葛尔丹的实力在当时的确堪比清朝，且葛尔丹有沙俄撑腰，所以无所畏惧的与清朝作对。葛尔丹属于蒙古准噶尔汗国大汗也先的后裔，巴图尔珲台吉第六子，10岁在西藏班禅和达赖哪里学习佛法，26岁时其兄僧格珲台吉在准噶尔贵族内讧当中被杀。葛尔丹从西藏返回蒙古，击败了政敌，成为准噶尔部的首领。噶尔丹夺得准噶尔统治权后，实行了积极的向外扩张政策。兼并卫拉特盟，并把卫拉特联盟推向准噶尔汗国。此后他征服了哈萨克，并灭了叶尔羌汗国，一时称雄西域，实力非常强大。公元1690年6月，葛尔丹已经统一蒙古诸部，他在沙俄的支持下，以追击漠北蒙古为名大举进犯漠南。康熙帝遂宣布，亲征葛尔丹。于是，康熙帝兵分两路，左路军由抚远大将军常宁率领，出喜峰口，康熙帝亲自带兵在后面指挥。
右路清军先接触葛尔丹军队，并打了败仗。葛尔丹长驱直入，一支打到了离北京只有700里的乌兰布通。葛尔丹趾高气昂的派使者向清军要求交出他们的仇人，康熙帝全然不顾，命令福全反击葛尔丹。葛尔丹为阻挡清军的进攻，将兵力集中在大红山下，并将成千上万匹骆驼四脚捆绑躺在地上，背上再加上箱子，用湿毯子裹住，排成了一字骆驼阵。葛尔丹军队在箱垛中间射箭放枪，阻挡清军进攻。最后，清军集中火炮，对准骆城的一段猛烈炮击，很快被打开了一个缺口。清兵的步兵和骑兵从缺口当中一起冲杀，福全又派兵绕到葛尔丹军队的后面夹击，把葛尔丹的军队打得一败涂地，纷纷丢了营寨而逃跑。葛尔丹见形势不低，急忙派了一个喇嘛到清军营帐求和。清军将领福全不能做主，停止追击，向康熙请示。康熙认为这是敌人的缓兵之计，下令全军追击，别中了敌人的诡计。葛尔丹的缓兵之计也不奏效，最后带着残兵回到了漠北。
葛尔丹回到漠北，表面向清政府表示归顺，暗地里却招兵买马。公元1695年，噶尔丹率骑兵3万，向东掠位于克鲁伦河流域的喀尔喀蒙古车臣汗部，然后沿河而下。并扬言向沙俄借到了鸟枪兵6万，大举进攻漠南。公元1696年，康熙帝为了解除葛尔丹的威胁发兵10万，决定第二次亲征，此次大军分三路进攻。康熙帝的中路军率先得到情报，沙俄将要派兵帮助葛尔丹，当时其他两路军还没有到达。清军在当时有些害怕，有人还建议康熙帝撤退。康熙帝当时就大怒，气愤的说：“这次出征连叛军都没有见到，怎么向天下人交代。再说，中路军一退，叛军全力对付西路，西路不是危险了吗？”所以，康熙帝决定继续前进，三路大军约期于克鲁伦河一带歼灭准噶尔军。康熙所率领的中路军先抵克鲁伦河，逼近准噶尔军。噶尔丹遥望清军大营，见康熙帝皇旗飘扬，军容整齐，于是连夜撤退。康熙帝命令费扬古半路设伏，按照规划好的路线，葛尔丹带兵奔走五天五夜到达费扬古的埋伏圈。费扬古先派先锋400人诱敌深入，边战边退，葛尔丹的军队果然到达伏击圈。清军出其不意，伏击了葛尔丹的军队，两军结果厮杀，葛尔丹的军队死伤一片，葛尔丹只带了几十名骑兵逃脱。
由于，葛尔丹与清军两次较量都吃了败仗，集团内部土崩瓦解，出现内讧。时隔一年，康熙帝要葛尔丹投降。而葛尔丹并没有投降的意思，还是负隅顽抗。于是，康熙帝再次带兵度过黄河亲征。在康熙第三次亲征的时候，葛尔丹原来的根据地伊犁已经被他侄儿占领，他的左右亲信听说康熙亲征，也纷纷投降，愿意做清军的向导。葛尔丹走投无路，最后服毒自杀。三次亲征，以清朝胜利告终，且清政府又重新控制了阿尔泰山以东的蒙古。不过从双方的兵力来看，清军要多于葛尔丹大约3倍，且葛尔丹战斗力不弱，开始互有胜负。如果，不是康熙亲自指挥战斗，鼓舞士气，清军肯定会一败涂地。应该是康熙知道，葛尔丹的实力太强，都快打到到北京了，由于对清军不放心清军，所以亲自出马。且三次亲征，足见康熙真的是陪上了身家性命。如果，不是康熙亲征，历史不知道要怎么改写都不知道。