兩晉時期是中國士族門閥政治的高峰期，東晉自遷到長江以南，皇權一直被大士族左右着。東晉的第九任皇帝司馬曜，算是東晉自建立以來，最有權力的皇帝了。但就是這位打敗前秦，鬥死權臣的皇帝，最後卻因一句酒後戲言被自己的寵姬用被子給捂死了。
公元396年11月6日司馬曜窩囊的死了，他死後他的長子司馬德宗即位是為晉安帝。但這位晉安帝和西晉的第二任皇帝晉惠帝司馬衷不相上下。根據曆史記載，司馬德宗不僅口吃說話不順溜，而且愚笨到連冬夏都分辨不清，甚至生活都不能自理。
《晉書·安帝紀》稱“帝不惠，自少及長，口不能言，雖寒暑之變，無以辯也。凡所動止，皆非己出”
皇帝作為王朝的主導，雖然是一人之下萬人之上。但如此的高貴除了從祖宗那繼承外，更多還是靠自己的智力來争取的。試想，一個連季節都分辨不清的皇帝，如何能撐起一個偌大的王朝？是以司馬德宗在位期間，不僅朝外許多将軍紛紛自立，朝内的權力也落到了權臣之手。
晉安帝初期，朝内主要由會稽王司馬道子及其子元顯主持。司馬道子任用奸臣王國寶，是以導緻了後來兖州刺史王恭和豫州刺史庾楷的叛亂。雖然後來晉安帝殺了王國寶，平息了這場叛亂。但後來王恭、庾楷聯合廣州刺史桓玄等再次謀反，叛軍一直打到建康附近才被平定。
這兩場叛亂雖然有驚無險，最後都被平定了。但江浙一帶孫恩的叛軍正來勢洶洶呢，402年孫恩的叛軍圍困建康城，導緻了城内大饑荒。雖然後來孫恩戰死，但後來桓玄再次起兵攻入了建康。司馬道子被桓玄廢殺，後桓玄專權，并于403年12月31日篡位建立了桓楚政權。
桓玄篡位後，晉安帝被降為平固王後被軟禁到了浔陽，這是晉安帝第一次成為俘虜。如此看來東晉的國運是到頭了，但桓楚建立僅半年多，桓玄就被劉裕打敗，後來桓玄被殺晉安帝得以複位。但好景不長，七天後桓玄的将軍桓振又攻陷江陵，晉安帝再次被俘，直到405年晉安帝才脫離叛軍的控制。
雖然桓玄的叛亂最終以失敗告終，但卻在某種意義上摧毀了東晉的皇權，培養了劉裕這位新的來自寒門庶族的權臣，士族門閥政治第一次受到巨大沖擊。劉裕掌權後，南征北戰滅南燕逐漸成了東晉王朝的實際控制者。
419年1月28日晉安帝于東晉皇宮東堂走完了他七零八落的一生，其後晉安帝的親兄弟司馬德文即位是為晉恭帝。但司馬德文在位僅半年，就禅位給了劉裕。420年劉裕建立劉宋，司馬德文被廢為零陵王，但同年九月劉裕又派人将司馬德文用棉被捂死。
司馬德文隻是個過度，隻是劉裕稱帝的一個緩沖。晉安帝的死劉裕也脫不了幹系，關于晉安帝的死因，雖然史書上的說法略有不同，但都是劉裕命王韶之所殺（有說毒死的，有說勒死的）。而劉裕之是以要殺死前代之君，除了心理上的報複外還有就是為他本人赢取更多政治上的籌碼。
畢竟劉裕來自寒門庶族，并且東晉雖然被劉裕取代了，但司馬家的勢力盤根錯節，所謂百足之蟲死而不僵，司馬皇室死灰複燃不是沒有可能的。