曆史是什麼：是過去傳到将來的回聲，是将來對過去的反映。——雨果
明代自内閣初建的永樂時期開始，一直到弘治年間，六部尚書與其之間就從未有正式的遷轉情況。這種互相之間的對立在内閣成立初期已經有所展現。
永樂二年(1404)十二月立春之時，成祖朱棣于奉天殿賜宴群臣，照例賞賜六部尚書和侍郎金織文绮衣各一襲，同時“特賜翰林學士解缙，侍讀黃淮、胡(廣)，侍講楊榮、楊士奇、金幼孜衣，與尚書同”，而且非常明确地指出:“朕于卿等非偏厚，代言之司、機密所寓，況卿六人旦夕在朕左右，勤勞勚益，不在尚書下。故于賜赉必求稱其事功，何拘品級。”并且強調:“朕皇考初制，翰林長官品級與尚書同，卿等但盡心職任。”内閣在建立初期雖然尚歸屬于翰林院管轄，當時内閣諸臣也以翰林院官職為尊，但是朱棣在這次宴會中将内閣諸臣與六部尚書同等賞賜，并明确強調其官秩雖然僅為五品，但職能不在六部尚書之下。這基本上表明朱棣設立殿閣大學士的初衷便有着削弱六部尚書地位與職掌之意，奠定了兩者之間互相制衡的關系。
當然，内閣這種職、權嚴重不相比對的情況并沒有長久持續，随着内閣地位的提升，仁宣時期開始形成閣臣入閣後加六部尚書或侍郎等虛銜的慣例。如洪熙元年(1425)正月，加封“黃淮為少保、戶部尚書仍兼武英殿大學士，加少傅兼華蓋殿大學士楊士奇兵部尚書，太子少保兼武英殿大學士金幼孜禮部尚書，俱三俸并支，仍掌内制”。雖然這種加封是“不預所升職務”的，但在一定程度上也是對六部職權的侵犯。明人對此也曾明确指出其有違祖宗之意，“大學士五品爾，如欲加于六卿，則何不崇其階銜也”。這種加銜雖然破壞了對内閣的限制，但是顯然在一定程度上給予了其幹涉六部事務的便利，進一步強化了内閣對六部尚書的制衡。
内閣建立之初的選任方式也與六部官員有明顯差異，基本都是以直接從翰林院官員中選拔為主，甚至是以曾選擇部分新科進士與翰林院官員于内閣觀政，作為閣臣的預備者。“明實錄”中較為明确的記載有兩次，第一次是在永樂二年(1404)左右，當時新科進士中的一甲與庶吉士的28人“就文淵閣進其學”，最終三年考滿之時，彭汝器、王直、餘鼎、玉英、羅汝敬等人得以留任。第二次是在宣德九年(1434)八月時，“命行在翰林院修撰馬愉、陳詢、林震、曹鼐，編修林文龔、锜鐘複、趙恢，大理寺左評事張益，同庶吉士薩琦、何瑄、鄭建、江淵、李紹、姜洪、徐珵、林補、賴世隆、潘洪、尹昌、黃瓒、方熙、許南傑、吳節、葉錫、王玉、劉實、虞瑛、趙智、陳金、王振、逮端、黃回祖、傅綱、蕭镃、陳惠、陳睿三十七人，于文淵閣進學”。)文淵閣是閣臣入直辦事之地，這兩次進學實質是内閣為挑選接班人而進行的，其中較為明确的是，王直曾長期在内閣撰寫诏書，馬愉、曹鼐在楊士奇、楊榮緻仕後入閣預機務，可見當時内閣遷入的慣例是以翰林院官職為主，這在正統以後也繼續沿襲，“故正統年間陳循、高谷、苗衷、馬愉、曹鼐以學士入，張益、彭時、商辂以修撰入，則舊意猶存可考也”。這種直接從“詞臣”選拔入閣的方式顯然重視的是秘書性職責，“蓋朝廷用入閣者皆出翰林，翰林之選文字而已，非嘗考其行也”。這與六部尚書選拔注重行政能力是截然不同的，這時期的六部尚書中像何文淵、王翺、李秉等都是經過地方與中央的行政曆練，從知府、推官等地方官升遷至中央後，累遷至尚書之職的。
