1948年4月的一天，國民黨北平市長何思源坐汽車路過一個街道時，被人打了一槍，汽車有防彈玻璃，沒有打中。事後得知，這是毛人鳳指使保密局特務幹的，目的是警告何思源。
何思源自1946年10月任北平市長以來，對一些進步人士和學生，暗中多加保護。李宗仁競選副總統時，何思源全力支援，并利用他在山東的影響，分别寫信給山東籍的國民黨國大代表讓投票選李，并且提名讓李宗仁的夫人郭德潔當選為北平市國大代表。
1948年4月，李宗仁在擊敗蔣介石屬意的副總統候選人孫科後，何思源在北平舉行了盛大酒會，并鳴放鞭炮祝賀。這使得蔣介石大為震怒，有了調換之意思。
到了1948年夏，國民黨軍在敗局已定，隻剩下沈陽、長春、錦州三個孤立的據點。在沈陽的國民黨東北“剿總”總司令衛立煌，長春的副總司令鄭洞國，被困孤城，已成為死棋。蔣介石寄希望以據守錦州的副總司令範漢傑，以圖保持關内外通道的北甯路走廊。
當時，蔣介石無人可用，隻得在形勢危急迫不得已的情況下，重用了一向以雜牌視之的傅作義。蔣介石下了一道手令：華北7省（河北、河南、山東、山西、察哈爾、綏遠、熱河）3市（北平、天津、青島）的人事任免，由傅總司令遴選，報請中央任命。凡中央法令在華北與傅總司令有抵觸者，以傅總司令之法令為有效。
1948年6月底，傅作義報請以其重要幕僚劉瑤章為北平市長。行政院長翁文灏，秉承蔣介石的意旨，在院會通過免去何思源北平市長職務，明令由劉瑤章繼任。北平市參議會會長許惠東和何思源私交甚厚，由他提議通過，給何思源“北平市榮譽市民”的稱号，總算是找回了一點面子。
何思源的家人收聽廣播，忽然聽到“北平市市長何思源被免職”的消息。何思源雖然早已料到這個市長幹不了多久，但事先不打招呼就免職，卻還是感到有些突然。
何思源被免職不久，帶着全家人到青島避暑去了。8月底暑假結束，要開學了，何思源讓妻子帶着兒女們回北平上學，他則到南京、上海、蘇州、無錫、杭州、台灣等地走了一趟，表面上“無官一身輕”，實際上是當時蔣介石一度坐鎮北平，指揮東北軍事，何思源不願意留在北平。
10月初，蔣介石授意行政院任命何思源為“徐州綏靖公署政務委員”，何思源堅辭不去。12月上旬，解放軍迅速包圍了北平，許多在北平的國民黨大員來不及逃走，城外機場已無法使用，城内東單、天壇兩個臨時機場修好後，才又通航。
這時，何思源的妻子何宜文接到國民黨空運大隊打來電話，問何家何時走？并說已準備了專機，在北京飯店門口等候。空運大隊長衣複恩，是何思源的學生，他的父親衣振青與何思源也是好友，是以衣複恩專門給何思源一家準備了專機，這架專機在東單機場停留了兩天，得不到何家的确切答複，就飛走了。
1949年1月初，何思源受傅作義委托，擔任北平和平談判首席代表，為促進北平的和平解放積極奔走。期間，何思源非常忙碌，每天外出活動，回家很晚，有時夜間不回家。何思源奔走和平，得到北平市民的熱烈擁護，大小報紙大都表示贊揚。
1月17日這一天，本來是何思源和北平各界代表預定出城同解放軍接洽的日子，頭一天一切準備就緒，隻待次日出發。不料淩晨3時許，何家的寓所發生爆炸，何思源的小女子何魯美被炸死，何宜文傷勢較重住在協和醫院，何思源和其他子女也都受傷。在被炸的第二天，何思源不顧傷勢較重，堅持和其他代表出城，和解放軍接洽。
後來調查得知，何思源家被炸是蔣介石親自授意，讓保密局長毛人鳳指使保密局北平戰的特務幹的。毛人鳳召集幾個大特務多次計議，原計劃在何家附近伺何思源出門時予以狙擊，又恐兇手不能脫身，就改為爆炸的辦法。
為此，毛人鳳派保密局行動處長葉翔之等4人專程飛來北平布置，由保密局北平站長王蒲臣等人具體執行。之後又經查明：兩枚炸彈是從月牙胡同6号保密局技術總隊倉庫運出，運輸人是王錫田、王興綱；主管爆炸的是爆破隊長杜長城；安放炸彈的是技術員彭昭慶；安放炸彈的路線由臨近的韶九胡同12号上房安裝的。
在何思源家被炸的前一天，國民黨北平市警察局長楊清植和市參議會副議長唐嗣堯曾來看望何思源，兩人對何思源奔走和平滿口稱贊，又到各屋看一遍，問住房是否适宜，生活有無不便之處，是否需要警察局派人警衛等等，顯得特别關心。又說何思源為北平人民這樣出力，他們照顧不夠，有事隻管吩咐。唐嗣堯還以“北大老同學”的身份大談交情。
然而，楊清植、唐嗣堯都是保密局的暗線特務頭子（唐嗣堯名義上是“世界科學社”社長，實際是軍統少将通訊員），這次兩人來何思源家是來觀測何家各人的床位，以便安放炸彈的。
北平和平解放後，羅榮桓專門到醫院看望何思源。不久後，葉劍英（新北平第一任市長兼軍管會主任 ）在北京飯店宴請何思源。接着，從石家莊回來的傅作義，來到何家，給何思源帶來了毛主席的問候。何思源為北平和平解放做出的貢獻得到了充分的認可。