我不是复仇主义者，我无意于把日本军国主义欠下我们的血债写在日本人民的账上。但是，我相信，忘记过去的苦难可能招致未来的灾祸。（远东国际军事法庭中国法官梅汝璈）
1946年1月9日，为了审判日本在第二次世界大战中犯下的罪行，麦克阿瑟宣布设置远东国际军事法庭，由美国、中国、英国等11国派出代表组成，中国法官梅汝璈代表中国方面参加东京审判。
1946年3月20日，梅汝璈肩负着审判日本罪行的重担，将远赴日本东京。临行前，梅汝璈慷慨陈词：“审判日本战犯是人道正义的胜利，我有幸受国人之托，作为庄严的国际法庭法官，决勉力依法行事，不负政府与国人嘱望。”
梅汝璈到达东京后，顾毓琇送给他一把宝剑，并说出：“你代表四万万五千万中国人民和千百万死难同胞，到这侵略国的首都来惩罚元凶祸首。天下之壮烈事，以此为最。”梅汝璈拔剑出鞘：“对这些战犯必予严惩，非如此，不能稍慰千百万冤死的同胞。我既受国人之托，定将勉力依法行事，断不使战争元凶逃脱法网！”这番豪言壮语，无疑点燃了当时宴会的氛围。
4月，远东国际军事法庭正式开庭。但是，各国法官的座位问题成了一个棘手的事儿，庭长卫勃，想使两位与他亲近的英美法官坐在他的左右手，但是这一想法未能得到各国的一致认同，梅汝璈提议：“各位都不用争了，法官的坐次，按受降国签字的顺序排列，实属顺理成章！”他接着报了各签字国的顺序：美国、中国、英国、苏联、澳大利亚……但是，西方国家对这一建议不满意，但直到正式开庭前一天，卫勃和西方国家才露出了狐狸尾巴来。
开庭前，卫勃突然宣布各国法官座次：庭长右边是美、中法官，左边将是英、苏法官，英美居中，排挤中国。梅汝璈当即指出：“这个安排是荒谬的！”他当场脱下法袍，欲退出预演，以示抗议。开庭预演仪式已经推迟了约半个小时，庭长卫勃三次到中国办公室沟通这件事的解决措施，在第三次沟通后，同意了梅汝璈的意见，预演就按受降签字国次序进行。
当11位法官等待预演开始时，中国方面对国旗的位置提出了质疑，美国插在第一位，中国插在了第二位。梅汝璈提出中国国旗应当插在第一的位置，但是美国明显对这一提议不满，双方开始了唇枪舌战，梅汝璈用流利的英语阐述了中国军民自“九一八事变”，直到1945年打败日本军国主义的侵略所付出的巨大牺牲：残暴的日本法西斯分子在侵略战争中犯下了滔天罪行，17年间，为抗击日本侵略者，大陆军民伤亡逾3500万人，击毙击伤日军达130多万，占日军在第二次世界大战中伤亡总数的70%。事实充分证明，中国正是打败日本军国主义的主力。经过梅汝璈的据理力争，美国最终做出让步，中国国旗插在了第一位，美国国旗则移至第二位。这是自1840年鸦片战争之后，中国代表团出席国际会议有史以来国旗插在首位的第一次！
虽说这次审判，参加的有11个国家，但大多数国家并没有遭遇到日本过多的侵犯，所以在情感上对于日军犯下的滔天罪行，没有太大的感觉。但中国不一样，日军在中国领土上可以说是无恶不作，不仅发动了全面侵华战争，而且还制造了南京大屠杀这样恐怖的惨案，期间还有很多灭绝人性、惨绝人寰的行为，更是数不胜数。
在面对部分法官提出对战犯从宽处理，反对对战犯处以死刑的情况，梅汝璈用充分的证据证实了日军的暴行，并表示必须对战犯处以死刑。在梅汝璈的据理力争之下，28名甲级战犯得到了应有的惩罚，东条英机等7名主要甲级战犯被送上了绞刑刑场上。
在审判的最后环节，梅汝璈再次站了出来！有关日本军国主义侵华罪行的部分，中国人最有发言权，所以主张这部分内容有中国人自己来写。在他交涉后，这份历史性的审判书上留下了梅汝璈代表中国四亿人民写下的10多万文字。
从1946年5月3日第一次开庭起，到1948年11月12日审判完毕，前后持续两年多，开庭818次，审判记录共48412页，有419人出庭作证，有779人书面作证，受理证据4300余件，判决书长达1213页。从1948年11月4日起宣读长达1231页的判决书，到12日才读完。