張居正vs盛極必衰高拱
至此，因高拱（含正負相關）而緻仕的内閣成員已有嚴嵩、徐階、郭樸、陳以勤、李春芳、殷士儋，達六位之多，除盟友郭樸前系牽連、後被複任外，有四位是内閣首輔，甚至還包括兩位中立派，高拱無愧是政界的怼人之王。此時的内閣核心，僅剩高拱和張居正，一山不容二虎，為了争奪權勢，一場惡戰在所難免。
為了鑽營邀寵、搶占先機，在高拱尚未授意的情況下，其門生幕客已經開始了針對張居正一派的口誅筆伐。
先是，吏科左給事中宋之韓，論（潘）晟衰杇、不堪典禮，晟具疏自辯，因乞罷黜。上以其老成醇謹慰留之。之韓内慚，益嗾同官賈待問、匡铎等攻之，欲必去。晟再疏求去不獲，三請乃許之。按之韓淺鄙狼愎，内陷附當事以自肥利，而外務搏擊以必勝立威，不獨攻晟一事而已。士大夫自反目視之。（卷六十八）
張居正一派也不甘示弱，直接向高拱本人予以還擊。
戊申，尚寶司卿劉奮庸疏言：「……朝綱若振饬矣，而大柄漸移；仕路若肅清矣，而積習仍舊。……二曰總攬大權。……即如輔導東宮，本閣臣之責，而辄敢為身國之便；朝廷名器，本勵世之具，而今乃為市恩之物，先皇帝時，誰敢如此？……」（卷六十八）
戶科給事中曹大野，論大學士高拱大不忠十事，言：「拱蒙陛下任用，令掌吏部事宜，小心輔弼，奉公守正以報。乃專肆日甚，放縱無忌，臣不暇悉舉，謹以其不忠之大者略陳之。……」（卷六十八）
其實，高拱與張居正早期同心同德，私交也很好，他們的手下率先短兵相接，令兩位當事人都比較尴尬。高拱保守地上疏辯言，并調離了負責整治徐階家産的蔡國熙，希望可以和張居正言歸于好。
調整饬蘇松兵備湖廣按察司副使蔡國熙于山西，提調學校。（卷六十九）
大學士高拱上疏曰：「臣以涼德，謬膺重任，奉職無收，以緻人言，引罪負慝，安敢置辯！但其中有上關大義、下關名節者，不敢不明其說。……但臣力小不足以勝重，望輕不足以服人，既經言官論列，理宜引退，幸持賜罷免。」（卷六十九）
然而，随着穆宗駕崩，高拱作為顧命首輔陷入「專權擅政」的懷疑之中，最終不得不狼狽離朝，史稱「壬申政變」。盡管沒有事實能證明張居正是中官馮保的同謀，但他也并未有任何施救高拱的動作，究竟是友誼破碎以重圓，還是地位權柄過于誘人，光看實錄便無從得知了。
2.垂「拱」而治
嘉靖帝生性猜忌，又沉溺道教，他深信「二龍不得相見」，更希望自己長命百歲，故而久久不立儲嗣，這也鑄就了裕王朱載垕脆弱優柔的性格。高拱作為裕王府講官，曆任九年之久，他的陪伴令年輕的朱載垕十分安心——高拱沉着穩重、敏銳自信，并且十分忠誠，事無巨細，必親力親為。這樣一來，高拱不但被裕王極力倚重，甚至成為了精神依托。後來高拱升任國子監祭酒，暫時離開裕王府，但朱載垕每每遇到疑難事務，還是會寫信詢問，彼時積累下的深厚感情，也是高拱在隆慶年間倚仗的最大資源之一。
每及高拱被群臣圍攻、疏乞緻仕時，穆宗都會溫言撫慰，一如當年裕王府高拱寬慰他那樣。挽留谕旨基本都是這樣的一句話：
「卿忠清公慎，朕所深知。宜安心輔政，以副眷倚。不允所辭。」
