1853年5月，洪秀全、楊秀清決定派遣軍隊北伐，于是将林鳳祥、李開芳從鎮江調回充任主帥，吉文員、朱錫琨協同作戰。太平軍突破“江北大營”揚州防線後進入安徽，總兵力2萬，這便是後世所說2萬大軍北伐之由來。2萬北伐，其人數之少為曆朝北伐之最，與祖逖北伐、桓溫北伐、劉裕北伐、嶽飛北伐、徐達北伐等動不動十幾萬、幾十萬大軍出動相比，實在少得可憐。但是，這兩萬人所取得之成績卻令人刮目相看，5月破揚州防線，6月克商丘，7月攻懷慶，9月入山西，過平陽、洪洞、黎城，期間擊敗直隸總督納爾經額，10月則連續拿下邢台、深州、滄州，前鋒抵達天津郊外，遙望北京。短短半年時間，2萬北伐軍橫行中原如入無人之境，兵鋒直逼京畿，僧格林沁、勝保等對其隻敢尾随，不敢迎頭截擊。北伐軍最終因補給不足而慘敗，但其戰鬥力不容置疑，屬一流。
1862年3月，曾國荃率吉字營從安慶東下，揭開了進攻天京之序幕。5月，湘軍攻占當塗、蕪湖、闆橋、秣陵關、大勝關、三汊河；月底，彭玉麟率水師進泊金陵護城河，吉字營則殺到天京城南雨花台，并紮下大營。與此同時，曾貞幹率軍進占蕪湖，鮑超攻占甯國，天京西面、西南面屏障全無。此時，湘軍兵馬不算特别多，曾國荃部兩萬左右，彭玉麟水師四千，曾貞幹部四千，鮑超部六千，而真正威脅天京安全的就是曾國荃吉字營及彭玉麟水師。但是，洪秀全家族沒有可用之人才，天京十餘萬兵馬硬是無法打退湘軍進攻，城外各要地接連失守，形勢萬分危急。為此，洪秀全決定讓李秀成放棄東征上海，一日三道聖旨，強迫他回師救援天京，保護天王安全。
李秀成起初不願意率兵回援天京，但經不住洪秀全催促，于是在蘇州召開軍事會議，部署救援天京任務。1862年10月，李秀成親率李世賢、楊輔清、黃文金、陳坤書、譚紹光、郜永寬等十三王，共三十萬大軍（号稱六十萬），從蘇州回援天京，下溧水、克溧陽、越秣陵關，直接殺向城南雨花台，連營數百，層層排列，槍立如林，與天京城内的太平軍把湘軍夾在中間。此時，李秀成援軍加上城内守軍共計四十餘萬；湘軍人數本就不多，加上江南瘟疫流行，能與太平軍開戰的估計兩萬，實在少得可憐。但是，結果卻令人大跌眼鏡，大戰四十四天後，李秀成依然無法突破湘軍防線，被迫停止進攻雨花台，無奈率軍繞城而走；李世賢則直接退往秣陵關、東壩，繼而回金華基地。雨花台之戰，以太平軍失敗而告終。
此次戰敗，許多人認為是缺少後勤補給所緻，太平軍缺少糧食，有沒準備冬天衣物，彈盡糧絕之際隻能撤兵。這自有一定道理，但四十幾萬大軍連續激戰44天卻不能搞定孤軍深入之兩萬病旅，這如何說得過去，太平軍後期戰鬥力着實令人堪憂，和十年前橫掃中原的2萬北伐軍沒得比。那麼，從兩萬橫掃中原到四十萬受挫雨花台，太平軍戰鬥力為何下滑那麼大？
其一、李秀成擴招天地會，軍隊素質低下，紀律敗壞，戰鬥力堪憂
