朋黨之争，就會想到唐朝的牛李黨争和明朝風起雲湧的朋黨之争。到了康熙時代，有人覺得康熙是不會容忍朋黨之争的存在的！事實上，朋黨之争在康熙執政的中期就有了。康熙時代朝廷中的“朋黨”之争，與李光地的政治命運也有着密切的關系。
一是索額圖黨。
索額圖是滿洲正黃旗人，康熙初四大輔政之首索尼的第三個兒子，索額圖的侄女又是康熙的第一個皇後、太子允礽的生母。他的三個兄弟中，兩個襲封一等公，一個授一等伯。索額圖本人很早就是康熙帝的親信。在策劃擒拿鳌拜的過程中，立下了汗馬功勞，很快由一等侍衛提升為大學士，襄贊機務，成為當朝大臣中最大的實權派。聚集在索額圖周圍的，除其兄弟族人外，還有尚書介山、侍郎麻爾圖、禅塔海、宜昌阿、額庫禮、溫代、邵甘等。
鑒于索額圖的勢力很大，康熙帝一方面提拔明珠來牽制索額圖，又借十八年(1679年)七月京師地震之機，迫使索額圖辭去大學士職務；進而又在二十三年(1684年)三月奪去索額圖的内大臣、議政大臣和太子太傅等職銜。但索額圖畢竟樹大根深，加上辦事“勤敏練達”，是以康熙帝于二十五年(1686年)又授予他領侍衛大臣職務。
索額圖“于朝士獨親李光地”，之是以如此,是因為李光地是大子允礽的老師，而太子允礽又是索額圖的侄女所生，這種特殊的關系使得索額圖對李光地不能不敬重三分。但李光地并沒有依附索額圖。
二是明珠黨。
明珠也是滿洲的正黃旗人，出身門第不高，但卻是個很有才能的人。康熙十二年出任兵部尚書,訓練軍隊十分有方，後來轉任戶部尚書。十六年(1671年)七月，康熙帝将明珠從戶部尚書提升為武英殿大學士，用以牽制索額圖。明珠不像索額圖那樣倨傲，《方望溪全集 紀徐司空逸事》記載他
“務謙和，輕财好施，以招徕新進及海内知名士”，
這使他很快赢得了政治聲譽。為了加強與索額圖鬥争的實力，他與内閣大臣勒德洪、餘國柱、李之芳相朋比，各部院則有科爾坤、佛倫、熊一潇、王日藻、塞楞額、薛柱鬥等心腹。明珠勢力大增又引起了康熙帝的警惕。
到康熙二十七年二月，康熙帝通過入直南書房的徐乾學、高士奇等人，草拟彈劾明珠的奏章，經康熙帝修改後，再以外朝的有關官員的名義上奏，不久,明珠即被罷去大學士職務，内閣中的勒德洪、餘國柱、李之芳、吏部尚書科爾坤、戶部尚書佛倫、工部尚書熊一潇、以及侍郎塞楞額、薩柱鬥等，也同時被免職。
李光地與明珠的關系稍複雜一點。
明珠亦敬重李光地，《榕村語錄續編》記載他曾說:
“李某是真人品，予所最敬者。他雖學士，予敬之過于大學士。”
李光地曾告誡明珠，務必慎交往，不可被小人利用。明珠也一度接受了李光地的這一勸告，閉門謝客。明珠又曾說過，别人來求我都是求升官，想當總督、巡撫，隻有李光地來是求我成全他的孝心，讓他回鄉奉養老母。當明珠感到自已地位難保時，恰好李光地推薦的德格勒在康熙帝面前說要“除小人”，明珠急于自保，才一時遷怒于李光地，在康熙帝面前講了李光地的壞話，但他随後又很快後悔了，表示要另選适當的時機在皇上面前稱道李光地的功勞作為補救。明珠被罷免大學士的職務以後，擔任領侍衛内大臣，李光地也不因他曾遷怒于自己而與他結怨，兩人仍保持着正常的友善關系。有關康熙帝向陳夢雷打聽李光地的情況一事，就是明珠在扈從康熙帝巡視永定河時告訴李光地的。
三是以徐乾學、高士奇為代表的“南黨”。
南黨基本上由江浙文人所組成。
徐乾學，字原一，号東海，江南昆山人，康熙九年一甲三名進士，授編修。遷侍講學士，康熙二十四年入直南書房，擢内閣學士，充《大清會典》《一統志》副總裁。康熙二十六年，遷左都禦史，擢刑部尚書。
高土奇，字澹人，靳江錢塘人，以監生就順天鄉試。由明珠薦入内廷供奉，“書寫密谕及纂集講章詩文”，被康熙帝倚為心腹，“權勢日益崇”。徐乾學、高士奇結黨營私，大肆貪贓，是以當時北京城内流行着“四方寶物歸東海,萬國金珠送澹人”的謠諺。
康熙帝在借助徐乾學、高士奇将明珠等人罷斥後，徐高二人頓時威勢大增，朝廷内外，竟至
“畏勢者觀望而不敢言，趨利者複擁戴不肯言”。
