建興四年（公元 316 年）十一月，立國五十一年的西晉王朝宣告滅亡。次年三月，在南下的中
原士族與南方士族共同的擁立下，琅邪王司馬睿在建康重建晉朝政權，史稱東晉。
大興元年，（公元318年）三月，愍帝被害的消息傳至建康，司馬睿正式稱帝。此時的北方地區已經徹底淪為遊牧部落與地方軍閥的地盤。東晉王朝的建立，作為漢族的一面政治旗幟，象征着所謂"正朔相承"，給江南地區經濟文化的發展提供一個相對安定的社會環境。
但是，東晉建立後，推行的一系列政策并沒有起到所謂的休養生息，準備反攻的效果。實際上，東晉執行的依然是導緻西晉末年人民反抗的士族門閥統治。王導等人提出的
"謙以接士，儉以足用，以清靜為政，撫綏新舊"
的方針，僅能勉強維持偏安局面而已。正因如此，東晉一代始終沒有出現過煥然中興的新氣象。而錯綜複雜的社會沖突—階級沖突與統治階級内部沖突，則成了籠罩在東晉王朝的複雜多變的政治風雲。
東晉是士族地主階級壟斷政權，把持仕途，實行門閥專政的時期，門閥制度發展到了頂峰。西晉時還沒有出現某幾家士族獨掌政權的局面，少數寒門出身的人物也可以通過種種途徑跻入高官顯宦之列。到了東晉，地盤小了，門閥政治反而卻更加極端。史載
"高門華閥，有世及之榮；庶姓寒人，無寸進之路。"
最為關鍵地是，東晉依舊實行"八議"制度。所謂"八議"，系指"議親"、"議故"、"議賢"、"議能"、"議功"、"議貴"、"議勳"、"議賓"。以上八種人享有被酌情減刑或免刑的特權，如果犯了死罪，要報請皇帝親自裁決。曆朝曆代，貴族肯定是有特權的，但是直接在法律上規定貴族有特權的王朝還沒幾個。
這些僅僅隻是門閥政治的一點縮影，總之，東晉的整體方針就是圍繞士族而制定的。在這樣的壓迫下，農民起義基本上是必定發生的。如範甯說∶
"人不堪命，叛為盜賊，是以山湖日積"
，王羲之也指出，
"山海間，民逃亡殊異，永嘉乃以五百戶去，深可憂，深可憂
!
"。
隆安三年（公元399年）十月，司馬元顯以東晉朝廷的名義頒布征兵令，征發東土諸郡原是奴隸被放免的佃客當兵，美其名曰"樂屬"。征兵令下達後，"東土嚣然，人不堪命，天下苦之矣"。該事件立即成為大規模農民起義的導火線。
在此之前，東晉的農民群衆早已對東晉王朝的反動統治深懷不滿，先後爆發過一系列小規模的農民起義。當司馬元顯強征的指令下達後，被逼得走投無路的佃客、編戶農民以及奴隸們怒不可遏，準備起義。孫恩抓住了"民心騷動"的有利時機，于隆安三年（公元399年）十月，率百餘人攻上虞（今浙江上虞），向山陰進發。途中，農民群衆紛紛前來投奔，迅即"有衆數萬"。會稽内史王凝之是一個虔誠的五鬥米道信徒，既不出兵阻擊，也不分兵防禦，而是"日于道室稽颡跪咒"。
十一月初二日，孫恩率衆攻陷山陰。王凝之逃跑，被起義軍抓到斬首。孫恩受到當地群衆的熱烈歡迎和衷心擁護，"會稽大小莫不翼戴"。
孫恩率衆
登陸成功
，連克二城，東南諸郡立即爆發了起來。史載
"會稽謝緘、吳郡陸琅，吳興丘旭、義興許允之、臨海周胃、永嘉張永及東陽、新安等凡八郡，一時俱起，殺長吏以應之，旬日之中，衆數十萬。"
