崇祯皇帝死後，南方先後誕生了弘光、隆武、永曆等明朝殘餘勢力建立的政權，它們被稱為“南明”。
為了“中興大明”，南明的統治者除了乞師于日本、琉球，還曾向西洋人求助。比如，弘光帝派過傳教士畢方濟赴澳門聯絡葡萄牙人，隆武帝也曾為天主教堂書寫匾額。
和西方關系最密切的則是永曆政權。
當時，澳門葡萄牙人生存十分艱難，清軍入關後，他們的生意大為縮水，于是，答應了永曆的借兵請求，“遣兵三百名，帶大炮數門，來桂林助戰，以瞿紗微為随隊神父。（《天主教傳行中國考》卷五）”。
王夫之也記載當時的南明軍隊中有西洋雇傭兵 “天壽事天主教，拜西洋人瞿紗微為師。勇衛軍旗幟皆用西番書為符識，類兒戲。（《永曆實錄》卷二十五）”
當然，網上流傳甚廣的“葡萄牙雇傭軍大敗清軍”的說法并沒有依據，因為涉及南明史的《明季南略》《永曆實錄》都沒有交代這支葡萄牙軍在戰場上的表現以及結局。
1647年，清軍全面占據廣東，并在香山縣設定前山寨，參将馬雄飛領兵五百駐守，防範葡萄牙人。葡萄牙人無法與永曆政權取得聯系，又見清軍十分強大，于是設法賄賂滿清兩廣總督佟養甲，希望進入廣州貿易。佟養甲将葡萄牙人的要求上報，結果被清廷駁回。
葡萄牙人大為不滿，是以當廣東提督李成棟反清時，葡萄牙人選擇了支援，盡管因為沒有錢，隻派出一隊士兵和兩門大炮協防，比上一次的援助力度小了很多。
當廣州再次被清軍圍攻時，清軍不但許諾免除澳門三年地租，還采取了保護傳教士的态度。葡萄牙人不再支援廣州，卻依然讓杜永和、張月等廣州守軍通過珠江口逃往海南，接納了很多到澳門躲避的難民。
清軍攻下廣州之後，制造了恐怖的大屠殺。一些殺紅眼清軍主張血洗澳門。尚可喜不以為然，在增加在前山寨的駐軍同時，他釋放了被俘虜的傳教士曾德昭，讓他轉告澳門，隻要不支援南明，清軍就不打澳門。最終，葡萄牙人選擇屈服。
澳門不再支援永曆，但南明政權裡仍然有西洋傳教士存在。1648年，耶稣會教士瞿紗微、蔔彌格成功說服永曆嫡母太後王氏、皇後王氏、太子朱慈煊以及兵部右侍郎金聲、吏部尚書丁魁楚、兵部尚書瞿式耜、宣國公焦鍊等重臣、不少太監和宮女接受天主教洗禮。永曆皇帝不肯解散後宮，沒有成為正式教徒，但他常與傳教士們交流，了解到不少天主教和西方的知識。
1650年，清軍南下，永曆帝朱由榔決定向西方世界求援。于是，帶着太後和寫給教皇的親筆書信，蔔彌格出發了。這是中國曆史上的第一次出使歐洲。蔔彌格打算搬請十字軍來拯救明朝，但澳門當局生怕激怒清朝，當即扣押了蔔彌格。好在一位主教支援明朝，蔔彌格在他的幫助下離開了澳門。
離開澳門，他來到葡萄牙人控制的果阿。果阿當局不想違背對清廷友好的方針，再次把蔔彌格扣押。
蔔彌格試圖聯絡是教皇與威尼斯執政，果阿總督極為不滿，試圖報告裡斯本請求驅逐蔔彌格。
蔔彌格（Michal Piotr Boym）1612年出生于波蘭，1629年成為耶稣會會士。1645年來到中國。
無奈之下，蔔彌格放棄海路到歐洲的打算，轉而化裝成亞美尼亞商人，經陸路逃亡波斯。
經過九九八十一難，蔔彌格使團一路來到了愛琴海邊的伊茲密爾，在與耶稣會取得了聯系後，來到威尼斯求援。蔔彌格身穿大明官服，以中國使者的身份進入了威尼斯。
蔔彌格常年在中國生活，是一位博學的漢學家。他為《大秦景教中國流行碑》添加了注音及翻譯，讓歐洲人對中文有了進一步了解；他編著的《中國植物志》，是第一部關于中國動植物的百科全書，其中并列拉丁文和中文标注；他編著的《中醫概說》，同樣是向西方最早系統介紹中醫的書。
中醫概說
通過他的作品，西方人了解到了一個古老而富有智慧的東方文明。
作為一名學者，蔔彌格無疑是成功的。但作為一名使者，他的使命卻失敗了。威尼斯總督弗朗西斯科•莫林起初堅決拒絕接見蔔彌格使團。後來在法國大使的斡旋下，不得不與之會面，卻依然沒有發兵救援明朝。
蔔彌格黯然離開威尼斯，轉而到羅馬教廷尋找希望，他将《王太後緻谕羅馬教宗書》交給了教廷。教皇英諾森十世對他的行為不以為然，拒絕見他。耶稣會對此也沒有任何支援。
兩年後，亞曆山大七世就任教皇，蔔彌格才得到接見。會面過程中，新教皇隻是說了些祝福的話，沒有給向南明政權任何承諾任何實質性幫助。
于此同時，在清廷中心的傳教湯若望派出衛匡國回了歐洲，宣稱南明政權一擊，應支援清朝。蔔彌格沒有放棄，先後去葡萄牙以及他的祖國波蘭搬救兵。為阻止他，衛匡國同樣極力遊說波蘭國王不要出兵。一些多明我會的教士則展開人身攻擊，說他是騙子。
就這樣，蔔彌格失敗了。他原本可以留在歐洲，卻還是決定傳回複命。1653年，使團啟程。
《中國植物志》
因途中受阻，直到五年以後，他們才來到中國與暹羅（泰國）邊境。得知明廷仍然控制着雲南，他們大喜過望，商議好取道越南傳回。但是，越南正值分裂狀态，北方的鄭主投靠了清廷，封鎖了邊境。廣東沿海倒是還有陳奇策、鄧耀、楊彥迪、陳上川等明将堅持抵抗。澳門當局不許蔔彌格入境，求助耶稣會，如石沉大海，海路同樣走不通。
哪怕是這樣艱困，身染沉疴的蔔彌格仍然沒有放棄。他搭乘一艘海盜船到了越南，然後徒步到雲南去。然而天不遂人願，1659年，蔔彌格帶着無限的遺憾病故了。與他同行陳安德（在中文史料沒有記載，根據西方資料音譯而來）默默料理好他的喪事後上路了。曆經千辛萬苦，他回國見到了永樂。關于他的生平事迹，他的最終結局，早就和南明政權一樣，湮滅在漫漫曆史之中。