恰好此時于成龍等受命複審原湖廣巡撫行賄朝臣案，湖廣巡撫在供詞中提到徐乾學、高士奇二人也接受了賄賂。康熙帝叫于成龍不要株連。但此事一經揭出，徐、高二人頓感難堪，遂上疏請求免職罷歸。康熙帝免除了他們在外朝的官職，但仍讓他們在南書房“修書”。
徐乾學在當刑部尚書以前，一直觊觎着“掌院學士”的職務,因為按照清朝的慣例，從掌院學士就可以提升到大學士的職位上去，是以他一直盯着這個位置，看到其他漢族文人受到康熙帝的青睐，他就要設法把這些人一個個整倒。看到李光地從編修升侍讀學士，再升内閣學士，他就已感到李光地對他的圖謀的威脅，是以挑唆陳夢雷诽謗李光地。對于已經當上掌院學士的人，更急于将其罷免，以便空出位置。先是葉方霭任掌院學士，被徐乾學整倒；接着張敦複為掌院學士，又被徐乾學整得連降五級；張敦複下台，徐乾學到處布置安排，滿以為可以當上掌院學士，但康熙帝偏又點中了李光地，這使徐乾學十分惱怒，在康熙二十七年将李光地整得好慘，十年後才得以翻過身來。繼李光地任掌院學士的高立齋，為了自保，不得不依附徐乾學，每向康熙帝進篇文稿，都要先請徐乾學看過。
四是與“南黨”相對立的“北黨”
北黨是明珠附黨，以科爾坤、佛倫等人為代表，都是旗籍，明珠下台後，雖然科爾坤、佛倫等也被罷官，南黨一時勢盛，但北黨也在伺機反擊。康熙二十八年(1689年)九月，左都禦史郭琇上疏，彈劾高士奇、王鴻緒、陳元龍、何楷、王顼齡等人，說他們“豺狼其性，蛇蠍其心，鬼蜮其形”，要求将他們“明正典刑”。結果，高土奇等五人被休緻回籍。
十月,左副都禦史許三禮連續上疏參劾徐乾學，列舉徐乾學貪贓營私的種種罪惡，徐乾學也隻好打道回鄉。但徐乾學的哥哥徐元文仍在朝擔任大學士職務。于是，到了康熙二十九年(1690年)，北黨又向南黨發動了全面的攻擊。先由明珠的外甥、兩江總督傅拉塔出面發難，羅織徐氏兄弟子侄交結地方、收受賄賂、仗勢欺壓等十五條罪狀，要求朝廷嚴辦。康熙帝雖诏令，但徐元文也因是而罷官。接着,康熙三十年(1691年)初，山東巡撫佛倫借着鞠勘前任濰縣知縣朱敦厚貪贓一案的機會，再次将徐乾學牽連進去。與此同時，江南方面也緊密配合，由江甯巡撫鄭端出面，彈劾休緻在籍的王鴻緒和徐乾學之子徐樹敏。
北黨的全面反擊幾乎要使南黨全軍覆滅，這顯然也不符合康熙帝籠絡江南知識分子和士紳的政策，也違背了其玩弄政治平衡和權力制約的統治術，于是下诏嚴禁“伐異黨同”、“牽連報複”，遏制了北黨的氣焰；同時，對已失勢的南黨加以撫慰，幾年後，除徐乾學、徐文元兄弟先已病故者外，其餘如王鴻緒、高土奇,以及徐乾學弟徐秉義等，又陸續複官起用。但經過北黨的反擊，南黨已經元氣大傷,再也難以卷土重來了。
李光地與“北黨”沒有任何特殊的關系，在北黨向南黨展開反擊的時候，恰好是李光地被罷掌院學士而最不得意的時候，他沒有對企圖置他于死地的徐乾學展開報複行動。對于北黨，李光地也不巴結投靠。他提督順天學政和受命考校旗籍，對于北黨官員的請托一概拒絕。表現了獨立直行的氣概。
結束語
在康熙時代的“朋黨”之争中，李光地雖然沒有依附統治集團中的任何一個派系，并且以他的才學和人品赢得了索額圖和明珠這兩大對立派系首領的敬重，是以在索額圖與明珠兩大對立派系鬥争的過程中，李光地基本上沒有受到傷害(盡管明珠因德格勒之事遷怒于他，但也随即後悔)。這表現了入關不久的滿族顯貴雖然已受到漢族士大夫長期積累的腐敗因素的影響，但尚未脫盡作為邊塞民族的淳樸作風。而對李光地陷害不遺餘力的則是那些由機靈而演變為狡詐，極其工于心計而熱衷于争名奪利的江南才子徐乾學之流，其狹隘的地緣觀念已經使得他們對來自閩南的李光地持排斥的态度，更何況李光地又是平息閩亂、統一台灣的有功之臣，學問也不在這些江南才子之下，前程無量,這也就構成了對一心想謀取高位的徐乾學的嚴重威脅，其诽謗陷害李光地也就不足為怪了。
當然，南黨對李光地的誣蔑陷害畢竟是通過康熙皇帝而實作的，盡管康熙皇帝十分精明，也畢竟有其失察之處，南黨的行徑在某種意義上也适應了康熙皇帝駕馭傑出人才的權術的需要。康熙帝也隻是在對李光地作了長期的考察以後，才将他從十年人生的低谷中提升出來，委以重任。