正在海上航行的邦克山号。攝于1945年。
5月11日上午，美軍艦隊繼續執勤。上午10時，邦克山号正預備收回巡邏戰機，而飛行甲闆則泊滿待命飛機。
1944年6月19日，菲律賓海海戰期間，邦克山号被日軍轟炸機攻擊，炸彈僅僅在艦側爆炸。
10時2分，三架零式自殺戰機突然從低雲飛出，邦克山号即時開火，但為時已晚。第一架零式在邦克山号右舷以低角度俯沖，并投下一枚250公斤穿甲彈。穿甲彈貫穿了後部升降台，再穿透飛行甲闆的下層甲闆及機庫甲闆，最後在艦體左舷穿出，于艦體外近距爆炸；而零式則緊随其後，先撞上後部升降台附近的飛行甲闆，然後撞毀沿途所有飛機，最後滑出跑道堕海。
1945年2月10日，第五艦隊魚貫離開烏利西，前往空襲日本。這是美國海軍繼空襲東京後首次進攻日本本土。相片可見邦克山号的前部甲闆泊滿飛機；而前方為第三分隊的輕型航母科本斯号，及旗艦埃塞克斯号。六日後第三分隊的飛機将率先進攻東京灣。
僅在數十秒後，第二架零式飛抵邦克山号正上方，開始以70度高角俯沖，直指艦島的根基。邦克山号與護航母的防空炮雖多次擊中零式，但零式仍成功繼續俯沖，并先投下一枚250公斤半穿甲彈。炸彈擊中左舷升降台的内緣（靠近甲闆中軸線），炸開一個50呎大洞，更将飛行甲闆的下層甲闆掀起；炸彈及其他碎片則在艦島橫飛；零式緊接撞入艦島附近的飛行甲闆，部分機體貫穿艦島地層的飛行員預備室，然後爆炸起火。
1945年5月11日，邦克山号先後被兩架自殺飛機擊中，引發大火，艦上官兵慌忙走避。沖繩作戰期間，美軍艦隊已提高警戒，但仍有漏網之魚。日軍自殺飛機非常善于利用雲層及陽光掩護，避過美軍雷達及瞭望，使美軍往往要到攻擊前一刻，才驚覺大難臨頭。
其時米切爾與阿利·伯克準将（Arleigh Burke）在艦島一樓艦橋後的控制室内，離第二架零式的攻擊點不足20呎。[94] 由于停泊的飛機載滿燃油，爆炸瞬即在飛行甲闆及機庫引發大火；右舷部分防空炮座及彈藥，在首架零式攻擊後爆炸；雷達全部失效；飛行員預備室的飛行員在撞擊後幾乎全部陣亡；艦島對外的所有無線電通訊中斷，要以口傳方式傳達消息，以使下層甲闆一度誤傳邦克山号正在沉沒。
1945年5月11日，邦克山号被自殺飛機擊中，機庫大火，冒出滾滾濃煙；部分傷員正以纜繩轉移到威爾克斯-巴裡号輕巡洋艦。機庫旁可見損毀的高炮炮座，但與日軍攻擊無關，而是被威爾克斯-巴裡号刻意撞毀，以拯救被困炮手。由于右舷炮座為額外加建，不見于艦體原設計，故此當機庫大火時，炮手便無路可逃。
艦上水兵忙放救火之際，第三架零式在10時27分攻擊邦克山号，直指艦橋控制室，但及時被防空炮擊落，機體飛越甲闆堕海。随同的美軍軍艦在攻擊不久，便從旁協助；威爾克斯-巴裡号更冒險撞向邦克山号的右舷炮座，使被困炮手可直接逃生到巡洋艦甲闆；另外四艘驅逐艦則從旁救人救火。
二次大戰後，不少埃塞克斯級成為多餘軍艦，成為所謂的封存艦隊（Mothball Fleet）。由前景數起為埃塞克斯号、提康德羅加号、約克城号、列克星敦号、邦克山号及好人理查德号。北韓戰争期間，大部分的埃塞克斯級均重返現役，隻有邦克山号與富蘭克林号繼續封存。攝于1948年4月23日布雷默頓普吉灣。
大火在下午開始受控，而米切爾在下午4時30分将旗艦轉至企業号。攻擊最終令艦上353人死亡，43人失蹤，264人受傷。5月12日，邦克山号前往烏利西，于14日抵達，并預備返國。17日邦克山号離港，于25日抵達珍珠港，最終30日返抵布雷默頓維修。當8月15日日本投降時，邦克山号仍在船廠修理。