嘉靖朝因一场“大礼议之争”君臣相争多年。等到万历朝，君臣又因册立太子而展开长达十五年的对立，太子被称为“天下之本”，所以这场争斗也被称为“国本之争”！
神宗皇帝大婚后，一直没有子嗣，从太后到大臣都非常着急。
偶然一天，神宗去探望母后，私下看中宫女王氏，便随机临幸了她。不久王氏身怀有孕，诞下一位皇子，取名为朱常洛。
神宗于是进升王氏为恭妃。恭妃虽然生了个皇子，却并未得宠，此时神宗宠上貌美如花的郑贵妃，在万历十四年时，郑贵妃也生下一子，取名为朱常洵，神宗看到爱妃生子，特别高兴，传旨举朝同庆。
皇上如此偏心朱常洵，朝臣们开始慌乱起来，因为这有关“国本”大事，于是，以内阁首辅申时行为首上疏，恳请皇上依照“有嫡立嫡”的祖训，册封朱常洛为太子，但神宗喜欢的是郑氏母子，便以长子年幼为名，百般推脱。
实际，明眼人都能看出，神宗是想立朱常洵为太子。
不久，神宗册立郑氏为皇贵妃，这下“一石激起千层浪”，臣工们又纷纷上疏，认为恭妃生的是皇长子，应在郑贵妃之前立为贵妃，并立长子为皇太子。
神宗见疏大怒，斥责大臣胡乱“揣摩圣意”，怀疑自己废长立幼，将上疏大臣都贬谪去了外地。
万历十八年（1590年），陕西按察使吕坤采辑史上贤妇烈女故事，写了一本《闺范图说》一书。
宦官陈矩出宫时见到这本书，便买了一本带回宫内，不想郑贵妃看到后，认为可以利用这部书抬高自己的身价，于是指使兄弟郑国泰等人重新刻了一部新版《闺范图说》，里面增补十二人，从东汉明德皇后到郑贵妃本人为终篇，郑贵妃还亲作了一篇序文。
这样一来，很多人误以为是吕坤曲意逢迎后宫，交结郑贵妃，祸乱朝纲，便受到朝臣的攻击。郑贵妃坐镇后宫，闻讯便向神宗哭诉，神宗一怒之下，将上疏大臣戴士衡等人斥责一番，郑贵妃、吕坤等人这才长舒口气。
事情没过多久，京城忽然又流传一篇《闺范图说》的跋文，名字叫《忧危竑议》，作者自称“燕山朱东吉”，文中采用一问一答的形式，专门议论历代废长立幼事件，以此影射“国本”问题，矛头直指郑贵妃，说她刻书的目的就是为了“夺嫡”！在替自己儿子上位做宣传，文中还列出一连串参与写书的名字。
此文（妖书）一出，朝野上下又闹得沸沸扬扬，不明真相者纷纷指责吕坤用心不良，吕坤由此忧病不堪，只好辞职回乡。
郑贵妃见事态闹大，不断在神宗面前委屈哭诉，神宗大发雷霆，把名单上的人该罢职罢职，便贬谪贬谪，都进行了严厉的惩罚。后为了平息舆论，神宗亲下谕旨，说《闺范图说》一书是自己赐给郑贵妃的，目的让她朝夕阅览，颂其妇德，同时把怀疑对象戴士衡等人严刑拷打，贬谪去了边疆。
该案过后，后宫果然平静了数年，国本之争也有所缓和。等到万历二十九年时，神宗已经四十岁了，立太子一事再也无法拖延，大臣们于是又前仆后继地纷纷上疏，请立朱常洛为皇太子。
神宗本打算拖到皇后一死，便立郑贵妃为后，如此一来，朱常洵便名正言顺的成为嫡子，可天不遂人愿，神宗皇后偏偏身体越发康健，而且对王氏的皇子朱常洛十分爱护。
此事后来惹得皇太后也不高兴，将神宗狠狠斥责一番，神宗倍感疲倦和绝望，于是在这一年为朱常洛举行了册立太子仪式，同时加封朱常洵为福王。
谁能想到，等太子册立两年后，京都再次流出一本托名为“郑福成”写的小册子《续忧危竑议》，瞬间流传宫门街巷，该书仍以问答方式，说皇上立太子实在迫不得已，郑贵妃正联络一些大臣意欲废掉太子，改立亲生。
神宗闻讯震怒，命锦衣卫严查源头，朝野顷刻掀起一场滥捕之风，有私怨者便互相指摘对方是妖书作者，以至很快诏狱人满为患，京城人人自危，神宗不明就里，终日焦头烂额，也不上朝，便以酒色麻醉自己。
更糟糕的是，不久连内阁也开始相互攻击，大学士沈一贯亲近郑贵妃，便告发次辅沈鲤勾结门人郭正诚反对朝廷，以达到大权独揽的目的。
郭正诚是太子朱常洛的侍讲，神宗不问青红皂白，下令严审郭正诚，多亏太子插手警告锦衣卫头目，郭正诚才免遭毒手。最后只将一个污蔑兄长的皦生光拉来做了替死鬼，被神宗下令凌迟处死了事。
一场“妖书案”搅动朝野多年，酿成无数惨案，那么究竟是何人所为呢？有人说此书出自清流郭正诚之手，意在颠覆沈一贯，还有人说是郑贵妃自导自演的一出戏，总之妖书作者最终成谜，但《续忧危竑议》案发后，朝廷牵连极广，实在惨不忍睹。