在喀喇汗王朝同于阗王国的宗教战争中，由于高昌回鹘支持于阗，因此与喀喇汗王朝的关系逐渐恶化，喀喇汗王朝对信仰佛教的高昌回鹘人恨之入骨。马合穆德．喀什噶里在他的《突厥语词典》中，就称不信仰伊 斯 兰教的高昌回鹘人是“最凶恶的敌人”。所以，喀喇汗王朝在灭亡于阗王国后不久，就发动了对高昌回鹘的“圣战”。
对高昌回鹘的宗教战争是喀喇汗王朝大汗阿赫马德·托干汗亲自组织和发动的。他率军从八拉沙衮出发，越过伊犁河，攻人吐鲁番。高昌回鹘进行了顽强的反击，打退了入侵之敌。
高昌故城遗址，位于今吐鲁番
1017年，30万高昌回鹘大军跟踪追击到喀什噶尔，并一直挺进到距八拉沙衮仅八日路程的地方。正在患病的阿赫马德·托干汗不得不带病组织人马进行反击，并战胜了高昌回鹘的军队。
阿赫马德·托干汗又亲自率军追击，再次攻人了吐鲁番，同高昌回鹘展开了激烈的战斗。喀喇汗王朝的军队对高昌的回鹘人进行了残酷的杀戮对佛教文化也大肆进行破坏。《突厥语词典》中的一首诗歌对此作了这样的描述：“我们如潮水而至，攻陷了大小城池，佛像庙宇全捣毁，给菩萨拉屎撤尿。
由于阿赫马德·托干汗病情加重和高昌回鹘的顽强反击，喀喇汗王朝不得不撤军罢战。喀喇汗王朝对高昌回鹘的这次“圣战”无果而终。此后，喀喇汗王朝陷入无休止的内部纷争，无暇再进行武力传教。
阿赫马德·托干汗病逝后，汗位传给了堂弟玉苏普·卡迪尔汗。
公元1032年，玉苏普·卡迪尔汗去世，因汗位之争汗国内部矛盾加剧
公元1041年，喀喇汗王朝一分为二
以喀什噶尔为都城的东喀喇汗王朝 以撒马尔罕为都城的西喀喇汗王朝
东、西喀喇汗王朝之间以及两政权统治集团内部矛盾重重，陷入了无休止的内争，无力再发动对外的伊 斯兰圣战。伊 斯 兰教在新疆的第一次传播高潮也就此结束。
此时，“东起哈密，北至伊犁河，西至阿克苏的冰达板，南接于阗”的高昌回鹘王国仍是盛行佛教。信仰伊斯兰教的喀喇汗王朝与信仰佛教的高昌回鹘王国双雄并立，揭开了新疆北部地区以佛教为主、南部地区以伊斯兰教为主的多种宗教并存的格局。这一格局大约持续了600年。
1089年塞尔柱王朝攻下布哈拉，西部喀喇汗王朝从此在政治上成为塞尔柱王朝的附庸。
1124年，辽国灭亡，辽国贵族耶律大石带领少量部众逃亡至东喀喇汗汗庭请求避难，不料此时的汗朝自顾不暇，耶律大石遂联合那3万帐"异教游牧部落"，驻扎叶密立，开始发展自己的势力。
1134年，东部喀喇汗王朝大可汗伊卜拉欣同葛逻禄首领和康里首领不和，发生冲突，请求耶律大石出兵支援。耶律大石趁机发动政变，占领巴尔沙衮，作为自己的都城，把东部喀喇汗王朝降为附庸，从此东部喀喇汗王朝的辖地只有喀什噶尔、阿克苏与和田地区。
1137年西辽在和毡击溃西部喀喇汗王朝的军队。1141年九月九日，塞尔柱王朝与西辽王朝在卡特万草原上进行了历史上著名的会战。耶律大石以少胜多，塞尔柱王朝惨败，结果退出了河中地区，西部喀喇汗王朝改换宗主，仍以附庸形式保存下来。
耶律大石，作为新的中亚霸主登上历史舞台
1211年，乃蛮王子屈出律取代西辽末帝直鲁古的统治，东喀喇汗王朝灭亡。
1212年，河中人民不满花剌子模王朝的盘剥，举行起义，奥斯曼汗支持这一行动。摩诃末率军镇压，攻破撒马尔罕城，处死奥斯曼汗，西喀喇汗王朝灭亡。
喀喇汗王朝（公元840年~~公元1212年）历时372年以这样的一种方式结束了它的历程
然而，历史的车轮不断前进，
一个新的强者即将登场
一个新的世代即将来临
欲知后情，
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