1853年5月，洪秀全、杨秀清决定派遣军队北伐，于是将林凤祥、李开芳从镇江调回充任主帅，吉文员、朱锡琨协同作战。太平军突破“江北大营”扬州防线后进入安徽，总兵力2万，这便是后世所说2万大军北伐之由来。2万北伐，其人数之少为历朝北伐之最，与祖逖北伐、桓温北伐、刘裕北伐、岳飞北伐、徐达北伐等动不动十几万、几十万大军出动相比，实在少得可怜。但是，这两万人所取得之成绩却令人刮目相看，5月破扬州防线，6月克商丘，7月攻怀庆，9月入山西，过平阳、洪洞、黎城，期间击败直隶总督纳尔经额，10月则连续拿下邢台、深州、沧州，前锋抵达天津郊外，遥望北京。短短半年时间，2万北伐军横行中原如入无人之境，兵锋直逼京畿，僧格林沁、胜保等对其只敢尾随，不敢迎头截击。北伐军最终因补给不足而惨败，但其战斗力不容置疑，属一流。
1862年3月，曾国荃率吉字营从安庆东下，揭开了进攻天京之序幕。5月，湘军攻占当涂、芜湖、板桥、秣陵关、大胜关、三汊河；月底，彭玉麟率水师进泊金陵护城河，吉字营则杀到天京城南雨花台，并扎下大营。与此同时，曾贞干率军进占芜湖，鲍超攻占宁国，天京西面、西南面屏障全无。此时，湘军兵马不算特别多，曾国荃部两万左右，彭玉麟水师四千，曾贞干部四千，鲍超部六千，而真正威胁天京安全的就是曾国荃吉字营及彭玉麟水师。但是，洪秀全家族没有可用之人才，天京十余万兵马硬是无法打退湘军进攻，城外各要地接连失守，形势万分危急。为此，洪秀全决定让李秀成放弃东征上海，一日三道圣旨，强迫他回师救援天京，保护天王安全。
李秀成起初不愿意率兵回援天京，但经不住洪秀全催促，于是在苏州召开军事会议，部署救援天京任务。1862年10月，李秀成亲率李世贤、杨辅清、黄文金、陈坤书、谭绍光、郜永宽等十三王，共三十万大军（号称六十万），从苏州回援天京，下溧水、克溧阳、越秣陵关，直接杀向城南雨花台，连营数百，层层排列，枪立如林，与天京城内的太平军把湘军夹在中间。此时，李秀成援军加上城内守军共计四十余万；湘军人数本就不多，加上江南瘟疫流行，能与太平军开战的估计两万，实在少得可怜。但是，结果却令人大跌眼镜，大战四十四天后，李秀成依然无法突破湘军防线，被迫停止进攻雨花台，无奈率军绕城而走；李世贤则直接退往秣陵关、东坝，继而回金华基地。雨花台之战，以太平军失败而告终。
此次战败，许多人认为是缺少后勤补给所致，太平军缺少粮食，有没准备冬天衣物，弹尽粮绝之际只能撤兵。这自有一定道理，但四十几万大军连续激战44天却不能搞定孤军深入之两万病旅，这如何说得过去，太平军后期战斗力着实令人堪忧，和十年前横扫中原的2万北伐军没得比。那么，从两万横扫中原到四十万受挫雨花台，太平军战斗力为何下滑那么大？
其一、李秀成扩招天地会，军队素质低下，纪律败坏，战斗力堪忧
雨花台之战惨败，直接原因就是这四十万军队战斗力太差，人数众多非但不是优势反而是劣势，是累赘，拖了后腿。1856年9月，“天京事变”爆发，两万余精锐死于内斗；1857年5月，石达开愤怒外出单干，带走10余万精兵和一批勇猛战将，狠狠挖了太平天国的根。经此大变，太平天国元气大伤，可用之精兵寥寥无几。此时，清朝重组“江北大营”、“江南大营”，面对清军之重围，李秀成只能扩招天地会、捻军武装，解决燃眉之急。后期则更狠，随意扩招，据当时镇守常州的李秀成属下护王陈坤书部残存名册统计，其超过3/4的官兵系1860年至1863年间入伍，其中打杂之人为数甚众，包括开店、官伺、看馆、看马、买菜、种菜、打柴、挑水、煮食、成衣等。如此扩招军队，人数虽多，但纪律、素质以及战斗力则堪忧，杀敌不足，扰民有余。
其二、长年内线作战，太平军来回奔波，没有休整与训练时间
俗话说：“战争给士兵的经验是谁都给不了的，包括统帅”，这话只说对一半，并非完全正确。没和平时期的艰苦训练，士兵上战场只有一个结果，那就是死亡，而不是所谓的“经验”。定都南京后，太平天国就从未能摆脱东西两线作战之被动局面，湘军在西线、“江南大营”在东线，太平军只能来回奔波，顾此失彼，战略处境很被动。“天京事变”后，太平天国不只是两线作战这么倒霉，更糟糕的还是内线作战，在自己的地盘上处处迎战清军。为此，陈玉成、李秀成不得不常年东征西讨、南征北伐，来回奔波，太平军根本就没休整与训练之时间，这与杨秀清时代之军队没可比性。如此一来，本就成分复杂、纪律松散、战斗力低之太平军，又没能及时休整、训练以及搞思想教育，能打赢才怪。时人记载：“未尝习技射，未尝分队伍，未尝知战斗，不甚耐战。”
其三、太平军指挥系统失灵，诸王地盘意识浓厚，不舍得拼命作战
俗话说：“团结就是力量”，若能结一致，同心同德，任何强大的敌人，任何困难的环境，都会向我们投降。太平军后期战斗不行，但人数摆在那里，数量碾压湘军，若是团结一致，同心同德，应该可以爆发出强大战斗力，不至于出现几十万搞不定一两万之尴尬局面。那么，太平军后期能团结一致吗？答案是否定，因为杨秀清（集政权、军权、教权于一身）死后太平军统一指挥体系已失灵，再加上洪秀全“滥封”且是“实封”，在诸侯之间玩平衡术，让其相互制约，已经没人可以统一指挥全军。如此一来，诸侯王地盘意识浓厚，只顾自己那一亩三分地，除非是在自己地盘打，否则不会卖力，更不会拼命作战。雨花台之战，除了李秀成、李世贤两兄弟搏命，其他援军无不是稍遇挫折则停止战斗，坐视观望。
其四、拜上帝教信仰崩溃，太平军没了灵魂，毫无战斗意志
当然，没有信仰、没有灵魂才是太平军战斗力下滑之根本原因，这支军队已经没了“军魂”，沦为打家劫舍之“土匪”，与清朝八旗、绿营之作风没啥区别。“天京事变”爆发，天父杀天兄，天父子民自相残杀，享有“天父传言”的四儿子杨秀清死于兄弟之手，拜上帝教信仰就此崩溃。此后，太平军思想极度混乱，他们已经不知道为何而战，当兵也许只是为了混口饭吃，为了发家致富，为了掠夺更多金银财宝。将士也同样如此，没了灵魂，没了为创建人人平等之“天国”而奋斗之刻苦精神。李秀成经略苏南时，兴建豪宅，自称：“除天王宫外，为太平天国中之最佳最美的建筑物”；李鸿章评价其豪宅：“真如神仙窟宅”，“平生所未见之境”，不知是羡慕嫉妒恨，还是斥责。此外，李秀成带头还捞钱，“将现款一百五十万元及无数之宝物尽入私囊”，彻底腐化了。