在喀喇汗王朝同于阗王國的宗教戰争中，由于高昌回鹘支援于阗，是以與喀喇汗王朝的關系逐漸惡化，喀喇汗王朝對信仰佛教的高昌回鹘人恨之入骨。馬合穆德．喀什噶裡在他的《突厥語詞典》中，就稱不信仰伊 斯 蘭教的高昌回鹘人是“最兇惡的敵人”。是以，喀喇汗王朝在滅亡于阗王國後不久，就發動了對高昌回鹘的“聖戰”。
對高昌回鹘的宗教戰争是喀喇汗王朝大汗阿赫馬德·托幹汗親自組織和發動的。他率軍從八拉沙衮出發，越過伊犁河，攻人吐魯番。高昌回鹘進行了頑強的反擊，打退了入侵之敵。
高昌故城遺址，位于今吐魯番
1017年，30萬高昌回鹘大軍跟蹤追擊到喀什噶爾，并一直挺進到距八拉沙衮僅八日路程的地方。正在患病的阿赫馬德·托幹汗不得不帶病組織人馬進行反擊，并戰勝了高昌回鹘的軍隊。
阿赫馬德·托幹汗又親自率軍追擊，再次攻人了吐魯番，同高昌回鹘展開了激烈的戰鬥。喀喇汗王朝的軍隊對高昌的回鹘人進行了殘酷的殺戮對佛教文化也大肆進行破壞。《突厥語詞典》中的一首詩歌對此作了這樣的描述：“我們如潮水而至，攻陷了大小城池，佛像廟宇全搗毀，給菩薩拉屎撤尿。
由于阿赫馬德·托幹汗病情加重和高昌回鹘的頑強反擊，喀喇汗王朝不得不撤軍罷戰。喀喇汗王朝對高昌回鹘的這次“聖戰”無果而終。此後，喀喇汗王朝陷入無休止的内部紛争，無暇再進行武力傳教。
阿赫馬德·托幹汗病逝後，汗位傳給了堂弟玉蘇普·卡迪爾汗。
公元1032年，玉蘇普·卡迪爾汗去世，因汗位之争汗國内部沖突加劇
公元1041年，喀喇汗王朝一分為二
以喀什噶爾為都城的東喀喇汗王朝 以撒馬爾罕為都城的西喀喇汗王朝
東、西喀喇汗王朝之間以及兩政權統治集團内部沖突重重，陷入了無休止的内争，無力再發動對外的伊 斯蘭聖戰。伊 斯 蘭教在新疆的第一次傳播高潮也就此結束。
此時，“東起哈密，北至伊犁河，西至阿克蘇的冰達闆，南接于阗”的高昌回鹘王國仍是盛行佛教。信仰伊斯蘭教的喀喇汗王朝與信仰佛教的高昌回鹘王國雙雄并立，揭開了新疆北部地區以佛教為主、南部地區以伊斯蘭教為主的多種宗教并存的格局。這一格局大約持續了600年。
1089年塞爾柱王朝攻下布哈拉，西部喀喇汗王朝從此在政治上成為塞爾柱王朝的附庸。
1124年，遼國滅亡，遼國貴族耶律大石帶領少量部衆逃亡至東喀喇汗汗庭請求避難，不料此時的汗朝自顧不暇，耶律大石遂聯合那3萬帳"異教遊牧部落"，駐紮葉密立，開始發展自己的勢力。
1134年，東部喀喇汗王朝大可汗伊蔔拉欣同葛邏祿首領和康裡首領不和，發生沖突，請求耶律大石出兵支援。耶律大石趁機發動政變，占領巴爾沙衮，作為自己的都城，把東部喀喇汗王朝降為附庸，從此東部喀喇汗王朝的轄地隻有喀什噶爾、阿克蘇與和田地區。
1137年西遼在和氈擊潰西部喀喇汗王朝的軍隊。1141年九月九日，塞爾柱王朝與西遼王朝在卡特萬草原上進行了曆史上著名的會戰。耶律大石以少勝多，塞爾柱王朝慘敗，結果退出了河中地區，西部喀喇汗王朝改換宗主，仍以附庸形式儲存下來。
耶律大石，作為新的中亞霸主登上曆史舞台
1211年，乃蠻王子屈出律取代西遼末帝直魯古的統治，東喀喇汗王朝滅亡。
1212年，河中人民不滿花剌子模王朝的盤剝，舉行起義，奧斯曼汗支援這一行動。摩诃末率軍鎮壓，攻破撒馬爾罕城，處死奧斯曼汗，西喀喇汗王朝滅亡。
喀喇汗王朝（公元840年~~公元1212年）曆時372年以這樣的一種方式結束了它的曆程
然而，曆史的車輪不斷前進，
一個新的強者即将登場
一個新的世代即将來臨
欲知後情，
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