而每當高拱上呈建言時，穆宗總是看得極為認真，且親自批注（比給其他大臣寫得多得多），把當年的老師誇爆：
……上答曰：「兵事至重，人才難得，必博求預畜，乃可濟用。覽卿奏處畫周悉，具見為國忠猷，并如議行。」（四十二）
……上曰：「覽卿奏，具見為國恤民之意。錢法委宜聽從民便，不必立法紛擾。商人一事，該部亟議以聞。」（卷四十四）
……上曰：「大禮斷自皇孝可垂萬世，谏者本屬有罪，其他建言被譴，亦豈皆無罪者？乃今不加甄别，盡盡恤錄，何以仰慰在天之靈！覽卿奏，其見忠悃，諸陳乞并罷，吏部仍通行曉谕，自後有借倒市恩、歸過先帝者，重論不宥。」（卷四十九）
……上曰：「祖宗用人本不拘資格，近來偏重太甚，以緻人無實用，事功不興。覽卿奏，具見經濟宏猷，于治道人才大有禆益。其如議舉行。」（卷五十八）
直到穆宗彌留托孤之際，他對高拱的信任和倚托也并未消減。（我站這對！x）
己酉，上疾大漸，召大學士高拱、張居正為儀，至乾清宮受顧命，拱等疾趨至宮。左右奏召輔臣至，上倚坐禦榻上，中宮及皇貴妃鹹在禦榻邊。東宮立于左，拱等跪于禦榻下。命宣顧命曰：「朕嗣祖宗大統，今方六年，偶得此疾，遽不能起，有負先皇付托。東宮幼小，朕今付之卿等三臣，宜協心輔佐，遵守祖制，保固皇圖。卿等功在社稷，萬世不泯。」拱等鹹痛哭叩首而出。是時，上疾已亟，口雖不能言，而熟視諸臣，颔之，屬托甚至，蓋自孝廟顧托三臣之後，僅再見也。（卷七十）
（四）軍事方面
1.戰與和
隆慶年間以防守反擊為主，并未有「萬曆三大征」那樣的大型軍事行動，既是當時國力所決定的，又有賴于宿将制定的戰略方針：
虜酋欲分道入寇，内外綦嚴，既虜觇知我有備，而俺答、黃台吉父子相與謀，義不合，乃皆引去，京師解嚴。（卷四十九）
管兵部事少傅楊博等，條陳申饬薊昌二鎮秋防事宜：「一，定戰守。今之議者，鹹以守牆為怯，言之可聽，而實無少效。或欲牆外邀擊，猶害七而利三，或欲牆内奮擊，則利一而害九矣。蓋因牆拒守，所謂先處戰地而待敵者逸，名雖守實則戰也。臣博總督時，嘗拒東虜打來孫十萬之衆于邊，先帝誤以為功錄臣，臣益習薊事以為當守牆無疑也。借令潰牆而戰，雖有功，下矣，況不能戰乎？……」（卷五十九）
如此，前期委任劉焘、王之诰守城；劉王失事後，中期則倚靠譚綸、劉應節進行改革，庶有成效；後期則信任王崇古、高拱籌劃招安事宜，穆宗一朝争取到了相對平穩的發展時期。
其中，尤以招安俺答汗最為精當，蒙古與大明鑄劍為犁、互通商市，史稱「隆慶議和」。
己醜，封虜酋俺答為順義王。……（卷五十五）
大學士高拱上疏曰：「……今虜既效順，受吾封爵，則邊境必且無事，正欲及此閑暇之時，積我錢糧，修我險隘，練我兵馬，整我器械，開我屯田，理我鹽法，出中國什一之富，以收胡馬之利，招中國擕貳之人，以散勾引之黨，更有沉幾密畫、不可明言者，皆得次第行之，雖黠虜叛服無常，必無終不渝盟之理。然一年不犯，則有一年之成功，得三五年之暇則安頓可定、布置可周、兵食可充、根本可固，而常勝之機在我矣。當是時也，彼若尋盟，我仍示羁縻之義，彼若背約，我遂興問罪之師，伸縮進退，自有餘地，虜狂故态，必難再逞，而中國可享無窮之安，此則要領之圖本意之所在也。……」（卷五十九）
