拓跋焘雖然攻滅了北涼，沮渠牧犍也成為了俘虜，但涼州并沒有是以徹底安定消停。
太延五年（公元439年，劉宋元嘉十六年）十月癸亥日，北涼還沒滅亡多久，涼州這邊就立馬鬧出了幺蛾子。北魏張掖王秃發保周，據守張掖叛變。
秃發保周也是南涼末代君主秃發傉檀之子，南涼滅亡後，秃發保周與弟弟秃發破羌及親族等多人先逃到北涼，然後逃到北魏，都被賜姓源。北魏滅亡北涼後，晉封秃發保周為張掖王，讓其駐守張掖，結果沒多久秃發保周就叛變了。但其弟源破羌并未參與，之後更是被賜名源賀。
南涼殘餘都能出來折騰，北涼餘孽當然也不甘落後。太延六年（公元440年，劉宋元嘉十七年）正月己酉日，逃亡到敦煌的前北涼沙州刺史，沮渠蒙遜之子，沮渠牧犍之弟，沮渠無諱開始進攻北魏占領的酒泉。駐守酒泉的北魏戈陽公元絜輕視沮渠無諱，直接出城與沮渠無諱對話。結果沮渠無諱生擒元絜，然後包圍了酒泉。
三月，酒泉城中糧盡，沮渠無諱于是攻克酒泉。四月庚辰日，沮渠無諱将進攻目标轉向張掖，秃發保周率軍屯駐在删丹。涼州亂成這個樣子終于驚動了拓跋焘。丙戌日，拓跋焘派撫軍大将軍、永昌王拓跋健率領各路兵馬，前往讨伐沮無渠無諱等人。
結果北魏大軍還沒到達，沮渠無諱就因不能攻克張掖，隻能選擇撤退，固守臨松。拓跋焘也下令不再舉兵進攻，隻是下诏命他投降歸順。沮渠無諱當然沒有理睬
六月丁醜日，拓跋焘因為皇孫拓跋浚誕生，下令大赦天下，改年号為太平真君。這個比較奇葩的年号來自道士寇謙之的《神書》，這書上有言“輔佐北方太平真君”，是以拓跋焘采用這個年号。
七月己醜日，拓跋健的軍隊在番禾擊敗了秃發保周。秃發保周逃走，拓跋健派安南将軍尉眷追擊。癸醜日，秃發保周走投無路之下選擇自殺，南涼殘餘勢力滅亡。
消滅秃發保周也震懾了沮渠無諱，八月甲申日，沮渠無諱派他的中尉梁偉前往拓跋健的營地，請求歸降，并歸還酒泉郡，釋放被俘的元絜等人。拓跋焘接受了沮渠無諱的請降，并指令尉眷留下，鎮守涼州。
太平真君二年（公元441年，劉宋元嘉十八年）正月癸卯日，拓跋焘任命沮渠無諱為征西大将軍、涼州牧、酒泉王。三月辛亥日，又封沮渠牧犍的侄子，沮渠萬年為張掖王。北涼宗室似乎得到了安撫。
結果這年四月，敦煌太守沮渠唐兒背叛了沮渠無諱，沮渠無諱留下他的堂弟沮渠天周鎮守酒泉，他親自與他的弟弟沮渠宜得率兵追擊沮渠唐兒，沮渠唐兒戰敗身死。但這次叛亂也讓北魏擔心沮渠無諱早晚也是是邊疆的隐患。于是庚辰日，拓跋焘派鎮南将軍奚眷進攻酒泉。
酒泉一直被包圍到這年十一月，長時間的圍困讓酒泉城中糧食吃盡，一萬多人餓死，守将沮渠天周甚至殺掉自己的妻子，分送戰士們充饑。但奚眷最終還是攻克了酒泉城，俘虜了沮渠天周，把他押送到平城斬首。
另一邊沮渠無諱的軍中也缺乏糧食，同時又害怕北魏的強大兵力，于是打算向西渡過沙漠，派他的弟弟沮渠安周向西進攻鄯善國。面對沮渠安周的軍隊，鄯善國王害怕的打算投降，正巧北魏的使臣趕到，勸他堅決防守。是以沮渠安周難以攻克，隻好撤退，固守已占據的東城。
太平真君三年（公元442年，劉宋元嘉十九年）四月，沮渠無諱率領一萬多家舍棄敦煌，向西去沮渠安周那裡與他會合。結果沮渠無諱還沒有到，鄯善王比龍就因為害怕，率領人馬逃到且末，他的嫡長子向沮渠安周投降。沮渠無諱于是占據了鄯善，但他的士卒在過沙漠地區時因幹渴而死亡的人超過了一半。
這時西涼的殘餘勢力也開始出來活躍，李暠之孫李寶的舅舅唐契從晉昌逃奔伊吾。七月，唐契攻打高昌太守阚爽，阚爽聽說沮渠無諱已到鄯善，于是派使節詐降沮渠無諱，表面上表示願與沮渠無諱共同攻打唐契，但實際是想讓沮渠無諱與唐契互相攻打，他自己好漁翁得利。
八月，沮渠無諱親自率軍從焉耆的東北部直撲高昌，前往援救。結果沮渠無諱快要到達時，柔然已派軍隊救援高昌，殺死唐契，唐契的部衆投靠沮渠無諱，但阚爽則緊閉城門拒絕會見沮渠無諱。
這自然激怒了沮渠無諱，九月，沮渠無諱派将領衛興奴夜襲高昌，血洗全城，阚爽投奔柔然。沮渠無諱占據高昌。沮渠無諱忙派常侍隽帶着奏表到了建康。劉宋文帝下诏任命沮渠無諱為都督涼、河、沙三州諸軍事、征西大将軍、涼州刺史和河西王，高昌北涼政權建立。
同年十二月，李寶派他的弟弟李懷達、兒子李承帶着奏表到達平城。北魏任命李寶為都督西垂諸軍事、鎮西大将軍、開府儀同三司、沙州牧和敦煌公。四品以下官員均由他秉承皇帝旨意全權委派。
同時拓跋焘讓尚書李順評定文武百官的等級，并據此來進行封賞賜爵，但李順接受賄賂，所定等級極不公平。結果涼州人徐桀告發了他，認為李順是在公開欺君誤國，新仇舊恨一起算，拓跋焘于是指令李順自殺。李順和北涼淵源頗深，他的死也意味着一個時代的結束。#魏晉南北朝##曆史#