自雍正七年創立軍機處後，一直到清王朝滅亡，軍機處共經曆了近兩百年的曆史。在這段時間内，軍機處成為統治集團的決策中樞，雖清代不設宰相，但在人們的眼中，軍機大臣就是真宰相。然而，令人不解的是，從雍正朝一直到宣統朝，軍機處為何一直沒有一個正式的名分。
軍機處的建立，在中國政治制度史上可謂是一個創舉。作為皇權的附庸，它将專制皇權推向了史無前例的巅峰。軍機處的建立，使得原來作為行政中樞的内閣和議政王大臣會議被貶抑為閑曹，大學士雖居高位卻沒有實權，成為無公事可辦的榮譽頭銜。
軍機處成立後，整個國家的政治運作體制發生了改變，由原來的内閣承旨，六科封駁，公事用題本内閣承辦、私事用奏本直達禦前的方式，改為皇帝親書谕旨或口授，軍機大臣承旨批谕徑自廷寄各地。中央和地方官署的本章，經内閣閱看，附以意見後，仍要交給軍機處送給皇帝審議。這樣，皇帝的旨意就被無阻礙地貫徹下去，不受監督，不受限制，不受朝臣的掣肘了。
雍正帝肯定對自己的這個創造十分得意，他完全擺脫了那些令人生疑的朝臣們。與内閣相比，軍機處至少有三大優點：
一是“簡”。它機構簡單，人員少，隻設軍機大臣和軍機章京。前者是兼職，俗稱“大軍機”，多從大學士、尚書、侍郎中選任，人數并不固定。他們雖有領班和一般大臣之分，但沒有隸屬關系，各自對皇帝一人負責。後者是大臣的僚屬，負責滿、漢文字工作，俗稱小軍機。整個機構最多時不過三十四人，并且“有官而無吏”。由于成員都是由中央各衙門特别選進的，如不稱心，随時可以罷職回到原來衙門，因而省去了不少繁文缛節。
二是速。軍機處辦事效率極高，省卻了以往各衙門輾轉交送的時間并且當日事當日畢。奏折經批複後，或明發上谕，或廷寄，皆于當日完成，未有延誤一日者。廷寄的速度相當之快，有“馬上飛遞”日行三百裡，日行四、五、六百裡以及日行八百裡等之别。皇帝的意志是以毫無阻滞地直達地方。
三是“密”。軍機處地居宮禁，不易受到外界的幹擾，并嚴禁外官擅入值廬。就是負責送水、打掃的太監，都是15歲以下且不識字的太監擔任。軍機大臣都是皇帝的親信，他們入值時，太監不得在側，起草诏旨，也嚴格限于值房之内。軍機處用印，也要嚴格按照程式進行，用畢馬上交還。
正是有了上面三個優勢，軍機處一經設立便功效卓著。其中的妙處，正像清末禦史張瑞蔭所說：“内閣之制，在前明有嚴嵩之奸，張居正之專擅，周延儒、溫體仁之邪佞傾國。及至本朝，乾綱自秉，舊染一新。然以聖祖仁皇帝之天禀聰明，猶有鳌拜、明珠、索額圖之小作威福。自設軍機處，名臣賢相不勝指屈，類皆小心謹慎，奉公守法……”
因而，皇帝對軍機處成員不吝賞賜，或是绫羅綢緞，或是時鮮果蔬。每日入值的大臣、章京都有膳房供飯，備受恩寵。然而，奇怪的是，終清之世，這樣一個權大威重的機構在法律上，一直不是正式的國家機構，也沒有獨立的衙門。
光緒《大清會典》隻稱其為“辦理軍機處”，軍機處大臣為“内廷差使”，隻有值廬，并無衙署。自從雍正時期創立後，軍機處被各位皇帝有意識地發展完善，成為一代定制，甚至越來越具備了行政中樞的職能。然而從結構上看，軍機處始終更像是皇帝的私人秘書班底。這當然與雍正帝設立軍機處的初衷有關。
軍機處的出現既然與清廷用兵有着密切關系，并且冠以“軍機”之名，自然帶有強烈的臨時色彩。而它所承擔的工作在龐大的政權機構中均有專門的部門負責，這些機構上千年的政治實踐演變而來的，雍正和他的後人并沒有足夠的理由另起爐竈。
事實上，法定的中樞機構一直是内閣，而軍機處則是糅合了智囊團、貼身秘書及行政中樞多種功能的混合物，帶有強烈的禦用機構色彩。單就軍機大臣一職而言，并沒有多麼崇高的地位，因為最早擔任軍機大臣的張廷玉，在自陳履曆時，絕口不提軍機大臣之職。
軍機處自誕生後，就逐漸代替了議政大臣會議和内閣，而承擔行政中樞之責，更為重要的是，清代的皇帝絲毫沒有感受到它的威脅。反而成了皇權的禦用工具，成為專制集權發展到新階段的一個重要标志。也許，不将軍機處“扶正”，讓它沒有名分正是皇帝控制它的妙處所在。