所謂朱元璋殺劉伯溫并沒有确鑿的證據，此事也是根據野史秘聞和正史推測而言，朱元璋有殺劉伯溫的理由，但沒有殺劉伯溫的證據。劉伯溫次子劉璟也非朱棣所殺，但由于言論不當而被朱棣下獄，自缢于獄中。
劉基之死
“天道後舉者勝，吾以逸待勞，何患不克，莫若傾府庫，開至誠，以固士心，伏兵伺隙擊之，取威制勝，以成王業，在此舉也”——劉基
劉伯溫是一位大才，民間所言“三分天下諸葛亮，一統江山劉伯溫”。但他在朱元璋陣營裡發揮的作用确實有限，畢竟劉伯溫是1360年朱元璋已經占據南京城了才投入帳下，其最傑出的貢獻應該就是為朱元璋規劃了先戰陳友諒，後取張士誠的各個擊破戰略思想，以及在陳友諒攻占太平後，堅定了朱元璋與陳友諒決一死戰的決心。而朱元璋從起家到建國，再到北伐一統天下，更為倚仗武将，劉伯溫的功勞被載為“參與軍機”，是以在開國六公爵中隻有一位文臣李善長，再往下數名将如雲，故而劉伯溫的“
誠意伯
”不虧！
劉基的智慧正如民間流傳的那樣，料事如神也并不誇張，包括丞相的任用，朱元璋看中的三個人
汪廣洋、楊憲、胡惟庸
皆被其言中。但也許朱元璋最忌憚的恰恰是劉基的智慧，而最煩的便是他直言不諱的做事風格。
此事中，是由朱元璋換相李善長為始端，朱元璋試探劉伯溫是否能接任丞相一職，劉伯溫先是以李善長勞苦功高為其求情，再言李善長是國之棟梁，自己是細木，無法頂替，這話的言外之意就是李善長結黨，自己沒有培植勢力。朱元璋作為君主能不明白李善長勞苦功高？不需要劉伯溫在這裡故裝大度吧！而後又以李善長的棟梁之意比喻淮西朋黨，言外之意就是我上可以，但得把淮西勢力全部拔掉，這個是動搖國本的，朱元璋也不會因小失大。
接着朱元璋問楊憲出任丞相如何，這個問題也是君臣博弈的典型，楊憲确實是位幹才，從基層摸爬滾打到中書參知政事，從外派扶貧到進入中央核心圈，算是明初晉升最快的人，但這位楊憲恰恰是劉伯溫浙東派系的骨幹，劉伯溫當然不會留下拉山頭的口實給朱元璋，于是便向朱元璋說楊憲“有丞相之才，無丞相之度”。說到這裡算是劉伯溫下對了棋，但随後朱元璋再問起汪廣洋和胡惟庸是否能擔任丞相時，劉伯溫毅然決然的給出了否定答案。那麼問題來了，我朱元璋看上的人都當不了丞相，這個大明的丞相得你劉伯溫來選了？從曆史的發展來看，這幾個人确實最後都栽了，劉伯溫預測的是挺準，他這種直言不諱也許是為了大明江山考慮，但多疑的朱元璋卻不一定這麼認為。
1367年，朱元璋剛剛建吳，劉伯溫就以觀天象為由，建議朱元璋寫罪己诏。時逢天下大旱，劉伯溫又以朱元璋濫殺無辜為由，要求重審冤假錯案。從這裡看，劉伯溫的本意是好的，是要争取民心，但作為君主而言，這樣的建議字字都在紮心，說明朱元璋不是一個明君，這樣的谏言沒有哪個君主會開心的。但也正是因為劉伯溫的這種直言不諱，才成為大明王朝一個特殊的政治群體的雛形，那就是言官。