各地起義農民絡繹不絕地向會稽集中，山陰成為浙東諸郡農民起義的中心。孫恩發動起義有功，衆望所歸，成為東土諸郡農民起義的領袖。他自稱"征東将軍"，稱起義軍戰士為"長生人"。
吳興太守謝邈、永嘉太守謝逸、嘉興公顔胤、南康公謝明慧、黃門郎謝沖（邈沖為第一流大士族官僚謝安之侄）及張琨、中書郎孔道、太子洗馬孔福、烏程令夏侯情等，均被起義軍鎮壓。位高勢重的僑姓大族受到的打擊最為沉重，有的"合門遇禍，資産無遺"。被鎮壓的官僚和地主分子中，有不少是五鬥米道的信徒，起義軍并沒有因為宗教信仰而混淆階級陣線，這正說明東土諸郡武裝起義的基本性質是農民階級反對封建統治階級的階級大搏鬥。
農民起義軍攻勢淩厲，守衛郡縣的東晉政府軍不堪一擊。平
日騎
在群衆頭上作威作福的地方官僚如吳國内史桓謙、臨海太守新蔡王崇、義興太守魏隐（又作儒）等驚慌棄郡，狼狽逃竄。起義軍迅速控制了東土諸郡的大部分地區，署置官屬，建立起臨時性的政權機構，如任命許允之為義興太守、陸壤為吳郡太守、丘框為吳興太守、沈穆夫為餘姚令等等。首都建康附近的農民群衆積極響應起義，"畿内諸縣，處處蜂起"。連建康城中，也潛伏着孫恩派去的起義戰士，他們在城中刺探消息，觀察動向，為起義軍進軍建康作準備。
東晉中央政權能夠直接指揮的兵力很單薄，"樂屬"新軍的組建又已流産，要撲滅燃遍浙東諸郡、危及東晉統治的革命烈火，隻能依靠北府兵。 當時北府兵實際上堂握在輔國将軍劉牢之的手中。
北府兵是一支訓練有素、能征慣戰的勁旅，與郡縣兵不同。可是起義軍在控制八郡後，義軍首領孫恩卻由勝而驕，不能正确估計敵我形勢，以為勝利在握，因而麻痹輕敵。在這種思想指導下，孫恩根本不作軍事上繼續進攻的部署，這就使素有戰鬥經驗的北府兵有機可乘，進而使浙東諸郡戰場的軍事形勢很快便發生了明顯的變化。
隆安三年（公元399年）十二月，謝琰率軍攻陷義興。殺害孫恩所署義興太守許允之。接着又打敗起義軍丘炳部，占領吳興，屯兵烏程。劉牢之率軍東讨至吳郡，東晉朝廷進封他為前将軍，都督吳郡諸軍事。謝琰派部将高素帶領一支部隊，配合劉牢之作戰。劉、高聯軍渡浙江（今富春江），陷會稽，起義軍委派的吳郡太守陸璃、吳興太守丘旭，餘姚令沈穆夫等均遭慘殺。
起義軍連遭打擊，被迫向海島撤退。在撤退途中，他們有意把許多珍寶丢棄在路旁，進而使起義軍赢得了安全退卻的時間。
孫恩退入海島後，劉牢之還鎮京口，東晉朝廷任命謝琰為會稽内史，都督會稽、臨海、東陽、永嘉、新安等五郡諸軍事。打了勝仗的謝琰十分驕橫，認為起義軍已經徹底無法反抗。是以，謝琰對軍事準備一點措施都沒有。
然而，謝琰錯誤地估計了形勢。農民起義軍雖然暫時失利，但部隊主力并未受到損失。經過短時間的休整，于隆安四年（公元400年）四月，從浃口（今浙江鎮海南甬江入海處）迅速登陸，突入餘姚，疾趨上虞，兵鋒直逼邢浦（今浙江紹興北）。這是一次試探性的進攻，當義軍遭到劉宣之部阻截後，旋即退回海島。幾天後，又重新組織進攻，在邢浦附近，擊潰上黨太守張虔碩部，乘勝銳進。
五月三十日，在山陰附近，謝琰親自統帥主力部隊與起義軍展開決戰。當時東晉軍士卒還沒有吃早飯，而山陰附近河湖密布。謝琰的部隊隻能排成單行，魚貫而前。起義軍則分列在艦中"傍射之"。東晉士兵既不能隐蔽，又無法還擊，一個個應弦而倒，最後潰不成軍。謝琰帳下的都督張猛見此便欲降起義軍，趁機殺死謝琰與其二子（謝肇、謝峻）。琰前鋒廣武将軍桓寶，也被起義軍殺死。起義軍收複山陰。