乙酉，大學士高拱、張居正、殷士儋上疏曰：「……即今封貢互市，皆已竣事，三陲晏然，曾無一矢之警，境土免于蹂踐，生民免于虔劉。客兵不調、帑藏不發，即邊費之省，不下百餘萬；即胡利之入，不下數萬。縱使虜酋明歲渝盟，而我中國今歲之利，亦已多矣，有榮而無辱，有益而無損。……」（卷六十一）
2.生與死
明邊鎮多為信地制度，每位将領分守一塊地域，無虞則賞、失事則罰，這使得部分将領投機鑽營，懈怠作戰，遷延行軍，贻誤戰機：
初，俺答欲犯汾石也，諜者以告總督王之诰，之诰下令屬岢岚兵備副使王學谟等，增修城垣，急入收保，而有司恬不為意，學谟勘報又不以實。……是時，虜入邊已二十餘日，在内地久，氣亦疲乏，又雨潦淹旬，馬倒死者過半，皆杖馬棰徒步歸，所鹵獲多不能盡載，往往遺棄于道。浸尋蹒跚至十餘日始出邊，而我軍無一人禦之者……當事者昧于機宜，反為虜偏師所綴，令其得志，益輕中國，殊可恨也。虜既去汾石，維嶽始約吳兵進戰，及虜出岢岚東北，吳竟以非已信地，引還大同，而維嶽、世威終不敢戰……（卷十七）
巡按禦史燕儒宦勘上狀言：「……議令岢戒備紫荊關，遏其南下，岢遂提兵遠屯。參将方琦等皆不裝置遊擊，施汝清等又畏縮不前，遂令懷應山陰之間，任其蹂躏，陷堡塞大者二所，小者九十一所，殺掠男女及創殘者數千人，掠馬畜糧刍以萬計。我軍雖嘗出邊，稍有擒斬，然竟未接一戰……」（卷三十八）
有的守将擔心信地失守受罰，甚至不惜賄賂邊虜、以鄰為壑：
達虜俺答兵由平虜邊口入犯老營……參将張剛自以信地失防，懼其深入，密與守備朱進、張鑒、董尚文、操守徐邦畿謀，使使厚遺虜，俾移兵犯威遠……威遠幾破，副總兵袁世械、守備王江、毛恭、賀捷等，無一拒賊者。（卷四十四）
總督山西宣大軍務右都禦史王崇古：「……大同各路皆近虜巢，往以将士賄虜，遂使虜志愈驕，邊民愈困。且墩軍糧賞獨厚，今不務哨探，專事交通，是每墩以二十四石之糧銀，養十二人之奸細，将焉用之？……」（卷四十七）
直至譚綸、王崇古反複條陳援兵制度，并嚴行賞罰，這種通虜現象才得以遏制。
然而，也并非所有邊臣都貪生懼死，捐軀赴國的義士也有很多。此僅列王治道與郎得功之事，燕遼多骁勇傳奇，誠不虛語：
戊子，虜酋黃台吉蔔言兀等，犯遼東錦州大朦堡，總兵官王治道率所部四千人赴援。巡撫都禦史李秋适行部駐義州，虜猝至，遣人馳告治道，即日山海關兼程馳歸，會秋于錦州，請出戰，秋曰：「千裡趨利，兵家忌之。将軍其少休。」質明，錦義參将郎得功東谒治道，庭數之曰：「汝誠人也，新開府至，汝擁卒不戰，見謂為怯愧死矣。」得功素骁将，愠甚，不謝而出，遽挾槊上馬逐虜。治道亦起上馬，一軍不知所之，獨十餘騎從。虜佯遁至流水堡，伏兵齊家山待之。治道等入伏中，殊死戰，虜初拟大軍且至，稍卻，既知其無援，遂圍之。後軍不至，矢且盡，得功聞炮聲曰：「大軍宜不遠，可潰圍出。」乃令一騎前，治道次之，得功殿。出圍數重，前馬蹶，治道馬亦蹶，得功下馬扶治道，虜追射之，兩将俱死，卒脫還者三人而已。（卷四十九）
