我不是複仇主義者，我無意于把日本軍國主義欠下我們的血債寫在日本人民的賬上。但是，我相信，忘記過去的苦難可能招緻未來的災禍。（遠東國際軍事法庭中國法官梅汝璈）
1946年1月9日，為了審判日本在第二次世界大戰中犯下的罪行，麥克阿瑟宣布設定遠東國際軍事法庭，由美國、中國、英國等11國派出代表組成，中國法官梅汝璈代表中國方面參加東京審判。
1946年3月20日，梅汝璈肩負着審判日本罪行的重擔，将遠赴日本東京。臨行前，梅汝璈慷慨陳詞：“審判日本戰犯是人道正義的勝利，我有幸受國人之托，作為莊嚴的國際法庭法官，決勉力依法行事，不負政府與國人囑望。”
梅汝璈到達東京後，顧毓琇送給他一把寶劍，并說出：“你代表四萬萬五千萬中國人民和千百萬死難同胞，到這侵略國的首都來懲罰元兇禍首。天下之壯烈事，以此為最。”梅汝璈拔劍出鞘：“對這些戰犯必予嚴懲，非如此，不能稍慰千百萬冤死的同胞。我既受國人之托，定将勉力依法行事，斷不使戰争元兇逃脫法網！”這番豪言壯語，無疑點燃了當時宴會的氛圍。
4月，遠東國際軍事法庭正式開庭。但是，各國法官的座位問題成了一個棘手的事兒，庭長衛勃，想使兩位與他親近的英美法官坐在他的左右手，但是這一想法未能得到各國的一緻認同，梅汝璈提議：“各位都不用争了，法官的坐次，按受降國簽字的順序排列，實屬順理成章！”他接着報了各簽字國的順序：美國、中國、英國、蘇聯、澳洲……但是，西方國家對這一建議不滿意，但直到正式開庭前一天，衛勃和西方國家才露出了狐狸尾巴來。
開庭前，衛勃突然宣布各國法官座次：庭長右邊是美、中法官，左邊将是英、蘇法官，英美居中，排擠中國。梅汝璈當即指出：“這個安排是荒謬的！”他當場脫下法袍，欲退出預演，以示抗議。開庭預演儀式已經推遲了約半個小時，庭長衛勃三次到中國辦公室溝通這件事的解決措施，在第三次溝通後，同意了梅汝璈的意見，預演就按受降簽字國次序進行。
當11位法官等待預演開始時，中國方面對國旗的位置提出了質疑，美國插在第一位，中國插在了第二位。梅汝璈提出中國國旗應當插在第一的位置，但是美國明顯對這一提議不滿，雙方開始了唇槍舌戰，梅汝璈用流利的英語闡述了中國軍民自“九一八事變”，直到1945年打敗日本軍國主義的侵略所付出的巨大犧牲：殘暴的日本法西斯分子在侵略戰争中犯下了滔天罪行，17年間，為抗擊日本侵略者，大陸軍民傷亡逾3500萬人，擊斃擊傷日軍達130多萬，占日軍在第二次世界大戰中傷亡總數的70%。事實充分證明，中國正是打敗日本軍國主義的主力。經過梅汝璈的據理力争，美國最終做出讓步，中國國旗插在了第一位，美國國旗則移至第二位。這是自1840年鴉片戰争之後，中國代表團出席國際會議有史以來國旗插在首位的第一次！
雖說這次審判，參加的有11個國家，但大多數國家并沒有遭遇到日本過多的侵犯，是以在情感上對于日軍犯下的滔天罪行，沒有太大的感覺。但中國不一樣，日軍在中國領土上可以說是無惡不作，不僅發動了全面侵華戰争，而且還制造了南京大屠殺這樣恐怖的慘案，期間還有很多滅絕人性、慘絕人寰的行為，更是數不勝數。
在面對部分法官提出對戰犯從寬處理，反對對戰犯處以死刑的情況，梅汝璈用充分的證據證明了日軍的暴行，并表示必須對戰犯處以死刑。在梅汝璈的據理力争之下，28名甲級戰犯得到了應有的懲罰，東條英機等7名主要甲級戰犯被送上了絞刑刑場上。
在審判的最後環節，梅汝璈再次站了出來！有關日本軍國主義侵華罪行的部分，中國人最有發言權，是以主張這部分内容有中國人自己來寫。在他交涉後，這份曆史性的審判書上留下了梅汝璈代表中國四億人民寫下的10多萬文字。
從1946年5月3日第一次開庭起，到1948年11月12日審判完畢，前後持續兩年多，開庭818次，審判記錄共48412頁，有419人出庭作證，有779人書面作證，受理證據4300餘件，判決書長達1213頁。從1948年11月4日起宣讀長達1231頁的判決書，到12日才讀完。