謝琰被殺的消息傳到建康，東晉朝廷異常驚恐，派冠軍将軍桓不才、輔國将軍孫無終，甯朔将軍高雅之等率軍增援浙東前線。起義軍在餘姚重創高雅之部，殲滅敵軍大部。由于軍情緊急，司馬元顯不得不重用劉牢之，讓他都督浙東五郡諸軍事，全權指揮浙東戰場的各支政府軍。
隆安四年十一月，劉牢之"率衆東征，屯上虞，分軍戍諸縣"，重新進行軍事部署，加強各地防務。孫恩為了儲存有生力量，指揮起義軍退守浃口，以便進可攻，退可撤回海島。
隆安五年（公元401年）二月，起義軍複出浃口，頻攻句章（今浙江甯波市南）。義軍圍城數十日，仍不能攻克，又退回浃口。三月，起義軍北攻海鹽（今浙江海鹽縣），劉裕在海鹽築城死守，雙方展開了激烈的争奪戰。開始，起義軍失利，将領姚盛戰死。起義軍前仆後繼，英勇奮戰，劉裕也不得不稱贊起義軍說∶"賊兵甚精"。最後劉裕遭到慘敗，"所領死傷且盡"，但起義軍未能攻克海鹽，于是轉而進兵滬渎（今上海青浦）。五月，起義軍攻下滬渎壘，殺死吳國内史袁山松，政府軍死亡四千餘人。為了擺脫政府軍的主力，起義軍決定進行戰略大轉移，利用水上優勢，以十萬之衆分乘樓船千艘，乘風破浪而上，旌旗直指京口。
京口是屏障建康的門戶，如果京口失守，建康就危在旦夕。是以，東晉朝廷再次宣布戒嚴，并召豫州刺史司馬尚之領兵入援京師。六月一日，孫恩率領艦隊至丹徒，引起"京邑震動"。這時司馬尚之的部隊還在途中，劉牢之隔在山陰，隻有劉裕帶領一支北府兵沿海拒之。
雖然劉裕率軍倍道兼行，幾乎與起義軍同時到達蒜山（今江蘇丹徒西），但是所帶兵力不多。起義軍方面則擁有十萬之衆，士氣高昂，明顯地占據優勢。
起義軍搶先攻占蒜山，甩開劉裕部，乘船徑向建康進發。但是由于樓艦高大，逆風而行，速度十分緩慢。當抵達自石（今江蘇南京市北）時，奉诏入援的司馬尚之已經先行趕到，同時劉牢之也率軍向建康進發，孫恩的計劃無法實作。
根據新的形勢，起義軍分為兩部行動，主力部隊由孫恩統帥，回至郁州（今連雲港市，當時為海島）；一支偏師由盧循率領，進攻廣陵（今江蘇揚州）。盧循部殲滅東晉軍三千餘人，退據郁州，與孫恩會師。劉裕與劉敬宣率軍緊追不舍，八月也趕到郁州。東晉王朝在沿海嚴密布防，使起義軍無法靠岸。
由于長時間航行在風急浪惡的大海上，數萬名戰士得不到休整，給養也難以補充，戰鬥力大為削弱。在郁州的遭遇戰中，起義軍遭受嚴重損失。孫恩率衆浮海南下，劉裕督師尾随。起義軍十一月在滬渎、海鹽試圖登陸，都沒有成功，連續被劉裕部擊敗，損失兵力萬餘人，加上疾疫，起義軍不得不從涞口遠進海中。
元興元年（公元402年）三月，孫恩率起義軍直趨臨海。由于起義軍在上次大規模的軍事行動中元氣大傷，因而不僅未能攻占臨海，反而被臨海太守辛景擊潰。起義軍連遭重創，陷入瀕臨覆滅的絕境。孫恩不願被政府 軍俘虜，于臨海投海自殺，與孫恩一起殉難的戰士有數百人之多。孫恩起義遭到東晉政府的血腥鎮壓，數十萬起義軍戰士，由于"戰死及自溺"或"流離被傳賣"，最後，"裁數千人存"。