雨花台之戰慘敗，直接原因就是這四十萬軍隊戰鬥力太差，人數衆多非但不是優勢反而是劣勢，是累贅，拖了後腿。1856年9月，“天京事變”爆發，兩萬餘精銳死于内鬥；1857年5月，石達開憤怒外出單幹，帶走10餘萬精兵和一批勇猛戰将，狠狠挖了太平天國的根。經此大變，太平天國元氣大傷，可用之精兵寥寥無幾。此時，清朝重組“江北大營”、“江南大營”，面對清軍之重圍，李秀成隻能擴招天地會、撚軍武裝，解決燃眉之急。後期則更狠，随意擴招，據當時鎮守常州的李秀成屬下護王陳坤書部殘存名冊統計，其超過3/4的官兵系1860年至1863年間入伍，其中打雜之人為數甚衆，包括開店、官伺、看館、看馬、買菜、種菜、打柴、挑水、煮食、成衣等。如此擴招軍隊，人數雖多，但紀律、素質以及戰鬥力則堪憂，殺敵不足，擾民有餘。
其二、長年内線作戰，太平軍來回奔波，沒有休整與訓練時間
俗話說：“戰争給士兵的經驗是誰都給不了的，包括統帥”，這話隻說對一半，并非完全正确。沒和平時期的艱苦訓練，士兵上戰場隻有一個結果，那就是死亡，而不是所謂的“經驗”。定都南京後，太平天國就從未能擺脫東西兩線作戰之被動局面，湘軍在西線、“江南大營”在東線，太平軍隻能來回奔波，顧此失彼，戰略處境很被動。“天京事變”後，太平天國不隻是兩線作戰這麼倒黴，更糟糕的還是内線作戰，在自己的地盤上處處迎戰清軍。為此，陳玉成、李秀成不得不常年東征西讨、南征北伐，來回奔波，太平軍根本就沒休整與訓練之時間，這與楊秀清時代之軍隊沒可比性。如此一來，本就成分複雜、紀律松散、戰鬥力低之太平軍，又沒能及時休整、訓練以及搞思想教育，能打赢才怪。時人記載：“未嘗習技射，未嘗分隊伍，未嘗知戰鬥，不甚耐戰。”
其三、太平軍指揮系統失靈，諸王地盤意識濃厚，不舍得拼命作戰
俗話說：“團結就是力量”，若能結一緻，同心同德，任何強大的敵人，任何困難的環境，都會向我們投降。太平軍後期戰鬥不行，但人數擺在那裡，數量碾壓湘軍，若是團結一緻，同心同德，應該可以爆發出強大戰鬥力，不至于出現幾十萬搞不定一兩萬之尴尬局面。那麼，太平軍後期能團結一緻嗎？答案是否定，因為楊秀清（集政權、軍權、教權于一身）死後太平軍統一指揮體系已失靈，再加上洪秀全“濫封”且是“實封”，在諸侯之間玩平衡術，讓其互相制約，已經沒人可以統一指揮全軍。如此一來，諸侯王地盤意識濃厚，隻顧自己那一畝三分地，除非是在自己地盤打，否則不會賣力，更不會拼命作戰。雨花台之戰，除了李秀成、李世賢兩兄弟搏命，其他援軍無不是稍遇挫折則停止戰鬥，坐視觀望。
其四、拜上帝教信仰崩潰，太平軍沒了靈魂，毫無戰鬥意志
當然，沒有信仰、沒有靈魂才是太平軍戰鬥力下滑之根本原因，這支軍隊已經沒了“軍魂”，淪為打家劫舍之“土匪”，與清朝八旗、綠營之作風沒啥差別。“天京事變”爆發，天父殺天兄，天父子民自相殘殺，享有“天父傳言”的四兒子楊秀清死于兄弟之手，拜上帝教信仰就此崩潰。此後，太平軍思想極度混亂，他們已經不知道為何而戰，當兵也許隻是為了混口飯吃，為了發家緻富，為了掠奪更多金銀财寶。将士也同樣如此，沒了靈魂，沒了為建立人人平等之“天國”而奮鬥之刻苦精神。李秀成經略蘇南時，興建豪宅，自稱：“除天王宮外，為太平天國中之最佳最美的建築物”；李鴻章評價其豪宅：“真如神仙窟宅”，“平生所未見之境”，不知是羨慕嫉妒恨，還是斥責。此外，李秀成帶頭還撈錢，“将現款一百五十萬元及無數之寶物盡入私囊”，徹底腐化了。