葛爾丹的實力在當時的确堪比清朝，且葛爾丹有沙俄撐腰，是以無所畏懼的與清朝作對。葛爾丹屬于蒙古準噶爾汗國大汗也先的後裔，巴圖爾珲台吉第六子，10歲在西藏班禅和達賴哪裡學習佛法，26歲時其兄僧格珲台吉在準噶爾貴族内讧當中被殺。葛爾丹從西藏傳回蒙古，擊敗了政敵，成為準噶爾部的首領。噶爾丹奪得準噶爾統治權後，實行了積極的向外擴張政策。兼并衛拉特盟，并把衛拉特聯盟推向準噶爾汗國。此後他征服了哈薩克，并滅了葉爾羌汗國，一時稱雄西域，實力非常強大。公元1690年6月，葛爾丹已經統一蒙古諸部，他在沙俄的支援下，以追擊漠北蒙古為名大舉進犯漠南。康熙帝遂宣布，親征葛爾丹。于是，康熙帝兵分兩路，左路軍由撫遠大将軍常甯率領，出喜峰口，康熙帝親自帶兵在後面指揮。
右路清軍先接觸葛爾丹軍隊，并打了敗仗。葛爾丹長驅直入，一支打到了離北京隻有700裡的烏蘭布通。葛爾丹趾高氣昂的派使者向清軍要求交出他們的仇人，康熙帝全然不顧，指令福全反擊葛爾丹。葛爾丹為阻擋清軍的進攻，将兵力集中在大紅山下，并将成千上萬匹駱駝四腳捆綁躺在地上，背上再加上箱子，用濕毯子裹住，排成了一字駱駝陣。葛爾丹軍隊在箱垛中間射箭放槍，阻擋清軍進攻。最後，清軍集中火炮，對準駱城的一段猛烈炮擊，很快被打開了一個缺口。清兵的步兵和騎兵從缺口當中一起沖殺，福全又派兵繞到葛爾丹軍隊的後面夾擊，把葛爾丹的軍隊打得一敗塗地，紛紛丢了營寨而逃跑。葛爾丹見形勢不低，急忙派了一個喇嘛到清軍營帳求和。清軍将領福全不能做主，停止追擊，向康熙請示。康熙認為這是敵人的緩兵之計，下令全軍追擊，别中了敵人的詭計。葛爾丹的緩兵之計也不奏效，最後帶着殘兵回到了漠北。
葛爾丹回到漠北，表面向清政府表示歸順，暗地裡卻招兵買馬。公元1695年，噶爾丹率騎兵3萬，向東掠位于克魯倫河流域的喀爾喀蒙古車臣汗部，然後沿河而下。并揚言向沙俄借到了鳥槍兵6萬，大舉進攻漠南。公元1696年，康熙帝為了解除葛爾丹的威脅發兵10萬，決定第二次親征，此次大軍分三路進攻。康熙帝的中路軍率先得到情報，沙俄将要派兵幫助葛爾丹，當時其他兩路軍還沒有到達。清軍在當時有些害怕，有人還建議康熙帝撤退。康熙帝當時就大怒，氣憤的說：“這次出征連叛軍都沒有見到，怎麼向天下人交代。再說，中路軍一退，叛軍全力對付西路，西路不是危險了嗎？”是以，康熙帝決定繼續前進，三路大軍約期于克魯倫河一帶殲滅準噶爾軍。康熙所率領的中路軍先抵克魯倫河，逼近準噶爾軍。噶爾丹遙望清軍大營，見康熙帝皇旗飄揚，軍容整齊，于是連夜撤退。康熙帝指令費揚古半路設伏，按照規劃好的路線，葛爾丹帶兵奔走五天五夜到達費揚古的埋伏圈。費揚古先派先鋒400人誘敵深入，邊戰邊退，葛爾丹的軍隊果然到達伏擊圈。清軍出其不意，伏擊了葛爾丹的軍隊，兩軍結果厮殺，葛爾丹的軍隊死傷一片，葛爾丹隻帶了幾十名騎兵逃脫。
由于，葛爾丹與清軍兩次較量都吃了敗仗，集團内部土崩瓦解，出現内讧。時隔一年，康熙帝要葛爾丹投降。而葛爾丹并沒有投降的意思，還是負隅頑抗。于是，康熙帝再次帶兵度過黃河親征。在康熙第三次親征的時候，葛爾丹原來的根據地伊犁已經被他侄兒占領，他的左右親信聽說康熙親征，也紛紛投降，願意做清軍的向導。葛爾丹走投無路，最後服毒自殺。三次親征，以清朝勝利告終，且清政府又重新控制了阿爾泰山以東的蒙古。不過從雙方的兵力來看，清軍要多于葛爾丹大約3倍，且葛爾丹戰鬥力不弱，開始互有勝負。如果，不是康熙親自指揮戰鬥，鼓舞士氣，清軍肯定會一敗塗地。應該是康熙知道，葛爾丹的實力太強，都快打到到北京了，由于對清軍不放心清軍，是以親自出馬。且三次親征，足見康熙真的是陪上了身家性命。如果，不是康熙親征，曆史不知道要怎麼改寫都不知道。