1926年7月，廣東國民政府在廣州舉行誓師大會，正式拉開了北伐戰争的序幕。最初參加北伐的8個軍雖然都在同一面旗幟下戰鬥，但部隊之間的派系依然十分複雜。
第1軍屬于蔣介石的黃埔系，第3軍朱培德屬于滇系，第4軍李濟深屬于粵系，第5軍李福林是綠林武裝，第7軍李宗仁屬于桂系，而第2軍譚延闿、第6軍程潛、第8軍唐生智則全部出自湖南湘系。雖說這3個軍同源同宗，但彼此并不齊心。
第2軍被蔣介石收編
第2軍軍長譚延闿是辛亥革命元老，在湖南頗有威望，曾經3次擔任湖南督軍，但在軍閥混戰的年代，他又3次被人武力趕下台。最後一次下台後，譚延闿跑到廣東投靠了孫中山，恰逢護法戰争中湘軍第3、第6混成旅也前來投靠，後來改稱“建國湘軍”，劃歸譚延闿指揮，長期駐紮廣東。
北伐期間，譚延闿與李濟深一道留守廣東，代理國民黨中央黨部主席一職。1927年3月後任國民黨中常委、中政會主席團成員、軍委會主席團成員等，蔣介石發動“四一二”事變時，一度準備将其麾下第2軍包圍繳械。譚延闿一度與蔣決裂，并加入武漢汪精衛陣營，無奈蔣汪最後合流，第2軍還是沒有擺脫收編的命運。
第6軍先被桂系坑，又被中央軍吞并
第6軍程潛也是辛亥革命元老，長期擔任湖南軍事廳長，率領湘軍南征北讨，最後因與主政湖南的譚延闿不和而離去，在孫中山麾下擔任陸軍次長、軍政部長等職務，并廣招舊部，掌握軍隊，積極參與讨伐陳炯明等叛亂勢力的戰鬥。1926年1月6日，國民黨政治委員會議決定程潛任第6軍軍長。
北伐開始後，第6軍進軍江西，先後攻占南昌、九江等地。1927年3月24日，程潛率軍占領南京。甯漢分裂期間，程潛攜手桂系，先是逼蔣介石下野，随後又攻打盤踞武漢的唐生智集團。威風過後，昔日盟友桂系突然翻臉，以“飛揚跋扈，把持湘政”等罪名将程扣押拘禁。恰逢蔣介石東山再起，立即将程免職，第6軍群龍無首，迅速被分化吞并。
第8軍被桂系吞并
第8軍唐生智應該是3個師中實力最強的，因為他與第7軍李宗仁、白崇禧一樣，有1省地盤做後盾。譚延闿第3次從湖南督軍寶座上下來後，其麾下第1師師長趙恒惕接任，而唐生智當時是趙麾下旅長，由于屢立功勳又升任第4師師長。1926年3月，唐生智發動兵變奪取了湖南大權。
在北伐軍的配合下，唐生智擊退了趙恒惕舊部的反撲，并以湖南為基地全力參與北伐，收編了大批敗兵，勢力從原來的17個團擴編到35個，由于簡直龐大，第8軍于1927年2月1日擴編為第四方面軍，仍由唐生智任總指揮。但在桂系和程潛的聯合打壓下，唐生智部很快潰散，剛剛占領的兩湖地盤落入桂系之手。
湘系在北伐軍中雖然實力不小，但彼此互不相助，甚至彼此拆台，最終被蔣介石和桂系一一瓦解，最後後起之秀、第35軍軍長何鍵在蔣桂兩系的左右逢源中脫穎而出，成為了新一代湘軍的代表。