（五）文化方面
1.宗教與祭葬
（1）先帝之誡
穆宗尚在裕王府時，經常被父皇猜忌冷落，對于道教的害處，可以說有着切身的體會。他在即位诏中明令整治道教、肅清真人：
「……一，方士人等，遵奉遺诏，查照情罪，各正刑章。王金、陶仿、申世文、劉文彬，高守中、陶世恩，妄進藥物，緻損聖躬，着錦衣衛拿送法司，從重究問。唐秩、章冕等各以符法濫叨恩賞，着押發原籍為民。書造局真人府官道，禮部查系在京宮觀取用者，發還宮觀；系在外龍虎等山取來者，遣回本處焚修，其所受太常寺官職及真人、高士名号，盡行革去。一，齋醮工作，遵奉遺诏，悉皆停止。其原建齋醮之所令，應作何處，置禮部逐一查議題請。工部料價并竹木等，兩京内府各衙門段匹、器皿、香蠟、柴炭、匠役等，光祿寺品物酒飯等，但有因齋醮工作加派者，該部通行查奏停革。」（卷一）
其後的執政生涯中，他也毫不掩飾地表明自己反道的立場，甚至為此大義滅親：
吏部覆主事郭谏臣奏：「一，正一真人荒淫不檢，不當複令世襲，宜行所司查議應否永為革除。……」……诏革正一真人名号，奪其印。（卷七）
徽州齊雲山道士金元，請進經疏齋意。上惡之，下巡按禦史問。（卷十五）
己亥，遼王（朱）憲㸅有罪，削爵降為庶人，禁锢高牆，國除。……性酷虐淫縱，或信符水，諸奸黠少年無賴者多歸之，恣為不法。隆慶元年，……追奪嘉靖中所賜真人名号，金印及祿米三分之一。……奉敕往勘，具得其實：「……詭請金印，刊刻妖書，與徽王通謀不軌，及奉诏追奪，匿不肯獻，罪十。……」（卷二十五）
（2）往聖之教
與銳意反道不同，穆宗十分重視正統的儒家教育，他數次将衍聖公孔尚賢的待遇提高，每逢時令也都會遣官拜祭孔廟、漢壽亭侯廟、文天祥廟等知名廟宇。
值得一提的是，隆慶年間将河東學派薛瑄請入孔廟并祀，并為陽明心學王守仁從祀（萬曆十二年）打下了基礎，這兩位先生也成為極少數的逝世不久即入孔廟的大儒之一。
甲寅，诏追贈故建立伯南京兵部尚書王守仁，為建立侯，谥文成，賜祭七壇。（卷七）
先是，……請以故禮部侍郎薛瑄從祀孔庭，……亦請以故建立伯兵部尚書王守仁從祀。下禮部議，至是覆言：「孔廟從祀，國家是以崇德報功，垂世立教，其典甚重。我朝祖宗列聖、增入名賢類，皆宋元以上，而明興二百年間未有一人，誠慎其事也。臣等謹考侍郎薛瑄，潛心理道、勵志修為，言雖不專于著述，而片言隻簡、動示楷模；心雖不系于事功，而偉績恢猷、皆可師法。尚書王守仁，質本超凡，理由妙悟，學以緻良知為本，獨觀性命之原；教以勤講習為功，善發聖賢之旨。此二臣者，皆百年之豪傑、一代之儒宗，确乎能翊贊聖學之傳矣。……」上是之。（卷九）
丙申，戶科都給事中魏時亮：「請錄真儒，以彰道化舉。薛瑄、陳獻章、王守仁，均得聖學真傳，并宜崇祀孔子廟庭。」（卷十三）
