自公元前221年，秦始皇建立秦朝開始，封建君權經過近兩千年的逐漸發展，終于在清朝初年達到頂峰。封建君權的逐漸強大與中央集權的加強是密不可分、相輔相成的。清朝初年的統治者采取了一系列措施來加強中央集權，以至于封建君權終至頂峰。
（一）中央政權機構的變遷。
順治十五年（1658年）仿照明制，改内三院為内閣。設大學士滿、漢各2人，協辦大學士滿、漢各1人，學士滿6人、漢4人。内閣的職責一如明朝，例如“票拟”、起草政令、議政等，但由于它的一些重要事務分于後來所設的南書房和軍機處，是以實際權力比明代要小得多，隻是名義上的首腦機關。
康熙十六年（1677年），在内閣之外設南書房，簡選才品兼優的詞臣充任，令其拟進谕旨 ，實際上成為了皇帝的私人秘書班子，使内閣之權分與南書房。
康熙帝設南書房，分内閣之權
真正的最高權力機構，是清初的議政王大臣會議和後來的軍機處。清初，凡軍國重務均由議政王大臣會議讨論決定，“諸王大臣佥議既定，雖至尊無如之何”，權力極大。其成員“皆以滿臣充任”，漢人不得參與。這種政治體制不僅和欲獨攬大權的皇帝相抵觸，而且也不利于清政權進一步争取各族特别是漢族官僚的支援。故為了集權，随着諸王旗主勢力的衰落，議政王大臣會議的權力不斷地受到牽制和削弱，到乾隆五十六年（1791年），終被廢除。
雍正七年（1729年），因用兵西北，設立軍機房為暫時的軍事行政機構。至雍正十年（1732年），軍機處成為處理全國軍政大事的常設核心機構。軍機處承旨辦理機務，取代了議政王大臣會議諸王參預政務的權力。軍機處大臣，随時由皇帝在滿、漢大學士及各部尚書、侍郎中標明，即所謂的“無專官”。其名稱有軍機大臣、軍機大臣上行走等等。凡被選入軍機處的大臣，都是皇帝寵眷的親信，參與軍國大事，但決定權在皇帝。軍機大臣不過是皇帝的機要秘書而已。
雍正帝設軍機處，封建君權達到頂峰
軍機處具有處理政務迅速而機密的特點。軍機處起草的谕旨，通過兩種途徑下達：一是先下内閣，次及部院，然後層層下達，稱為“明發”；二是由軍機處封緘嚴密，繞過内閣、部院、經驿站直達地方督撫，稱為“廷寄”。各地督撫也可将重大問題的奏折，經由軍機處直達皇帝。
廷寄制度的建立，進一步加強了中央和地方的聯系，皇帝的旨意可暢行無阻。軍機處的地位雖顯赫，但其完全聽命于皇帝。是以軍機處的設立，反映了君權的加強，是封建專制中央集權制度不斷發展的産物。
（二）地方政權機構的變遷。
清朝的地方行政機構分為省、道、府、縣四級。此外還有與省平行的邊疆特别行政區，與府平行的直隸州、廳，與縣平行的散州、散廳等。
省是最高一級的行政機構，長官是總督和巡撫。各省均設巡撫，每一省或二三省設一總督，掌握一省或數省的軍政大權。督、撫在明代是臨時差遣，到了清朝則固定下來，成為實官。他們都是皇帝的心腹，一切秉承皇帝的旨意行事。此外每省還有布政使、按察使、提督學政等職，分掌一省的财賦、人事、司法、教育和科學。
督撫轄區圖
省下為道，設道員。明代的道是監察區域，其長官也是臨時差遣，無品級。清代自乾隆後，道員成為地方實官。清代道員一般分為有固定轄區的“守道”和分巡某一區域的“巡道”。
道下為府，設知府。府下為縣，設知縣。縣以下還有保甲制度，以10戶為牌，10牌為甲，10甲為保，分設牌頭、甲長、保正，均由地方富戶、地主充當。通過保甲制，清政府對人民實行嚴密的監視和控制。保甲制對于鞏固清朝封建統治起了重要作用，同時，也反映了封建社會後期，國家機器對人民的控制日趨嚴密。
清朝基層社會實行保甲制度
除了省、道、府、縣以外，清代還在邊疆地區實行特别行政區的管理制度。在東北、蒙古、新疆、西藏、青海等地分别設立盛京、吉林、黑龍江、烏利雅蘇台、伊犁五個将軍轄區和西藏、青海兩個辦事大臣轄區。在西南各省的一些少數民族地區，清初沿襲明代的土司制度。雍正以後，則實行改土歸流政策，陸續将土官改為流官，加強了對西南地區的直接統治。
（三）思想文化領域的禁锢。
清統治者在加強文化思想控制方面，達到了曆史上的一個極點。清統治者一方面通過科舉、大力提倡程朱理學、編纂書籍等對漢族地主知識分子進行籠絡，另一方面則大興文字獄，望文生義，捕風捉影，羅織罪狀，對那些不利于自身統治的思想言行，進行嚴厲的鉗制和殘酷的鎮壓。其次數之多、株連之廣，處罰之酷，超越了以往任何一朝。
乾隆皇帝借修《四庫全書》銷毀了大量書籍
乾隆時文字獄達到無以複加的地步，如胡中藻《堅磨生詩抄》中有“一把心腸論濁清”，徐述夔《一柱樓詩集》中有“明朝期振翮，一舉去清都”等，都被認為有反清複明之心而構成叛逆罪。如果說康熙、雍正年間的文字獄是針對具有反清複明思想的知識分子，勉強有一點治罪的理由，那麼乾隆時的文字獄則完全是望文生義，捕風捉影，借之以顯示皇帝生殺予奪的淫威。
清代的文字獄是封建專制主義中央集權空前強化在思想領域的反映，它所造成的“萬馬齊喑”的社會後果是極為嚴重的。
通過清初統治者加強中央集權的一系列措施，封建君權終于達到了曆史的頂峰。以滿族貴族為主體的滿、漢地主階級的聯合統治得以加強，封建專制主義的國家機器更加完備了。