正在海上航行的邦克山号。摄于1945年。
5月11日上午，美军舰队继续执勤。上午10时，邦克山号正预备收回巡逻战机，而飞行甲板则泊满待命飞机。
1944年6月19日，菲律宾海海战期间，邦克山号被日军轰炸机攻击，炸弹仅仅在舰侧爆炸。
10时2分，三架零式自杀战机突然从低云飞出，邦克山号即时开火，但为时已晚。第一架零式在邦克山号右舷以低角度俯冲，并投下一枚250公斤穿甲弹。穿甲弹贯穿了后部升降台，再穿透飞行甲板的下层甲板及机库甲板，最后在舰体左舷穿出，于舰体外近距爆炸；而零式则紧随其后，先撞上后部升降台附近的飞行甲板，然后撞毁沿途所有飞机，最后滑出跑道堕海。
1945年2月10日，第五舰队鱼贯离开乌利西，前往空袭日本。这是美国海军继空袭东京后首次进攻日本本土。相片可见邦克山号的前部甲板泊满飞机；而前方为第三分队的轻型航母科本斯号，及旗舰埃塞克斯号。六日后第三分队的飞机将率先进攻东京湾。
仅在数十秒后，第二架零式飞抵邦克山号正上方，开始以70度高角俯冲，直指舰岛的根基。邦克山号与护航母的防空炮虽多次击中零式，但零式仍成功继续俯冲，并先投下一枚250公斤半穿甲弹。炸弹击中左舷升降台的内缘（靠近甲板中轴线），炸开一个50呎大洞，更将飞行甲板的下层甲板掀起；炸弹及其他碎片则在舰岛横飞；零式紧接撞入舰岛附近的飞行甲板，部分机体贯穿舰岛地层的飞行员预备室，然后爆炸起火。
1945年5月11日，邦克山号先后被两架自杀飞机击中，引发大火，舰上官兵慌忙走避。冲绳作战期间，美军舰队已提高警戒，但仍有漏网之鱼。日军自杀飞机非常善于利用云层及阳光掩护，避过美军雷达及瞭望，使美军往往要到攻击前一刻，才惊觉大难临头。
其时米切尔与阿利·伯克准将（Arleigh Burke）在舰岛一楼舰桥后的控制室内，离第二架零式的攻击点不足20呎。[94] 由于停泊的飞机载满燃油，爆炸瞬即在飞行甲板及机库引发大火；右舷部分防空炮座及弹药，在首架零式攻击后爆炸；雷达全部失效；飞行员预备室的飞行员在撞击后几乎全部阵亡；舰岛对外的所有无线电通讯中断，要以口传方式传达消息，以使下层甲板一度误传邦克山号正在沉没。
1945年5月11日，邦克山号被自杀飞机击中，机库大火，冒出滚滚浓烟；部分伤员正以缆绳转移到威尔克斯-巴里号轻巡洋舰。机库旁可见损毁的高炮炮座，但与日军攻击无关，而是被威尔克斯-巴里号刻意撞毁，以拯救被困炮手。由于右舷炮座为额外加建，不见于舰体原设计，故此当机库大火时，炮手便无路可逃。
舰上水兵忙放救火之际，第三架零式在10时27分攻击邦克山号，直指舰桥控制室，但及时被防空炮击落，机体飞越甲板堕海。随同的美军军舰在攻击不久，便从旁协助；威尔克斯-巴里号更冒险撞向邦克山号的右舷炮座，使被困炮手可直接逃生到巡洋舰甲板；另外四艘驱逐舰则从旁救人救火。
二次大战后，不少埃塞克斯级成为多余军舰，成为所谓的封存舰队（Mothball Fleet）。由前景数起为埃塞克斯号、提康德罗加号、约克城号、列克星敦号、邦克山号及好人理查德号。朝鲜战争期间，大部分的埃塞克斯级均重返现役，只有邦克山号与富兰克林号继续封存。摄于1948年4月23日布雷默顿普吉湾。
大火在下午开始受控，而米切尔在下午4时30分将旗舰转至企业号。攻击最终令舰上353人死亡，43人失踪，264人受伤。5月12日，邦克山号前往乌利西，于14日抵达，并预备返国。17日邦克山号离港，于25日抵达珍珠港，最终30日返抵布雷默顿维修。当8月15日日本投降时，邦克山号仍在船厂修理。