1926年7月，广东国民政府在广州举行誓师大会，正式拉开了北伐战争的序幕。最初参加北伐的8个军虽然都在同一面旗帜下战斗，但部队之间的派系依然十分复杂。
第1军属于蒋介石的黄埔系，第3军朱培德属于滇系，第4军李济深属于粤系，第5军李福林是绿林武装，第7军李宗仁属于桂系，而第2军谭延闿、第6军程潜、第8军唐生智则全部出自湖南湘系。虽说这3个军同源同宗，但彼此并不齐心。
第2军被蒋介石收编
第2军军长谭延闿是辛亥革命元老，在湖南颇有威望，曾经3次担任湖南督军，但在军阀混战的年代，他又3次被人武力赶下台。最后一次下台后，谭延闿跑到广东投靠了孙中山，恰逢护法战争中湘军第3、第6混成旅也前来投靠，后来改称“建国湘军”，划归谭延闿指挥，长期驻扎广东。
北伐期间，谭延闿与李济深一道留守广东，代理国民党中央党部主席一职。1927年3月后任国民党中常委、中政会主席团成员、军委会主席团成员等，蒋介石发动“四一二”事变时，一度准备将其麾下第2军包围缴械。谭延闿一度与蒋决裂，并加入武汉汪精卫阵营，无奈蒋汪最后合流，第2军还是没有摆脱收编的命运。
第6军先被桂系坑，又被中央军吞并
第6军程潜也是辛亥革命元老，长期担任湖南军事厅长，率领湘军南征北讨，最后因与主政湖南的谭延闿不和而离去，在孙中山麾下担任陆军次长、军政部长等职务，并广招旧部，掌握军队，积极参与讨伐陈炯明等叛乱势力的战斗。1926年1月6日，国民党政治委员会议决定程潜任第6军军长。
北伐开始后，第6军进军江西，先后攻占南昌、九江等地。1927年3月24日，程潜率军占领南京。宁汉分裂期间，程潜携手桂系，先是逼蒋介石下野，随后又攻打盘踞武汉的唐生智集团。威风过后，昔日盟友桂系突然翻脸，以“飞扬跋扈，把持湘政”等罪名将程扣押拘禁。恰逢蒋介石东山再起，立即将程免职，第6军群龙无首，迅速被分化吞并。
第8军被桂系吞并
第8军唐生智应该是3个师中实力最强的，因为他与第7军李宗仁、白崇禧一样，有1省地盘做后盾。谭延闿第3次从湖南督军宝座上下来后，其麾下第1师师长赵恒惕接任，而唐生智当时是赵麾下旅长，由于屡立功勋又升任第4师师长。1926年3月，唐生智发动兵变夺取了湖南大权。
在北伐军的配合下，唐生智击退了赵恒惕旧部的反扑，并以湖南为基地全力参与北伐，收编了大批败兵，势力从原来的17个团扩编到35个，由于简直庞大，第8军于1927年2月1日扩编为第四方面军，仍由唐生智任总指挥。但在桂系和程潜的联合打压下，唐生智部很快溃散，刚刚占领的两湖地盘落入桂系之手。
湘系在北伐军中虽然实力不小，但彼此互不相助，甚至彼此拆台，最终被蒋介石和桂系一一瓦解，最后后起之秀、第35军军长何键在蒋桂两系的左右逢源中脱颖而出，成为了新一代湘军的代表。