這其中有一個非常典型的代表人物就是曾擔任過吏部尚書的王直，他的仕宦經曆充分展現了内閣與六部尚書的制衡性。王直，江西泰和人，永樂二年(1404)進士，授庶吉士并“事文淵閣”。3(P643)他也應是内閣成立以來第一批選拔入閣觀政學習的新科進士。最終三年考滿之時，王直得以繼續留任内閣，“俾屬草”。)當然嚴格意義上講，王直并非真正的閣臣，沒有殿閣大學士的名與實，僅可以看成是閣臣的候補。王直的内閣生涯一直持續到正統五年(1440)左右，入閣30餘年，不論是文采還是能力，都備受推崇，“中外鹹倚重之”。而且楊士奇、楊榮等閣臣在正統時年事已高，即将緻仕，王直又與楊士奇有同鄉之誼，成為正式閣臣本來是水到渠成之事。但是王直此時卻與楊士奇發生嫌隙，楊士奇之子楊稷“居家暴橫，鄉民甚苦之”，王直曾提醒過楊士奇，但是楊士奇卻被其子蒙騙，認為“抑庵(王直)忌其功名，妄為此語”，由此嫉恨王直，随即将其排擠出内閣。
王直出閣後擔任禮部侍郎，随後于正統八年(1443)升遷為吏部尚書，并一直任職到天順元年(1458)。任職期間，楊士奇于正統九年(1444)病逝，而内閣馬愉、曹鼐、陳循、苗衷、高谷等人的地位和威望均無法與其并列，且自景泰二年(1451)開始，由于王直年老體衰，先後任命何文淵、王翺為吏部尚書輔佐管理部事。可以說，王直入閣的所有阻礙已經基本清除。但實際情況是，王直此時仍舊擔任吏部尚書之職，與宣德時期的吏部尚書蹇義、戶部尚書夏元吉解部事以備顧問大體相同，也就是說，明代官員“若先升尚書，則無入閣之命”。王直晚年對此也曾感歎道:“西楊不欲予同僚内閣，出予理部事，當是時不能無憾。”結合王直的仕宦經曆，這種遺憾在針對楊士奇的同時，顯然也與當時的政體阻斷其回歸内閣之路不無關系。
此外，内閣在正統時期獲得的“票拟”之權與六部尚書的行政權也具有很強的制衡性，對此解釋最為精辟的要屬隆慶時期的内閣首輔兼吏部尚書高拱。他在《三乞天恩辭免兼任疏》中提到:
我國家之事，皆屬部臣題行，閣臣拟票。或未當，則為之駁正;或未妥，則為之調停。不嫌異同，務在參伍。是以事多得其理，而人不敢為奸，是閣之與部不容混而一也……春芳既解任去，而臣又忝居二輔之先，若仍領铨務，則自所題行，自所拟票，駁正調停終為未便，是謂以水濟水，誰能食之……今内閣平章重事，吏部進退百官，皆權所在也。臣既忝閣臣之先，而仍總吏曹之職，則操權不亦太重乎?權太重，非惟臣難以居，而國體亦非所宜。
高拱非常明确地指出明代中央權力結構中内閣與六部職權是相輔相成、互相制約的，這是明代廢除丞相制度後精心設計的外廷運作和制約機制，如若兩者歸于一處，則操權太重，嚴重威脅皇權的穩固和國體的穩定。此外，正德時期的焦芳也曾有此類似經曆。當時焦芳由吏部尚書入閣，但是他想繼續兼任吏部尚書之職，“内閣處密勿之地，雖與聞機務，而不得專進退百官之權，兼掌部印，實芳所欲也”，但是大學士李東陽等人都指出此事破壞國家政體，“為芳忠告，于是芳乃懇辭”。
内閣無論是在設立初衷、選任途徑，還是職掌等方面，都與六部形成一種制衡機制，尤其是吏部尚書王直的仕履經曆，更是鮮明地揭示出明代“尚書不入閣”是當時政治體制運作的一種慣例。但不能否認的是，自景泰以來，翰林院出身官員在經曆外任官職後開始較多地進入内閣，其中“天順、成化、弘治以來，由侍郎升尚書入閣者，日久因襲，不可複改矣”，像江淵、李賢、萬安、劉诩、劉吉、尹直等均是以侍郎遷入内閣，甚至還出現王文這種以都察院左都禦史入閣者。這種變化顯然是為了調整内閣以“文詞”為選才的标準，更加注重文采與能力的結合，盡量避免“不得人而誤天下”的情況出現。雖然“未有升至尚書已理部事而複入内閣”者，但是從翰林官直接入閣轉而經過侍郎等職官曆練再入閣，六部尚書與閣臣入閣前官職的差距開始急劇縮小，這就為六部尚書直接入閣奠定了基礎，到弘治、正德以後，尚書不入閣慣例被徹底破壞。但即便如此，透過焦芳的經曆和高拱的奏疏可知，對内閣和六部制衡性關系的認知在閣權極速膨脹并且壓制六部的正德至隆慶時期仍舊是存在的。
不過自弘治、正德時期開始，六部尚書不入閣的慣例開始松動， 萬曆至崇祯朝相繼得以改變。