诏以故禮部左侍郎薛瑄，從祀孔子廟廷。先是，……交章請以瑄從祀，下禮部會廷臣雜議，至是上議曰：「臣等謹按瑄……有河東夫子之稱、一代真儒之許，至今無異議焉。間有疑其著述之寡者，不知學貴心得，道在躬行，矧瑄所著書且十餘萬言，不為不多。又有言宋時羅從彥、李侗諸儒，尚未遍祀，瑄不應獨犯者，不知從彥等皆講求聖學于大明之日，而瑄乃興起于既絕之後，課其難易，功實倍之。惟陛下博采人言，俯加臨決，早賜施行。其于誨教士風，非小補也。」（卷六十一）
2.科考與編修
（1）考場如戰場
隆慶年間科考如期進行，經内閣的重視和努力，徇私舞弊的現象得到了一定的遏制。
直隸提學禦史耿定向，奏科場事宜：「一，兩京鄉試，主考宜簡。學行兼長者，毋拘年資。一，兩京同考官，宜令廣取正備卷，呈送主考。如所取未稱，責令再閱，或付别房覆校。主考仍自行搜閱落卷，果有異材，亟收錄之，毋避嫌輕棄。一，主考官止宜發初場試卷，付同考分經校閱，二三場更易品訂，毋專委一人，緻令偏重初場，遺真才積學之士。一，迩來經書時義，體制大壞，有浮蔓至千餘字者，宜嚴立程式一篇。止許五百字以上，六百字以下，違式者不與謄錄。一，命兩京各省于揭曉之日，以中式舉人朱墨卷發提學官查驗，钤封送京府各布政司解部，以防僞濫。一，革去兩京應試監生字号，與生員一體彌封，取中之數仍如舊額滿三十五名則止。」（卷六）
監順天鄉試禦史淩儒、陳聯芳，條上科場六弊：「一買求，二倩代，三道同，四夾帶，五傳遞，六偏重。請盡行厘革。」上皆從之。（卷十）
壬申，禮科給事中張鹵，條陳科場事宜：「一曰嚴關防，二曰核供應，三曰正文體，四曰廣制額。」河南道禦史王好問亦言「号舍、懷挾、代替、透漏」等四弊。禮部覆奏。上曰：「奸弊不祛，何以得真才？監試禦史其盡心嚴察，不得寬縱。」（卷十六）
然而考生們被限制作弊後，成績似乎随之下滑，放榜時發生了嚴重的鬥毆事件，素日毆打老師亦屢見不鮮（？？）。大明的學子，恐怖如斯呀...
初，上用議者言，兩京鄉試監生卷各革去皿字号。于是，南監中式者僅數人，虧舊額四分之三。既揭曉後，考試官王希烈、孫铤等，至國學謂文廟，而監生下第者數百人，諠噪于門外，同希烈等出遮訴，語甚不遜。巡城禦史、操江都禦史，各使人呵止之，久之方解。（卷十二）
壬戌，都察院左都禦史王廷等：「……迩來習競澆漓，人多惡薄，以童生而叢毆郡守，以生員而攻讦有司。非毀司長，連珠遍布于街衢；報複雠嫌，歌謠遂锓于梓木。宜行所在提學官，申明卧碑，嚴加饬治，其有故縱者，學政雖優，仍以罷軟注考。……」（卷二十四）
浙江處州府生員馮椿等，以本府同知江應昴笞辱生員，朱正色父朱昹乃呼引諸生數十人于分守參議方嶽，嶽不為理，椿等遂群毆嶽，鼓噪而出。事聞，得旨：「生徒聚毆上官，大壞法紀。令撫按官竟其獄，無事姑息。」（卷五十四）
（2）前人功勞簿
或許是隆慶朝過于短暫，期間并未誕生載在實錄的官修著作，而多以補錄前人作品為主。
以重錄《永樂大典》成，加恩俸……（卷七）
隆慶元年六月甲申朔，始開史館纂修《世宗肅皇帝實錄》。命禮部遣官行取衍聖公孔尚賢，及翰林院五經博士顔肇先、孟彥璞，仍别取孔氏老成族人五人，顔孟族各二人，馳驿來京，以聖駕将幸大學也。（卷九）
