嘉靖朝因一場“大禮議之争”君臣相争多年。等到萬曆朝，君臣又因冊立太子而展開長達十五年的對立，太子被稱為“天下之本”，是以這場争鬥也被稱為“國本之争”！
神宗皇帝大婚後，一直沒有子嗣，從太後到大臣都非常着急。
偶然一天，神宗去探望母後，私下看中宮女王氏，便随機臨幸了她。不久王氏身懷有孕，誕下一位皇子，取名為朱常洛。
神宗于是進升王氏為恭妃。恭妃雖然生了個皇子，卻并未得寵，此時神宗寵上貌美如花的鄭貴妃，在萬曆十四年時，鄭貴妃也生下一子，取名為朱常洵，神宗看到愛妃生子，特别高興，傳旨舉朝同慶。
皇上如此偏心朱常洵，朝臣們開始慌亂起來，因為這有關“國本”大事，于是，以内閣首輔申時行為首上疏，懇請皇上依照“有嫡立嫡”的祖訓，冊封朱常洛為太子，但神宗喜歡的是鄭氏母子，便以長子年幼為名，百般推脫。
實際，明眼人都能看出，神宗是想立朱常洵為太子。
不久，神宗冊立鄭氏為皇貴妃，這下“一石激起千層浪”，臣工們又紛紛上疏，認為恭妃生的是皇長子，應在鄭貴妃之前立為貴妃，并立長子為皇太子。
神宗見疏大怒，斥責大臣胡亂“揣摩聖意”，懷疑自己廢長立幼，将上疏大臣都貶谪去了外地。
萬曆十八年（1590年），陝西按察使呂坤采輯史上賢婦烈女故事，寫了一本《閨範圖說》一書。
宦官陳矩出宮時見到這本書，便買了一本帶回宮内，不想鄭貴妃看到後，認為可以利用這部書擡高自己的身價，于是指使兄弟鄭國泰等人重新刻了一部新版《閨範圖說》，裡面增補十二人，從東漢明德皇後到鄭貴妃本人為終篇，鄭貴妃還親作了一篇序文。
這樣一來，很多人誤以為是呂坤曲意逢迎後宮，交結鄭貴妃，禍亂朝綱，便受到朝臣的攻擊。鄭貴妃坐鎮後宮，聞訊便向神宗哭訴，神宗一怒之下，将上疏大臣戴士衡等人斥責一番，鄭貴妃、呂坤等人這才長舒口氣。
事情沒過多久，京城忽然又流傳一篇《閨範圖說》的跋文，名字叫《憂危竑議》，作者自稱“燕山朱東吉”，文中采用一問一答的形式，專門議論曆代廢長立幼事件，以此影射“國本”問題，矛頭直指鄭貴妃，說她刻書的目的就是為了“奪嫡”！在替自己兒子上位做宣傳，文中還列出一連串參與寫書的名字。
此文（妖書）一出，朝野上下又鬧得沸沸揚揚，不明真相者紛紛指責呂坤用心不良，呂坤由此憂病不堪，隻好辭職回鄉。
鄭貴妃見事态鬧大，不斷在神宗面前委屈哭訴，神宗大發雷霆，把名單上的人該罷職罷職，便貶谪貶谪，都進行了嚴厲的懲罰。後為了平息輿論，神宗親下谕旨，說《閨範圖說》一書是自己賜給鄭貴妃的，目的讓她朝夕閱覽，頌其婦德，同時把懷疑對象戴士衡等人嚴刑拷打，貶谪去了邊疆。
該案過後，後宮果然平靜了數年，國本之争也有所緩和。等到萬曆二十九年時，神宗已經四十歲了，立太子一事再也無法拖延，大臣們于是又前仆後繼地紛紛上疏，請立朱常洛為皇太子。
神宗本打算拖到皇後一死，便立鄭貴妃為後，如此一來，朱常洵便名正言順的成為嫡子，可天不遂人願，神宗皇後偏偏身體越發康健，而且對王氏的皇子朱常洛十分愛護。
此事後來惹得皇太後也不高興，将神宗狠狠斥責一番，神宗倍感疲倦和絕望，于是在這一年為朱常洛舉行了冊立太子儀式，同時加封朱常洵為福王。
誰能想到，等太子冊立兩年後，京都再次流出一本托名為“鄭福成”寫的小冊子《續憂危竑議》，瞬間流傳宮門街巷，該書仍以問答方式，說皇上立太子實在迫不得已，鄭貴妃正聯絡一些大臣意欲廢掉太子，改立親生。
神宗聞訊震怒，命錦衣衛嚴查源頭，朝野頃刻掀起一場濫捕之風，有私怨者便互相指摘對方是妖書作者，以至很快诏獄人滿為患，京城人人自危，神宗不明就裡，終日焦頭爛額，也不上朝，便以酒色麻醉自己。
更糟糕的是，不久連内閣也開始互相攻擊，大學士沈一貫親近鄭貴妃，便告發次輔沈鯉勾結門人郭正誠反對朝廷，以達到大權獨攬的目的。
郭正誠是太子朱常洛的侍講，神宗不問青紅皂白，下令嚴審郭正誠，多虧太子插手警告錦衣衛頭目，郭正誠才免遭毒手。最後隻将一個污蔑兄長的皦生光拉來做了替死鬼，被神宗下令淩遲處死了事。
一場“妖書案”攪動朝野多年，釀成無數慘案，那麼究竟是何人所為呢？有人說此書出自清流郭正誠之手，意在颠覆沈一貫，還有人說是鄭貴妃自導自演的一出戲，總之妖書作者最終成謎，但《續憂危竑議》案發後，朝廷牽連極廣，實在慘不忍睹。