两晋时期是中国士族门阀政治的高峰期，东晋自迁到长江以南，皇权一直被大士族左右着。东晋的第九任皇帝司马曜，算是东晋自建立以来，最有权力的皇帝了。但就是这位打败前秦，斗死权臣的皇帝，最后却因一句酒后戏言被自己的宠姬用被子给捂死了。
公元396年11月6日司马曜窝囊的死了，他死后他的长子司马德宗即位是为晋安帝。但这位晋安帝和西晋的第二任皇帝晋惠帝司马衷不相上下。根据历史记载，司马德宗不仅口吃说话不顺溜，而且愚笨到连冬夏都分辨不清，甚至生活都不能自理。
《晋书·安帝纪》称“帝不惠，自少及长，口不能言，虽寒暑之变，无以辩也。凡所动止，皆非己出”
皇帝作为王朝的主导，虽然是一人之下万人之上。但如此的高贵除了从祖宗那继承外，更多还是靠自己的智力来争取的。试想，一个连季节都分辨不清的皇帝，如何能撑起一个偌大的王朝？所以司马德宗在位期间，不仅朝外许多将军纷纷自立，朝内的权力也落到了权臣之手。
晋安帝初期，朝内主要由会稽王司马道子及其子元显主持。司马道子任用奸臣王国宝，所以导致了后来兖州刺史王恭和豫州刺史庾楷的叛乱。虽然后来晋安帝杀了王国宝，平息了这场叛乱。但后来王恭、庾楷联合广州刺史桓玄等再次谋反，叛军一直打到建康附近才被平定。
这两场叛乱虽然有惊无险，最后都被平定了。但江浙一带孙恩的叛军正来势汹汹呢，402年孙恩的叛军围困建康城，导致了城内大饥荒。虽然后来孙恩战死，但后来桓玄再次起兵攻入了建康。司马道子被桓玄废杀，后桓玄专权，并于403年12月31日篡位建立了桓楚政权。
桓玄篡位后，晋安帝被降为平固王后被软禁到了浔阳，这是晋安帝第一次成为俘虏。如此看来东晋的国运是到头了，但桓楚建立仅半年多，桓玄就被刘裕打败，后来桓玄被杀晋安帝得以复位。但好景不长，七天后桓玄的将军桓振又攻陷江陵，晋安帝再次被俘，直到405年晋安帝才脱离叛军的控制。
虽然桓玄的叛乱最终以失败告终，但却在某种意义上摧毁了东晋的皇权，培养了刘裕这位新的来自寒门庶族的权臣，士族门阀政治第一次受到巨大冲击。刘裕掌权后，南征北战灭南燕逐渐成了东晋王朝的实际控制者。
419年1月28日晋安帝于东晋皇宫东堂走完了他七零八落的一生，其后晋安帝的亲兄弟司马德文即位是为晋恭帝。但司马德文在位仅半年，就禅位给了刘裕。420年刘裕建立刘宋，司马德文被废为零陵王，但同年九月刘裕又派人将司马德文用棉被捂死。
司马德文只是个过度，只是刘裕称帝的一个缓冲。晋安帝的死刘裕也脱不了干系，关于晋安帝的死因，虽然史书上的说法略有不同，但都是刘裕命王韶之所杀（有说毒死的，有说勒死的）。而刘裕之所以要杀死前代之君，除了心理上的报复外还有就是为他本人赢取更多政治上的筹码。
毕竟刘裕来自寒门庶族，并且东晋虽然被刘裕取代了，但司马家的势力盘根错节，所谓百足之虫死而不僵，司马皇室死灰复燃不是没有可能的。