乙巳，刑科都給事中王之垣，輯《承天大志•基命紀》中事實三卷，曰敬天、曰法祖、曰正心、曰修德、曰講學、曰勤政、曰任大臣、曰選庶職、曰求賢才、曰嘉直言、曰辨忠邪、曰明賞罰、曰崇節儉、曰戒玩好、曰審幾微、曰恤民隐、曰重民命、曰弭災異、曰嚴武備，總十九目七十一條，題曰《基命紀錄》。疏上，報聞，錄留覽。（卷五十六）
（六）其他
1.天災
隆慶年間，災難疊見、異兆叢生，地震、洪水、沙塵、月食等自不在話下，更有一位男性市民變成了女人（驚了）。連年的災害嚴重影響了百姓的生活。
乙酉，新河鲇魚口等處，山水暴決，漂沒運船數百艘，人民溺水無算。（卷九）
辛巳，山西太原府靜樂縣有男子李良雨，化為婦人。（卷二十七）
甲子，直隸真保淮濟徐沛及浙東西、江南江北，大水。壞城垣、淹田舍、漂人畜，無算。（卷三十四）
丙子，時淮水漲溢，……淤者三十餘裡，決方信二壩，出海平地，水深丈餘，寶應湖堤，往往崩壞。……人民溺死無算。（卷三十七）
庚辰，京師地震有聲。诏百官修省三日，青衣角帶辦事。癸未，山西山陰縣地震。（三十九）
隆慶四年四月戊戌朔。孟夏享太廟。京師地震。（卷四十四）
隆慶五年六月辛卯朔。京師地震者三。诏百官青衣角帶辦事，修省三日。（卷五十八）
為了平息天怒，群臣百官反複進谏上言，務在規勸穆宗「痛加修省，共圖消弭」，穆宗基本也聽取配合，可老天似乎并不怎麼領情，各種災害仍時時見諸疏表——
壬辰，兵部侍郎鄧洪震，疏言：「臣竊見入夏以來，淋雨彌月不止，此陽制于陰、仁柔不斷之象。又京師去冬地震，今春霾大作、白日無光，占者為地震陰不靜也，主嬖幸蠱惑、女寵漸盛。風霾，兵象也，主夷虜将有窺伺中國。近日大同又報雨雹傷人畜，平虜衛地震有聲，以陛下臨禦甫及半載，而災異疊見如此，豈無是以緻之者耶……」（卷九）
丙辰，禦史李惟觀言：「頃者京師霖雨為災、宣大地震、淮徐水溢，遼東之旗槍出火，而民間之金釜皆鳴，此宵旰殷憂之日……」（卷十）
甲申，禮科都給事中王之垣、雲南道禦史王圻，各請務修省之寔，以弭變異。禮部覆言：「今京東關右屢聞地震，上黨雲中數奏雨雹，滄瀛齊魯有蝗蝻之災，畿輔湖湘有洚水之警，此皆非常之變，不當诿之适然……」（卷三十五）
辛未，刑科右給事中宋應昌，以天變，上修省疏曰：「臣惟今日緻災之由，在吏治不饬，催科太重，小民愁泣之聲、凄涼之狀，不能徹九重視聽，故上天出災異，以警告之……」（卷六十三）
2.節婦
隆慶年間旌表了大批所謂的節婦烈女，每條載在實錄中的事迹，莫不是駭人聽聞的婚姻悲劇，在那個時代之下，并沒有人關心她們真正的意願。
壬子，旌表會稽縣節婦朱氏。朱氏，縣人羅道妻也。道死時，朱氏年二十一歲。父母為其年少無子，欲奪其志，而道弟謀得兄産，亦百端擠之。朱氏以死自誓，卒立道兄子（朱）拱壁為嗣，而終身焉，年六十二而卒。卒後三年，其孫（朱）萬化及第，用恩例陳請，禮部行勘得實，故有是命。（卷二十八）
旌表常州府武進縣節婦蔣氏，指揮佥事劉廷玺妻。廷玺死時，蔣氏二十五，至是百歲矣。巡撫右佥都禦史林潤稱其完節上壽，請特賜表揚，下禮部勘實，表其門曰貞壽。（卷三十）
