神宗皇帝自即位以來，二十年與周邊鄰國和睦相處，并無太大戰事。
及到萬曆二十年（1592年），兵部忽傳來急報，日本攝政大臣豐臣秀吉悍然發動侵略北韓戰争。
北韓李朝國王自成祖時接受王封，每年都派人前來納貢，與明朝進行互市貿易，關系十分融洽。
此時，豐臣秀吉釋出侵朝指令，共派出日軍十八萬兵馬，舟船五百多艘，分為九軍，以小西行長、加藤清正為先鋒，渡過對馬海峽，于北韓釜山登陸，繼續分兵北犯。
北韓國主李昖長期不理政事，軍備廢弛久矣，士兵剛與日軍交火，便望風潰敗。日軍是以迅速占領王京，繼而攻占平壤，俘虜北韓王子，僅用三個月的時間便占領北韓全境，李昖倉皇逃至義州，派使者向明朝告急，懇請發兵援救。
明廷不知北韓虛實，匆忙派出副總兵祖承訓、遼東遊擊史儒率三千士兵奔赴北韓作戰，結果全軍覆滅，史儒戰死，祖承訓隻身逃回。
神宗久不上朝，聞報也不得不召叢集臣議定戰略，調派兵部右侍郎宋應昌為經略，李如松為總兵官，率四萬大兵，于次年一月六日渡過鴨綠江，抵達平壤城下。
明軍圍攻平壤，日軍于城頭以大炮、弓箭頑強抵抗，一時間炮矢如雨，壓得明兵不敢擡頭，前面稍有退卻，李如松立刻手刃一人，縱馬率部向前直沖，不料坐下馬忽中炮彈倒地，李如松爬起換馬繼續沖鋒，其弟李如柏同部将吳惟中均被子彈擊中，鮮血直流，依然奮戰不已。
曆經一番惡仗，明軍前部敢死隊冒充北韓軍隊首先突入平壤小西門和大西門，日軍終于抵擋不住，隻得退保風月樓，怎奈明軍士氣高漲，個個奮勇拼殺，逼迫日軍半夜渡過大同江向南逃竄。
李如松同北韓軍并肩作戰取得平壤大捷，一時精神亢奮，便乘勝追擊，于一月十九日收複開城，接着又收複了平安、黃海等四道，日軍最後退守王京。
接連破敵取勝，李如松不禁膽大輕敵，二十七日那天親率輕騎兵殺奔碧蹄館，此處距王京僅三十裡地，不料突遭日軍大量兵馬埋伏，明軍奮力突圍，幸虧部将楊元率兵趕到，在損失了數百名士兵後，李如松總算率部退回開城。
經此一戰，明軍銳氣稍減，不過日軍連失平壤、開城，士氣也是低落，無心戀戰。
這時，李如松派出的探馬回報，日軍數十萬糧草都積存于龍山一帶，請将軍定奪！
李如松聞報大喜，連夜派部将查大受選數百勇士深入敵後，縱火焚燒日軍糧草。
日軍接連敗退，此時糧草又被燒毀，眼見無法取勝，老奸巨猾的豐臣秀吉便向明廷請求罷兵議和。經略宋應昌派使者前去談判，要求日方“獻出王京，返歸北韓王子，如約回到本土”，方許議和。
日軍于是在四月十八日撤出王京，陸續退到釜山一帶。明軍主力也逐漸傳回國内，隻留部分川軍進行防守。
誰知，這竟是豐臣秀吉的緩兵之計！萬曆二十五年（1597年），日軍再次調集十四萬兵馬，卷土侵入北韓。
消息傳至明廷，神宗皇帝任命兵部尚書刑玠為總督，備倭大将軍麻貴、禦史楊鎬為經略率軍東征，明軍起初進展迅速，總兵解生于稷山挫敗日軍，參将彭友德也在青山獲勝，北韓大将李元翼出忠清道襲擊日軍，打得日軍退守島山，并在城外紮下三座連營防守。
明軍層層包圍島山城，偏将陳寅身先士卒，冒槍彈奮勇劈開兩層營栅，誰知經略楊鎬嫉妒部下立功，竟下令鳴金收兵，失去一次大好戰機。接着，明軍包圍城池十晝夜，日軍隻是閉門不出，一時竟無法攻克。
萬曆二十六年正月，日軍小西行長親率援兵殺到，楊鎬猝不及防，因懼戰率軍而逃，常言道：兵敗如山！諸軍見狀都随其逃跑，被日軍尾随追擊，導緻明軍折損了二萬多人，餘部退回王京。神宗得報震怒，罷去楊鎬官職，改換天津巡撫萬世德繼任。
此後雙方你來我往，多次交兵互有勝負，等到萬曆二十六年七月，福建傳來奏報，豐臣秀吉病死，加藤清正暗地從海上悄然退兵，日軍歸鄉心切，全無鬥志。
明軍聞訊趁機大舉進攻，悍将劉綎手執砍刀圍攻順天大城、總兵陳璘率水師一萬三千人，戰艦百艘夾擊返鄉日船，均獲大勝。
七十歲的副總兵鄧子龍與北韓名将李舜臣互相配合，冒着炮火沖鋒在前，狠狠打擊了日軍主力，燒毀多艘敵船，最終雙雙壯烈戰死疆場。
日軍殘部倉皇而逃，五百多條戰船僅逃回五十條，到了當年十二月，日軍全部被趕出北韓。