劉基開國便擔任禦史中丞，官職不高，但掌監察大權，在其看來，宋、元兩朝的政治過于寬縱以至亡國，是以劉基在明初一直緻力于整肅綱紀，當朱元璋外出巡遊時，他與李善長留守首都，并下令禦史在檢舉彈劾時，不要有任何顧忌，凡犯有過錯的官員，一律奏明監國太子朱标，嚴厲懲治。這其中的中書省都事李彬被治罪問斬一事，引起了李善長的不滿，二人的沖突就此爆發，也由此展開了以李善長為首的淮西官員一道排擠劉基。恰逢劉基“求雨”不成受到朱元璋責罵，又因妻子此時離開人世，劉基便灰溜溜的辭官回鄉。
“基在京病時，惟庸以醫來，飲其藥，有物積腹中如拳石。其後中丞塗節首惟庸逆謀，并謂其毒基緻死雲。”——《明史》
1375年正月，劉基感染了風寒，朱元璋知道了之後，便派胡惟庸帶禦醫探望。這個人員安排确實給後世留下了疑點，胡惟庸與李善長向來與劉基不和已經不是什麼秘密，再者，曆史上諸多事件都能夠證明朱元璋任用胡惟庸的淮西勢力與浙東勢力加以平衡，這這種關頭讓胡惟庸探望浙東勢力的核心人物，是否别有用意？如果是為了表示朝廷重視，太子朱标的老師翰林大學士宋濂不也是個很好的選擇麼？宋濂還是劉基的摯友呢！
胡惟庸帶去的禦醫為劉基開了藥方，他照單抓藥煎服後便覺得腹中如石塊擠壓一般，十分痛苦。到二月中旬時，劉基還抱病觐見朱元璋，委婉的告訴朱元璋胡惟庸帶着禦醫來探病後自己的不适症狀。但朱元璋的态度并不在意，隻是叮囑劉基寬心養病。時至三月下旬，劉伯溫自京師動身返鄉，農曆四月十六卒于故裡，享年六十五歲。按照塗節的告發，是胡惟庸令禦醫下毒害死劉基的，但這件事是胡惟庸自己的行為還是朱元璋的暗示呢？畢竟塗節作為首告應當減罪，但最終還是被滅口，這是否又是朱元璋不願意落人口實的另一個舉動呢？
劉璟之死
劉璟是劉基次子，按照《明史》記載，“
弱冠通諸經
”的劉璟也證明了虎父無犬子這句話。劉基死後，劉璟依舊效力于明朝廷，還因剿賊謀略被朱元璋誇贊為“
璟真伯溫兒矣
”。朱棣也曾與劉璟下過棋，劉璟寸子不讓，朱棣也知其才。
靖難之役時，劉璟向朱允文上書獻策并沒有得到采納，李景隆亦不采納劉璟之策，于是他便辭官回鄉。到了朱棣稱帝以後，便想起這位懷才不遇的能人，按照成祖的想法，你在朱允文手下得不到重用，現在我重用你，你應該感恩戴德為我效力了吧！但天遂人願，劉璟眼裡隻有建文帝，沒有明成祖。當朱棣召劉璟入仕的時候，劉璟的态度是“
稱疾不至
”。
當朱棣令人将劉璟逮捕至身邊時，劉璟依舊以殿下稱呼朱棣，并言道“
殿下百世後，逃不得一‘篡’字
”，這句話是刺進了朱棣的心中。朱棣本來就名不正言不順的發動“靖難”，當時正是籠絡人心的時候，劉璟若是一直稱病，朱棣想必也沒辦法，不至于逼迫太急。但篡逆之言出于口就是挑戰朱棣的極限了，這個就跟方孝孺是一個性質的問題，你若隻認前君，那就是誠心與我過不去，好在是劉璟隻是被下獄，是其自己自缢而死，當朝堂有言連坐其族時，朱棣以劉伯溫對于大明的功勞為由拒絕了。
劉伯溫一生為人正氣，加上過人的智慧，留下了“立德、立功、立言”的千古美名，其子劉璟也繼承了父親剛正不阿的秉性，雖然均死的可惜，但都在後世得到追封和褒美，也算是曆史對于正義之人的回饋！