诏旌表湖廣五開衛舍人王言妻袁氏貞節。初，言父指揮（王）載，以侵用官錢亡命，子言年十四，聘袁氏未娶，即坐系。系更二十餘年，度終不出，數寄謝袁，令他适。時袁年踰四十，父母又俱喪，然矢死不他，其後慮囚者憐其節，縱言歸婚。未幾，有司複收系之，竟瘦死獄中，袁守等如初，至是年五十餘矣！湖廣撫按臣交上其事，且言：「袁婺居貧苦，而複以遺贓累之，尤為可憫。」乃得旨蠲豁，且旌其門雲。（卷七十）
3.冶遊
有許多傳聞認為穆宗後期無心朝政，是沉迷遊幸的緣故。事實上，他即位當年便被委婉規勸過，此後群臣每言及此事，他皆不以為意，甚至責其妄誕。
兵科左給事中魏時亮：「請上于宮中慎節佚遊，保愛精神，日禦便殿，省覽章奏，面與閣臣裁決。」章下所司。（卷七）
壬辰，兵部侍郎鄧洪震，疏言：「……傳聞後宮日為娛樂、遊幸無時、嫔禦相随、後車充升，所謂女寵漸盛者，未盡無也！左右近習恩蔭、狥情賜與頗濫，所謂嬖幸蠱惑者，未盡無也……」（卷九）
己卯，吏科給事中石星言：『一曰養聖躬。……養之之道，以節飲食、寡嗜欲為要，臣見陛下清心寡欲漸不如初，試以鳌山一事推之。夫為鳌山之樂，則必縱長夜之飲，縱長夜之飲則必耽聲色之欲，語曰：「皓齒蛾眉命曰伐性之斧，甘脆肥醲命曰腐腸之藥。」陛下傥不亟戒，萬一起居失調、聖躬虧損，悔将奚及！今鳌山之事，既不可追，酒色之害，實當深警……』上怒，以為惡言，讪上無禮，命廷杖六十，黜為民。（卷十六）
乙卯，南京戶科給事中張應治等……議勸上革内批、罷遊幸、召還織造内臣，語甚切直。上意頗不怿，第下其章于所司。已而，複謂兵部不當題覆，切責之。（卷二十二）
戊申，尚寶司卿劉奮庸疏言：「……人主一身，天地人神之主也。必志氣清明，精神固而後可以當萬機之繁，聲色嗜欲，非大智大勇，鮮不移奪。自茲以往，宜加聖慮，思宗社付托之重，念此心保守之難。凝神定志，忍惟抑情，毋逞旦夕之娛，而輕萬年之慮；毋以有限之精神，而殉無涯之嗜欲，如此則清明強固，而無強之福可長保也……」（卷六十八）
穆宗冊封妃嫔甚多，皇子女亦有不少，他的身體也是以每況愈下，最終英年晏駕。所謂「種如是因」是也。
癸巳，禮科給事中蔡汝賢上言：「臣近因長至導駕，竊窺聖容微減于前……今微陽初生，正宜遏欲養靜之時，願于宮中齋居焚香，澄心滌慮，進禦有常，毋令其溺志；遊觀有度，毋令其移情……」（卷六十四）
癸酉，聖躬不豫……（卷六十七）
丁卯，上出禦皇極門，疾作還宮。先是，上病瘍，自春及夏久不禦門。及擇日開講期，辄中改外庭見，謂朝講希闊，而聖體寔未平。惟上心亦以為久居内，欲出視事，乃以是日出，疾益甚，遽還。文武大臣各上疏起居，有旨令安心辦事。（卷六十七）
丙午，上不豫，至增劇，百官上疏起居。（卷七十）
己酉，上疾大漸，召大學士高拱、張居正為儀，至乾清宮受顧命，拱等疾趨至宮。……是時，上疾已亟，口雖不能言，而熟視諸臣，颔之，屬托甚至。……（卷七十）
庚戌，上崩于乾清宮。……上在位六年，壽三十有六。（卷七十）