國民黨軍隊的派系早在孫中山依靠地方軍閥建立政權時就産生了，後來幾經整編平叛，終于成立了由軍事委員會統一指揮的國民革命軍。而在實際上，第一批成立的八個軍在本質上就分為八個派系，在接下來的北伐戰争中又有各路軍閥接受了國民政府的收編，這就使本來已經複雜的派系環境更為複雜。
在軍閥混戰中，蔣介石戰勝了其他各路實力派，成為了掌握全國軍政大權的領袖人物。事實上，蔣介石因為自身實力有限，加上紅軍在全國各地的革命以及日本對中國的逐漸蠶食，他又不得不依靠這些名義上歸順中央的軍閥維持現狀，以維護他的統治。抗戰勝利後，大派系還留有李宗仁、閻錫山等，其他小派系如馬步芳、馬鴻逵、馮治安、劉汝明、劉文輝、鄧錫侯等更是不勝枚舉，就連蔣介石所謂的中央軍也分嫡系和旁系，大的就有陳誠、胡宗南和湯恩伯，小團體則有孫立人、杜聿明、王耀武、李彌等等。
這些派系的形成使得國軍内部沖突重重。嫡系看不起旁系和雜牌，作戰時總讓雜牌充當炮灰。雜牌則為自保，出工不出力，在同一系統中又有争權奪利而産生沖突。這就從根本上形成了嫡系與雜牌之間的互不信任，和同系與同系間的面和心不和，進而給了中共各個擊破的機會。
如作為中央軍的整編第六十六師被圍于羊山集，負責指揮的第二兵團司令官王敬久指令雜牌劉汝明的整編第五十五師和整編第六十八師馳援，但劉汝明的兩個師先前已經遭到解放軍打擊，為儲存實力和自己的政治資本，名義上服從出援的指令，實際卻行動緩慢，坐看整六十六師的覆沒。開封戰役，守軍指揮官中央嫡系的整六十六師師長李仲辛将自己僅有一個旅擔負全城防務，而将兵力衆多的劉茂恩雜牌趕出城外充當炮灰，最終灰飛煙滅，李仲辛一旅之衆又如何能守住城池？劉茂恩在其回憶錄中心痛地指出，如李仲辛能合理使用他的部隊，則開封戰局未必會如此慘敗。
又如整編第七十四師被圍于孟良崮，因師長張靈甫與同系同僚李天霞不和，導緻李天霞的整八十三師不以全力解圍，其他兩路的旁系整二十五師和桂系第七軍也是出工做個姿态而已，以緻張靈甫直接向外圍的嫡系第八軍和整十一師求援。遠水解不了近渴，整七十四師的覆沒就這樣成為了定局。荒唐的是，在戰後的檢讨會議中，負有責任的李天霞、黃百韬都沒有受到處罰，還在半個月後被分别授予三等和四等雲麾勳章。後在輿論以及陣亡将士眷屬的壓力下，才将李天霞調為第一綏靖區附員，黃百韬則被撤職留任。用“友軍有難，不動如山”這句話來形容這兩個戰例，實在是太貼切了。
在大派系上，如從民國成立即盤踞山西的晉系軍閥閻錫山，為保地盤穩定，隻允許南京中央的軍隊在晉南駐軍，其餘地方不得涉足。而閻錫山本身兵力不足，加上他曆來隻要部隊番号不管部隊實力等客觀因素，隻能是接連戰敗，最終扔下太原一座孤城隻身逃往廣州。盤踞青海甯夏的馬步芳、馬鴻逵兩派，面對指揮陝西戰局的西安綏靖公署主任胡宗南的指令陽奉陰違，使得解放軍在陝西戰場遊刃自如，進而實施反攻，占領了整個陝西，青、甯兩馬也因胡宗南的落敗而成為孤軍，最後被各個擊破，落得流亡海外的命運。
同中原、西北兩戰場的僵局不同的是，在東北戰場，國軍本已占據優勢，但因其他戰場的失利，迫使東北國軍停止攻勢，進而給了林彪重整旗鼓的機會進而實施反攻。值此關鍵時刻，南京國防部不僅不體諒杜聿明，轉派陳誠接替指揮。而陳誠一到東北，以東北戰局失利等原因，大肆撤換非土木系将領，轉而扶持自系将領，結果導緻原有将領不服，新升将領又缺乏威信，使得戰局急轉直下。陳誠最終落得借“病”辭職落魄地離開了東北。此後接管東北的衛立煌隻能棄攻為守，勉力維持。但蔣介石并不滿意非黃埔出身的衛立煌，再次以杜聿明接替指揮。如此朝令夕改，國軍在東北又怎能不敗？
遼沈戰役結束時，淮海戰役正進行得如火如荼。先是遭到中央軍歧視的第三綏靖區，在中共地下黨副司令官張克俠、何基沣的指揮下宣布起義。又有邱清泉等坐視黃伯韬第七兵團覆沒于碾莊而不救。決戰未開，就失去了兩個作戰集團，國民黨軍隊在淮海戰役一開始就注定了失敗的命運。
主持華北軍政的傅作義出身晉軍，但又自成一系。東北國軍覆沒後，蔣介石要傅作義将華北國軍撤往長江以南。但傅作義明白自己的地盤在綏遠、察哈爾，失去地盤等于失去了自己的軍權，他甯願選擇困守華北也不願意南下，蔣介石對此也無可奈何。随着北平的解放，蔣介石能賴以作戰的精銳損失殆盡。
三大戰役結束後，國軍将士人人自危，士氣也随即崩潰到低谷。在此危急時刻，國民黨内部理應抛棄前嫌精誠合作，但是派系在軍内的根深蒂固，使得這些将軍已經無法看清症結所在。解放軍發起渡江戰役後，國軍各自為“戰”，根本不聽統一指揮。嫡系部隊還能稍事抵抗，雜牌部隊則是一路從長江南岸“轉進”到福建廣東，其行軍速度倒是堪稱一流。與此同時，坐擁西南的地方實力派對于蔣介石的指令早已陽奉陰違，紛紛聯系起義。當胡宗南在西康一隅作了最後一次象征性的抵抗後，國民政府終于結束了在大陸的統治。
蔣介石統治大陸時，知道并試圖去解決這個問題，但是曆史沒有給他這個機會。倒是中共成全了他，使蔣介石在台灣完成了消除派系之争的問題，但他再也傳回不了大陸了。綜觀派系之分，一方面是曆史原因所造成，另一方面卻是地方要員的軍閥思想作祟。這些所謂的國家軍隊，名義上拿着國家的薪饷，實際卻被各路諸侯當作私家軍隊使用。名義上是一支軍令統一的軍隊，實際作戰時卻令不出指揮部，如此“國軍”又焉能不敗？（來源：《東方早報》，胡博）